Điều kiện tự nhiên là những yếu tố thuộc về môi trường tự nhiên như: diện tích, địa hình, khí hậu… Những yếu tố này có ảnh hưởng, tác động hai chiều đến hoạt động quản lý nhà nước về cán bộ, công chức cấp xã. Theo đó, nếu phạm vi quản lý có điều kiện tự nhiên thuận lợi như diện tích hẹp, địa hình bằng phẳng và khí hậu ôn hoà sẽ kiến tạo nên những điều kiện thuận lợi cho hoạt động quản lý nhà nước về cán bộ, công chức cấp xã. Cụ thể: diện tích hẹp giúp số lượng đối tượng quản lý giảm, điều này có ý nghĩa về mặt quy mô của hoạt động quản lý; địa hình bằng phẳng giúp thuận lợi cho hoạt động di chuyển khi đi thực địa, điều này có ý nghĩa rất lớn đối với hoạt động quản lý thủ công, chủ yếu nắm bắt thông tin qua công tác thực địa; thời tiết ôn hoà sẽ giúp đảm bảo cho hoạt động quản lý nhà nước về cán bộ, công chức cấp xã sẽ diễn ra thường xuyên, liên tục mà không bị gián đoạn. Đồng thời cũng giúp đối tượng quản lý ổn định về mặt con số.
Ngược lại, các yếu tố tự nhiên không ổn định sẽ có những tác động tiêu cực đối với hoạt động quản lý nhà nước về cán bộ, công chức cấp xã. Cụ thể: với diện tích tự nhiên rộng, tương ứng với số đơn vị cấp cơ sở lớn, cán bộ, công chức cấp xã
vì thế cũng có số lượng lớn. Công tác quản lý nhà nước về cán bộ, công chức vì thế cũng gia tăng áp lực; với địa hình phức tạp, cách trở, việc di chuyển khó khăn, công tác quản lý sẽ càng phức tạp, hiệu quả quản lý vì thế sẽ không cao; thời tiết diễn biến phức tạp với nhiều loại thiên tai như bão, lũ… sẽ khiến cho hoạt động quản lý bị gián đoạn, số lượng của đối tượng quản lý sẽ có những biến động, làm phát sinh những nội dung quản lý mới.
Điều kiện tự nhiên khác với các yếu tố ảnh hưởng đến quản lý nhà nước về cán bộ, công chức cấp xã còn lại ở chỗ đây là điều kiện khách quan, nằm ngoài ý chí và mong muốn chủ quan của con người. Việc hạn chế ảnh hưởng tiêu cực của nhân tố này không nằm trong sự cố gắng thay đổi của con người mà nằm ở những giải pháp mang tính phòng, chống.