Bên cạnh những kết quả đã đạt được trong công tác kiểm soát rủi ro tín dụng đối với HSSV vẫn còn nhiều tồn tại cần được khắc phục nhằm phòng ngừa và hạn chế rủi ro, nâng cao hơn nữa hiệu quả nguồn vốn cho vay:
- Mặc dù tỷ lệ nợ quá hạn ở mức thấp nhưng việc xử lý nợ xấu, thu hồi lãi và gốc còn gặp nhiều khó khăn, nguy cơ gia hạn nợ và phát sinh nợ quá hạn vẫn lớn.
- Ngân hàng Chính sách xã hội đã ban hành các quy trình thủ tục cho vay minh bạch, cụ thể. Tuy nhiên, vẫn còn một số cán bộ Ngân hàng, cán bộ UBND các xã, phường, các tổ chức Hội, đoàn thể nhận ủy thác và cán bộ Tổ TK&VV chưa tuân thủ quy trình, quy chế hoạt động của Ngân hàng Chính sách xã hội.
- Việc kiểm tra sử dụng vốn sau khi cho vay đã được ủy thác cho các tổ chức Hội, đoàn thể và các Tổ TK&VV tuy nhiên việc kiểm tra còn mang tính chất hình thức, sơ sài... đồng thời việc quản lý vốn vay của khách hàng vẫn chưa được giám sát chặt chẽ.
- Hiện tại, các Phòng giao dịch của NHCSXH đặt tại các huyện,thị xã trong tỉnh chưa có bộ phận kiểm soát riêng biệt và độc lập. Cán bộ tín dụng đồng thời thực hiện nhiều chức năng, nhiệm vụ từ khâu tiếp nhận hồ sơ vay vốn cho tới kiểm soát hồ sơ, quản lý giải ngân, thu nợ, thu lãi.vì vậy việc quản lý giám sát chưa được đồng bộ.
- Ngân hàng Chính sách xã hội tỉnh Thanh Hóa có lực lượng cán bộ trẻ, tuổi đời trung bình khoảng 9,2 năm kinh nghiệm. Đội ngũ cán bộ này năng động, nhiệt tình với công việc tuy nhiên kinh nghiệm trong việc kiểm soát và dự báo về rủi do tín dụng chưa nhiều cộng với lực lượng cán bộ mỏng nên việc kiểm soát rủi ro tín dụng và quản lý khách hàng chưa chặt chẽ, sâu sát .