1. Yếu tố vô sinh
- Độ mặn: Sự thay đổi độ mặn sẽ làm cho áp suất thẩm thấu trong và ngoài cơ thể trai bị mất cân bằng. Nếu độ mặn hạ xuống quá thấp thì trai sẽ bị trương nước, sinh trưởng kém. Tình trạng này kéo dài hay độ mặn tiếp tục bị hạ xuống thấp hơn nữa thì trai sẽ bị chết. Ngược lại, nếu độ mặn quá cao cũng sẽ ảnh hưởng đến đời sống của trai.
- Nước thải công nghiệp: khu vực nuôi trai phải đảm bảo không có nguồn nước thải công nghiệp chảy vào, vì trong đó có rất nhiều hoá chất có hại cho sinh trưởng và phát triển của trai.
- Bão lụt: bão lụt sẽ làm độ mặn và pH giảm ảnh hưởng trực tiếp đến trai. Ngoài ra nó còn làm cho độ trong của vùng nuôi giảm làm cho trai nuôi bị phủ lấp không lọc được thức ăn, hay gây hư hại cho các thiết bị nuôi…
2. Các yếu tố hữu sinh
- Thực vật phù du (plankton): khi thực vật phù du phát triển quá mạnh thì khi về đêm sẽ gây hiện tượng thiếu O2, thừa CO2, hay chúng bám vào mang ảnh hưởng đến quá trình lọc thức ăn của trai. Một số bọn còn tiết ra chất độc gây hại cho trai.
- Hiện tượng thủy triều đỏ (red tide): hay còn gọi là hiện tượng nở hoa của nước do sự tàn lụi hàng loạt của các loài tảo như: Gymodium, Pyrodinium, Noctinuca,
Glinodinium…khi chúng phân hủy sẽ gây sự thiếu hụt O2 nghiêm trọng và sinh ra các
khí độc như: H2S, NH3 và một số chất độc khác ảnh hưởng trực tiếp đến trai.
- Động vật ăn thịt: các loại ốc ăn thịt như: ốc đỏ Rapana thomasiana, ốc gai
Thais clavigera, ốc ngọc Natica, ốc gai xương Murrin, sao biển Pisarter ochraceus, cua biển Cylla serrata, cá nhám xanh Carcharias glaucus… các loài này đều có răng lưỡi sắc nhọn có thể đục thủng vỏ trai để ăn phần thịt bên trong.
- Sinh vật bám tranh vật bám: sun Balanus sp, điệp bám Anomya cyteum, đài tiên trùng Bryozoa, hải tiên Ascidia... chúng cạnh tranh thức ăn, và bám vào lồng nuôi trai làm cản trở quá trình lọc thức ăn của trai, cản trở sự lưu thông nước, làm hỏng lồng nuôi và khi chết chúng sẽ gây ô nhiễm cho vùng nuôi trai. Ngoài ra một số loài còn có khả năng tiết ra độc tố ảnh hưởng đến sinh trưởng của trai.
- Sinh vật khoan lỗ: Bannia, Martesia, Pholas, Terado… chúng đục thủng vỏ trai ở vị trí cơ khép vỏ làm cho vỏ trai không khép lại được tạo điều kiện để các động vật khác ăn thịt trai.
- Sinh vật ký sinh: bọn Cercaria ký sinh làm giảm tốc độ sinh trưởng của trai và làm cho ngọc trai bị bẩn.