Khi thâm nhập thị trường các nước khác nhau, các ngân hàng gặp phải rất nhiều rào cản. Đó là những rào cản tự nhiên như sự khác biệt về văn hóa, thị hiếu, thói quen của người tiêu dùng. Đó còn là rào cản về chính trị như chính sách thuế, hay các quy định hành chính. Nhiều ngân hàng đã phải rút khỏi những thương vụ M&A vì mắc phải những rủi ro này.
Trong nhiều trường hợp, các cuộc sáp nhập có thể thất bại vì hai đối tác không đồng ý những điều khoản sáp nhập, ví dụ: ai sẽ nắm quyền điều hành công ty mới. Ngoài ra, các vụ sáp nhập cũng có thể gặp phải những vấn đề rắc rối về luật lệ.
Chính phủ có thể cho rằng cuộc sáp nhập sẽ phát sinh sự độc quyền trong một ngành hay một lĩnh vực kinh doanh nào đó. Do vậy, các cơ quan chức năng có thể ngăn cản cuộc sáp nhập hay yêu cầu các công ty sáp nhập phải sang nhượng một vài bộ phận kinh doanh của mình để duy trì tính cạnh tranh trên thị trường. Để có được sự chấp thuận của cơ quan chống độc quyền Mỹ, cả Pfizer và Pharmacia, hai hãng dược phẩm lớn nhất thế giới đã phải loại bỏ các sản phẩm trong nhiều mảng hoạt động của mình, ví dụ như dược phẩm điều trị thận, thuốc tăng hormon...
Khi thực hiện một cuộc sáp nhập, trong nhiều trường hợp, ban lãnh đạo công ty cần có sự thống nhất và thông qua của các cổ đông. Thủ tục này phải được tiến hành nếu Điều lệ công ty quy định hay do Hội đồng quản trị yêu cầu. Việc này xuất phát từ khả năng có thể phát sinh khi vụ sáp nhập có khả năng gây ảnh hưởng đến lợi nhuận từ cổ phiếu của các cổ đông, về giá trị hay mức độ cổ tức. Nhiều trường hợp các công ty đang làm ăn thua lỗ thì giá cổ phiếu sẽ tăng khi có thông tin về việc sáp nhập, nhưng đối với các công ty đang làm ăn có lãi thì mọi sự dường như không mấy xuôi chèo mát mái bởi cổ phiếu có thể sụt giá do tâm lý lo ngại của các nhà đầu tư. Tâm lý chung của các cổ đông vẫn là thắc mắc tại sao khi đang làm ăn có lãi, công ty lại phải sáp nhập với một công ty khác...và rất nhiều những câu hỏi khác.
Cuối cùng, các cuộc sáp nhập có thể không sinh ra những khoản lợi nhuận như kỳ vọng của nhiều cổ đông. Mục tiêu tiết kiệm chi phí có thể thất bại một thời gian sau cuộc sáp nhập vì sự không hòa đồng của các hoạt động kinh doanh là một ví dụ. Một số nghiên cứu đã cho thấy rằng, nhìn một cách tổng thể thì ngoài những khoản lợi nhuận ngay lập tức dành cho các cổ đông, các cuộc sáp nhập hiếm khi đem lại nhiều giá trị gia tăng cho nền kinh tế.