Kiểm soát phát triển HTX nông nghiệp thông qua việc thanh tra, kiểm tra thực hiện pháp luật của HTX nông nghiệp và các văn bản pháp luật có liên
quan: Việc thanh tra, kiểm tra, xử lý vi phạm trong hoạt động của các HTX nông nghiệp theo quy định của Luật HTX 2012, Nghị định 193/2013/NĐ-CP, Nghị định 50/2016/NĐ-CP do Thanh tra Bộ KHĐT, Sở KHĐT, Chủ tịch UBND các tỉnh, cấp huyện do Chủ tịch UBND huyện. Tuy nhiên, thời gian qua trên địa bàn tỉnh Nghệ An nội dung này hầu như chưa được quan tâm thực hiện.
Trong khuôn khổ chức năng, nhiệm vụ được giao trong giai đoạn 2016-2019 ngành nông nghiệp và PTNT đã chú trọng và tiến hành thanh tra, kiểm tra theo kế hoạch hàng năm đã đề ra, cụ thể: thanh tra chuyên ngành của Chi cục đã tổ chức 12 cuộc thanh tra việc chấp hành Luật HTX 2012 của các HTX nông nghiệp tại 12 địa phương gồm: Thanh Chương, Anh Sơn, Tân Kỳ, Quỳnh Lưu, Diễn Châu, Nghi Lộc, Nghĩa Đàn, Thị xã Thái Hòa, Con Cuông, Quỳ Hợp, Hưng Nguyên và Thị xã Hoàng Mai.
Qua kết quả thanh tra tại các HTX nông nghiệp nói trên còn tồn tại một số hạn chế như: Cơ cấu, tổ chức bộ máy hoạt động của một số HTX chưa đúng theo quy định của Luật HTX 2012 (các thành viên HĐQT có quan hệ cha mẹ, anh, chị em ruột trong gia đình, là Chủ tịch, Phó chủ tịch UBND xã, HĐQT còn kiêm ban kiểm soát, chưa bổ nhiệm kế toán trưởng, kế toán kiêm thủ quỹ, chưa tổ chức đại hội thường niên theo quy định, các HTX chưa cấp giấy chứng nhận góp vốn cho thành viên,...), việc hạch toán tài chính chưa đảm bảo quy định; …..
Việc thanh tra đã chấn chỉnh kịp thời đối với các HTX chưa hoạt động đúng theo Luật HTX 2012, đồng thời kiến nghị đề xuất với UBND các huyện tăng cường hướng dẫn, chỉ đạo để các HTX hoạt động đúng theo Luật 2012.