Bên cạnh những kết quả đạt được, việc thi hành pháp luật về chuyển đổi mục đích sử dụng đất nông nghiệp sang đất ở không tránh khỏi một số bất cập chủ yếu sau đây:
Thứ nhất, chưa giải quyết hài hòa giữa vấn đề bảo vệ đất nông nghiệp nói chung và đất trồng lúa nói riêng với việc chuyển mục đích sử dụng đất nông nghiệp sang đất ở.
Ở nước ta, việc sử dụng đất nông nghiệp hiệu quả có ý nghĩa rất quan trọng nhằm đảm bảo an ninh lương thực quốc gia và tăng thu nhập cho người
dân. Tuy nhiên, thời gian qua việc giải quyết “bài toán” giữa bảo vệ đất nông
nghiệp (đặc biệt là đất trồng lúa) với chuyển mục đích sử dụng đất nông nghiệp sang đất ở chưa hợp lý. Qua thanh tra, kiểm tra đất đai phát hiện tình trạng sai phạm trong chuyển đổi mục đích sử dụng đất diễn ra ở nhiều địa phương và nhiều cá nhân, doanh nghiệp vi phạm được công khai danh tính. Ví dụ, tại Thành phố Hồ Chí Minh có Dự án cao ốc 104 Nguyễn Văn Cừ (Quận 1), cao ốc Res 11 (Quận 11), cao ốc 128 Hồng Hà (Quận Phú Nhuận), dự án 334 Tô Hiến Thành (Quận 10), 8 Hoàng Minh Giám (Quận Phú Nhuận), 15 Thi Sách (Quận 1)... Tại Hà Nội có dự án 36 Phạm Hùng, 25 Vũ Ngọc Phan, 53 Triều Khúc, 60B Nguyễn Huy Tưởng...[6]. Đặc biệt, ở nhiều địa phương xuất hiện tình trạng ồ ạt chuyển đất nông nghiệp - nhất là đất
trồng lúa ổn định sang đất ở để xây dựng các khu khu đô thị nhưng không tính đến hiệu quả kinh tế, nhiều dự án thu hồi đất nông nghiệp sau đó bỏ hoang v.v; trong khi người bị thu hồi đất nông nghiệp bị đẩy vào tình trạng thất
nghiệp không có việc làm gây bức xúc trong nhân dân. “Việc thu hồi đất nông
nghiệp trong 05 năm từ năm 2003 - năm 2008, đã tác động đến đời sống của trên 627.000 hộ gia đình với khoảng 950.000 lao động và 2,5 triệu nhân khẩu nông nghiệp. Trong số này có tới 25 - 30% tổng số lao động mất việc làm hoặc việc làm không ổn định. Hơn một nửa số hộ (53%) bị thu hồi đất có thu nhập giảm so với trước đây. Trung bình mỗi hộ bị thu hồi đất có 1,5 lao động rơi vào tình trạng không có việc làm và mỗi ha đất nông nghiệp bị thu hồi sẽ lấy đi cơ hội việc làm của 13 lao động ở nông thôn. Như vậy, việc thu hồi đất nông nghiệp để sử dụng vào mục đích khác, không những làm thay đổi cơ cấu nông nghiệp, giảm đất trồng lúa, làm giảm sản lượng lúa đến 01 triệu tấn hàng năm mà còn làm thay đổi cả cơ cấu lao động nông nghiệp, góp phần tạo nên một luồng lao động tự phát tràn vào đô thị, gia tăng áp lực cho đô thị trong xây dựng cơ sở hạ tầng và xử lý những vấn đề an sinh xã hội. Nếu thu hồi đất xong lại chậm đưa vào sử dụng thì còn gây thêm nhiều hậu quả nặng nề khác” [7, tr. 277 – 278].
Thứ hai, việc lập, thẩm định điều chỉnh quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất của nhiều địa phương, đặc biệt cấp huyện còn chậm; sự phối hợp giữa các cơ quan quản lý nhà nước trong quản lý, sử dụng đất thiếu chặt chẽ; một số địa phương có biểu hiện tùy tiện, buông lỏng quản lý dẫn đến tình trạng cho phép một số cá nhân chuyển mục đích sử dụng đất từ đất nông nghiệp sang đất ở với diện tích lớn nhưng không thẩm định điều kiện, nhu cầu sử dụng đất, không căn cứ theo kế hoạch sử dụng đất hàng năm đã được phê duyệt. Thực trạng trên đã phá vỡ quy hoạch đất đai, quy hoạch xây dựng, đô thị của địa phương, gây bức xúc và tạo dư luận không tốt trong quần chúng nhân dân.
Thứ ba, về điều chỉnh, cập nhật kế hoạch sử dụng đất.
Một là, mặc dù pháp luật đã có quy định cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt kế hoạch sử dụng đất hàng năm cấp huyện, phải tiến hành công bố điều chỉnh hoặc hủy việc chuyển đổi mục đích sử dụng đất đối với những diện tích đất và dự án, công trình ghi trong kế hoạch sử dụng đất hàng năm đã công bố mà quá ba năm chưa thực hiện. Tuy nhiên trên thực tế, theo báo cáo đánh giá của Bộ TN&MT, hầu hết các địa phương chưa thực hiện nghiêm túc quy định nêu trên. Điều này đã ngăn cản các nhà đầu tư khác đề xuất nhu cầu sử dụng đất khác cho diện tích đất tương tự ở cùng một vị trí trong kế hoạch sử dụng đất hàng năm cấp huyện tiếp theo, làm tăng nguy cơ quy hoạch treo, kế hoạch treo, dẫn đến mục tiêu sử dụng đất tiết kiệm, hiệu quả không đạt được, ảnh hưởng đến tình hình phát triển kinh tế, xã hội của địa phương.
Hai là, trong kỳ kế hoạch sử dụng đất cấp huyện hàng năm, việc điều chỉnh kế hoạch sử dụng đất theo hướng cho phép bổ sung dự án xây dựng vào kế hoạch sử dụng đất đã được phê duyệt là cần thiết và mới được ghi nhận lần đầu tại Nghị định số 01/2017/NĐ-CP ngày 16/01/2017 của Chính phủ. Việc bổ sung dự án vào quy hoạch sử dụng đất sẽ dẫn đến việc điểu chỉnh quy quy mô và địa điểm của các dự án còn lại đã được phê duyệt trong kế hoạch sử dụng đất hàng năm cấp huyện. Quy định mới này trao thẩm quyền cho UBND cấp tỉnh xem xét, chấp thuận, bổ sung dự án mà không cần phải có sự phê duyệt của HĐND cấp tỉnh. Điều này là cần thiết để có thể điều chỉnh phạm vi các dự án đã được phê duyệt, bổ sung các dự án khác trong kỳ kế hoạch sử dụng đất nhằm bảo đảm việc sử dụng đất hiệu quả, tiết kiệm song cũng tiềm ẩn nguy cơ lạm dụng để điều chỉnh, bổ sung kế hoạch sử dụng đất vì lợi ích nhóm hoặc tham nhũng, tiêu cực v.v.