Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam thiết lập cơ cấu tổ chức và bộ máy quản lý phù hợp với đặc điểm tình hình kinh doanh theo mô hình công ty cổ phần trên cơ sở tuân thủ Điều lệ tổ chức và hoạt động của Tập đoàn, tuân thủ quy định của Luật Doanh nghiệp và quy định của pháp luật có liên quan. Tổ chức bộ máy quản lý hiện tại của Tập đoàn bao gồm:
a) Đại hội đồng cổ đông
Đại hội đồng cổ đông gồm tất cả cổ đông có quyền biểu quyết, là cơ quan quyết định cao nhất của Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam. ĐHĐCĐ họp thường niên mỗi năm một (01) lần. ĐHĐCĐ phải họp thường niên trong thời hạn bốn (04) tháng, kể từ ngày kết thúc năm tài chính. Theo đề nghị của Hội đồng quản trị, Cơ quan đăng ký kinh doanh có thể gia hạn, nhưng không quá sáu (06) tháng kể từ ngày kết thúc năm tài chính.
b) Hội đồng quản trị
Hội đồng quản trị là cơ quan quản trị Tập đoàn, có toàn quyền nhân danh Tập đoàn để quyết định mọi vấn đề liên quan đến mục đích, quyền lợi của Tập đoàn, có trách nhiệm xây dựng các kế hoạch kinh doanh, đưa ra các biện pháp, các quyết định nhằm đạt được các mục tiêu Tập đoàn đề ra.
c) Ban Kiểm soát
Ban Kiểm soát là cơ quan giúp việc HĐQT giám sát, kiểm tra việc quản lý và điều hành của Ban Tổng Giám đốc trong quản lý, điều hành hoạt động kinh doanh, trong tổ chức công tác kế toán, thống kê và lập báo cáo tài chính, báo cáo tình hình kinh doanh hàng năm của Tập đoàn và báo cáo đánh giá công tác quản lý của Ban Tổng Giám đốc lên HĐQT.
d) Ban Tổng Giám đốc
Ban Tổng Giám đốc là cơ quan điều hành mọi hoạt động kinh doanh của Tập đoàn do HĐQT bổ nhiệm, miễm nhiệm. Tổng Giám đốc chịu trách nhiệm cao nhất trước HĐQT về toàn bộ việc tổ chức kinh doanh, thực hiện các biện pháp nhằm đạt được các
mục tiêu phát triển của Tập đoàn. Giúp việc cho Tổng Giám đốc có các Phó Tổng Giám đốc, ngoài ra giúp việc cho Tổng Giám đốc còn có các phòng, ban chức năng của Tập đoàn.
e) Các phòng, ban chức năng
Có nhiệm vụ tham mưu cho Tổng Giám đốc, Ban Kiểm soát và Hội đồng quản trị về quản lý chỉ đạo trong lĩnh vực phụ trách, triển khai, cụ thể hóa công việc theo chỉ đạo của Ban Tổng Giám đốc Tập đoàn trong hoạt động sản xuất kinh doanh của Tập đoàn.