Trong giai đoạn này, quá trình cải cách hệ thống ngân hàng Việt Nam đã đạt được những tiến bộ đáng kể và nhiều thay đổi quan trọng.Năm 1990 đánh dấu mốc quan trọng trong ngành ngân hàng Việt Nam với sự thành lập của 4 NHTM NN. Kể từ đó, hệ thống ngân hàng hai cấp đã thay thế hệ thống ngân hàng đơn cấp, hoạt động theo định hướng thương mại.
Thời điểm năm 1989-1990, Việt Nam gặp cuộc khủng hoảng kinh tế từ đó kéo theo phần lớn các TCTD lâm vào tình trạng khó khăn, nợ xấu có ngân hàng đến 40- 50% tổng dư nợ. Thực hiện các Pháp lệnh về ngân hàng, từ năm 1990 đến năm 1996 NHNN đã cấp giấy phép hoạt động cho 20 NH TMCP, trong đó 10 ngân hàng được thành lập trên cơ sở sắp xếp, sáp nhập từ các hợp tác xã tín dụng trước Pháp lệnh, 10 ngân hàng được cấp giấy phép thành lập mới. (Khái quát lịch sử ngân hàng Việt Nam qua các thời kỳ, Thời báo ngân hàng, 2013)
Đến thời điểm 1996 – 1997, nền kinh tế Việt Nam lại chịu ảnh hưởng của cuộc khủng hoảng kinh tế khu vực với việc hàng loạt các doanh nghiệp làm ăn thua lỗ và không có khả năng trả nợ ngân hàng và các vụ án liên quan đến lĩnh vực ngân hàng. Vào đầu năm 1998, một số NH TMCP, đặc biệt là các NH TMCP nông thôn đã lâm vào tình trạng mất khả năng thanh toán, có nguy cơ đổ vỡ gây ảnh hưởng dây chuyền đến cả hệ thống. Trước tình hình đó, NHNN đã áp dụng hàng loạt các biện pháp để xử lý, củng cố và hỗ trợ các NH TMCP yếu kém, cải tổ cơ cấu lại toàn bộ hệ thống ngân hàng. Thực hiện Đề án “Chấn chỉnh và sắp xếp lại các NH TMCP Việt Nam” được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định số 212/1999/QĐ-TTg ngày 29/10/1999, các NH TMCP đã trải qua giai đoạn tái cơ cấu toàn diện. Các NH TMCP kinh doanh thua lỗ, năng lực tài chính yếu bị giải thể, sáp nhập, hợp nhất với ngân hàng khác. Đến hết tháng 12/2002, NHNN đã thu hồi giấy phép của 12 NH TMCP.
Bảng 2.1 Các giao dịch sáp nhập và mua lại ngân hàng giai đoạn trƣớc 2004
Ngân hàng sáp nhập Ngân hàng bị sáp nhập Thời gian
NH TMCP Phương Nam NH TMCP Đồng Tháp 1997
NH TMCP Phương Nam NH TMCP Đại Nam 1999
NH TMCP Phương Nam NH TMCP Châu Phú 2001
NH TMCP Phương Nam Quỹ TDND Định Công Thanh Trì 2000 NH TMCP Sài Gòn thương tín NH TMCP Thạnh Thắng, CầnThơ 2002 NH TMCP Đà Nẵng Cty Tài chính Sài Gòn SFC
Thành lập NHTM CP Việt Á 2003
NH TMCP Nhà Hà Nội NH TMCP Quảng Ninh 2003
NH TMCP Kỹ Thương NH TMCP Nông thôn Hải Phòng 2003
NH TMCP Đông Á NH TMCP Tứ Giác Long Xuyên 2001
NH TMCP Phương Đông NH TMCP Nông thôn Tây Đô 2003 NH TMCP Phương Nam NH TMCP Nông thôn Cái sắn 2003
NH TMCP Quốc tế NH TMCP Mekong 2001
NH Đầu tư và Phát triển NH TMCP Nam Đô 2003
NH TMCP Đông Á NH TMCP Nông thôn Tân Hiệp 2003
Nguồn: Tác giả tổng hợp
Vụ sáp nhập ngân hàng tại Việt Nam diễn ra lần đầu tiên năm 1997 là trường hợp NH TMCP Phương Nam (Southern Bank) sáp nhập với NH TMCP nông thôn Đồng Tháp.
Southern Bank được thành lập 19/05/1993 với số vốn ban đầu 10 tỷ đồng. Năm đầu, Southern Bank đạt tổng vốn huy động 31,2 tỷ đồng; dư nợ 21,6 tỷ đồng; lợi nhuận 258 triệu đồng. Với mạng lưới tổ chức hoạt động là 01 Hội sở và 01 chi nhánh
Trước những khó khăn của nền kinh tế thị trường còn non trẻ và sự tác động mạnh của cuộc khủng hoảng tài chính khu vực (1997), Ngân hàng Nhà nước đã chủ trương tập trung xây dựng hệ thống ngân hàng thương mại vững mạnh. Theo đó, Southern Bank đã tiến hành sáp nhập các ngân hàng và các tổ chức tín dụng trong giai đoạn 1997 –2003:
- Năm 1997: sáp nhập NH TMCP Đồng Tháp. NH TMCP Đồng Tháp mặc dù hoạt động có hiệu quả nhưng vốn chỉ có 5 tỷ đồng, trong khi yêu cầu về vốn cổ phần phải tăng lên khoảng 20 tỷ, do đó NH TMCP Đồng Tháp phải sáp nhập vào Southern Bank, lúc này vốn điều lệ của Southern Bank tăng lên 100 tỷ đồng.
- Năm 1999: Sáp nhập NH TMCP Đại Nam, với việc sáp nhập này NHNN cho phép Southern Bank được thực hiện dự trữ bắt buộc bằng trái phiếu, tín phiếu kho bạc trong thời gian không quá 3 năm, tiền lãi thu được từ nguồn này, Southern Bank được dùng để bù đắp dần số tiền bị tổn thất của Đại Nam trước năm1993.
- Năm 2000: Southern Bank mua Quỹ Tín Dụng Nhân Dân Định Công Thanh Trì Hà Nội.
- Năm 2001: sáp nhập Ngân hàng TMCP Nông Thôn Châu Phú.
- Năm 2003 Sáp nhập Ngân hàng TMCP Nông Thôn Cái Sắn, Cần Thơ, nâng vốn điều lệ lên 142 tỷ ồng.
Sau khi sáp nhập, Southern Bank có hệ thống mạng lưới rộng qua nhiều tỉnh thành. Đến tháng 03/2004 Southern Bank có 33 đơn vị gồm các chi nhánh, phòng giao dịch, một công ty quản lý quỹ và khai thác tài sản. Các chi nhánh của Southern Bank phát triển lên từ các ngân hàng được sáp nhập đều đạt được hiệu quả hoạt động cao.
Các vụ sáp nhập trong giai đoạn này diễn ra do sự gợi ý sắp đặt của NHNN, nếu không muốn nói là bắt buộc thực hiện khi một ngân hàng rơi vào tình trạng kiểm soát đặc biệt. Đứng trước sự lựa chọn là tuyên bố phá sản, thanh lý giải thể, bị thu hồi giấy phép thì việc sáp nhập, mua bán với các ngân hàng khác là sự lựa chọn tối ưu tránh ảnh hưởng dây chuyền đến cả hệ thống, củng cố niềm tin của dân chúng.