Công tác kiểm tra sau thông quan được Hải quan Việt Nam áp dụng từ ngày 05/6/1999 bằng việc TCHQ ban hành quy chế kiểm tra sau giải phóng hàng theo quyết định số 199/1999/QĐ-TCHQ.
Nhằm tăng cường cơng tác kiểm tra sau thơng quan, góp phần hồn thành chỉ tiêu kế hoạch thu ngân sách, đồng thời ngăn chặn, xử lý các sai phạm của các tổ chức, cá nhân xuất nhập khẩu hàng hố, Tổng cục Hải quan đã có những chỉ đạo quyết liệt về công tác kiểm tra sau thông quan, giao chỉ tiêu thu ngân sách cho tồn lực lượng kiểm tra sau thơng quan.
Hải quan Đắk Lắk, Cục Hải quan Gia Lai – Kon Tum đã:
- Chủ động thu thập, đánh giá, phân tích, xử lý thơng tin người khai hải quan để kiểm tra sau thông quan theo dấu hiệu và quản lý rủi ro; tiếp tục rà sốt, thu thập thơng tin các doanh nghiệp có hoạt động XNK trên địa bàn quản lý để xây dựng kế hoạch và tiến hành kiểm tra theo quy định;
- Chỉ đạo các Chi cục Hải quan tăng cường cơng tác rà sốt, phân tích, đánh giá thông tin để tiến hành kiểm tra sau thông quan theo quy định, trong đó ưu tiên kiểm tra các mặt hàng, dự án, doanh nghiệp trọng tâm, trọng điểm, có khả năng vi phạm cao ;
- Vận dụng tốt nghiệp vụ hải quan như: xác định trị giá, phân loại hàng hóa, xác định xuất xuất xứ hàng hóa, xác định định mức hàng hóa đối với gia cơng và sản xuất xuất khẩu, xác định hàng giả, hàng vi phạm quyền sở hữu trí tuệ … vào hoạt động kiểm tra sau thông quan ;
- Thường xuyên tuyên truyền về hoạt động kiểm tra sau thông quan nhằm giúp doanh nghiệp hiểu và tuân thủ đúng các quy định, quy trình thủ tục hải quan, phịng tránh các sai sót trong q trình khai báo thủ tục, kê khai, nộp thuế,... tại đơn vị (kết quả chi tiết tại phụ lục số 3).
Các cục Hải quan Tây Nguyên đã chú trọng phát triển đại lý hải quan, sau nhiều năm triển khai thực hiện, đại lý làm thủ tục hải quan được hình thành, bước đầu có tính chun nghiệp, đã đạt được một số kết quả đáng khích lệ. Đó là: tạo ra một cơ chế quản lý chặt chẽ, nâng cao tính hiệu quả trong hoạt động khai báo, làm thủ tục hải quan, công tác đào tạo đã dần vào nề nếp, giúp cho cơ quan Hải quan có điều kiện cải tiến quy trình thủ tục theo hướng đơn giản hóa các bước trong quy trình tiếp nhận hồ sơ, kiểm tra hàng hóa (hiện trên địa bàn quản lý của Cục Hải quan Đắk Lắk, Gia Lai – Kon Tum có 04 doanh nghiệp được cơng nhận làm đại lý hải quan).