Thứ nhất, về thể chế
Mặc dù thành phố đã có nhiều kết quả về việc thực hiện cải cách thể chế, nhưng vẫn chưa cương quyết và chưa đồng đều. Còn có thủ tục hành chính chưa thống nhất, chưa đảm bảo tính đồng bộ trên toàn thành phố. Việc hướng dẫn thực hiện chưa kịp thời và còn chưa rõ.Chế độ chính sách, các văn bản của Nhà nước thường xuyên thay đổi liên tục do vậy khó khăn trong việc thực hiện
Công tác rà soát văn bản quy phạm pháp luật và kiểm soát thủ tục hành chính chưa thường xuyên, chưa kiên quyết nên vẫn tồn tại văn bản hạn chế, thậm chí có trường hợp còn mâu thuẫn với văn bản của cơ quan cấp trên.
Thứ hai,trong việc giải quyết thủ tục hành chính cho cá nhân, tổ chức
Mặc dù tỉ lệ hồ sơ trả trước và đúng hẹn đã có những chuyển biến quan trong, tiến bộ hơn trước. Song tình trạng trễ hẹn so với ngày hẹn trả hồ sơ vẫn trong, tiến bộ hơn trước. Song tình trạng trễ hẹn so với ngày hẹn trả hồ sơ vẫn diễn ra xuất phát từ nhiều nguyên nhân khác nhau. Trong đó, tỷ lệ hồ sơ trễ hẹn cao nhất là liên quan đến lĩnh vực địa chính đô thị
Thủ tục hành chính, quy trình giải quyết một số loại hồ sơ nhất là những lĩnh vực liên quan đến đất đai, nhà cửa còn phức tạp. Sự phối hợp giữa các cơ quan nhất là các lĩnh vực có liên quan đến các ngành còn thiếu đồng bộ, chặt chẽ đã làm giảm tiến độ giải quyết các thủ tục hành chính cho nhân dân và gây phiền hà cho nhân dân.
Vì thế, dẫn đến thực trạng có một số hồ sơ cần giải quyết, dù đã có phiếu hẹn nhưng chưa giải quyết được trong thời gian hạn định đó nên phải gia hạn thêm gây tâm lý không thoải mái trong một số bộ phận công dân.
Việc áp dụng công nghệ thông tin trong thực hiện vẫn còn hạn chế.
Thứ ba, xuất phát từ đội ngũ cán bộ, công chức
Tại bộ phận tiếp nhận và trả kết quả của Ủy ban nhân dân cấp xã:
Cán bộ, công chức trẻ thì chưa có nhiều kinh nghiệm trong quá trình giải quyết công việc, việc nắm bắt những quy định của pháp luật và các văn bản chỉ đạo liên quan trực tiếp đến công việc còn chưa kịp thời, đôi khi gặp lúng túng khi áp dụng pháp luật vào một số trường hợp cụ thể. Đây có thể coi là điểm yếu chung của đội ngũ cán bộ công chức ở nước ta hiện nay
Mặt khác đối với cán bộ, công chức đã lớn tuổi chậm cập nhật các quy định mới ban hành hay sửa đổi bổ sung. Bên cạnh đó việc tiếp thu xử lý máy móc, các phần mềm ứng dụng vào công tác tiếp nhận và trả hồ sơ hành chính, cũng như công tác quản lý cũng gặp nhiều khó khăn.
Đa số cán bộ, công chức các xã, phường còn thiếu về số lượng và yếu về năng lực, hầu hết phải kiêm nhiệm nên chất lượng công tác chưa cao. Môi trường làm việc cũng như những chính sách đãi ngộ chưa có sức hút với những người trẻ, người có năng lực đặc biệt là những người có trình độ đại học về làm việc.
Cán bộ, công chức trực tại Bộ phận một cửa nói chung nhiệm vụ khá nặng nề. Khối lượng công việc của một số cán bộ chuyên môn kiêm nhiệm
quá nhiều, một số công dân tâm lý đến giao dịch cần lấy ngay, khi cán bộ hẹn công dân có thái độ không hài lòng. Bên cạnh đó, tiếp nhận hồ sơ nhưng
không trực tiếp thụ lý hồ sơ, song hồ sơ của cá nhân nhiều khi bị lệch, các giấy tờ liên quan thì phức tạp như lĩnh vực lao động thương binh xã hội, lĩnh vực tư pháp hộ tịch, lĩnh vực địa chính - đô thị. Bởi vậy đòi hỏi cán bộ, công chức trực tiếp nhận cần bao quát, thận trọng để nâng cao chất lượng hồ sơ tiếp nhận, tạo điều kiện thuận lợi cho bộ phận thụ lý và có kết quả đúng theo thời gian quy định.
Ngoài ra, còn một số bộ phận chưa có tình thần trách nhiệm trong công tác hoạt động, còn tình trạng đi làm muộn, về sớm; Có một số ít cán bộ còn thụ động đùn đẩy và né tránh trách nhiệm khi gặp khó khăn, tình trạng đòi hỏi thêm các loại giấy tờ ngoài thành phần hồ sơ quy định đôi lúc vẫn còn xảy ra. Tinh thần trách nhiệm của cán bộ, công chức đôi khi vẫn chưa làm hài lòng
công dân, tổ chức; Có một số cán bộ còn làm trái ngành nghề so với ngành mình được học tập, đào tạo.
Thứ tư. cơ sở vật chất phục vụ cho công tác giải quyết thủ tục hành
chính
Tại Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả hồ sơ hành chính của Ủy ban nhân dân ở một số xã vẫn còn thiếu những trang thiết bị cần thiết như máy in, máy photo nên chưa đáp ứng được yêu cầu công việc. Điều này ảnh hưởng đến tâm lý làm việc của cán bộ công chức cũng như người dân đến giải quyết thủ tục.
Thứ năm, sự phối hợp trong việc giải quyết thủ tục hành chính đôi khi còn chưa có sự thông nhất về thành phần hồ sơ giữa Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả với các phòng chuyên môn dẫn đến một số trường hợp phải trả lại hồ sơ để bổ sung, xác minh hoặc xin ý kiến thành phố… dẫn đến việc trễ hẹn.
Lãnh đạo không kịp thời nắm hết tình hình cũng như xử lý các khó khăn phát sinh.
Thứ sáu,công tác tuyên truyền vẫn chưa được chú trọng thực hiện đúng mức, chưa thực sự lôi cuốn được cán bộ, công chức tham gia hào hứng khi thực hiện nhiệm vụ theo cơ chếmới.
Còn có một bộ phận nhân dân còn xa lạ với cơ chế "Một cửa" nên vẫn còn tư tưởng nhờ cậy vào các mối quan hệ thân quen khi có nhu cầu giải quyết công việc tại các cơ quan. Hoặc do yếu tố tâm lý, khi có công việc là người dân tìm đến lãnh đạo hoặc gặp trực tiếp cán bộ chuyên môn cho chắc chắn và tin tưởng rằng sẽ giải quyết công việc nhanh và tránh gây phiền hà. Nhưng khi được hướng dẫn họ lại cố tình không hiểu và cho rằng các cơ quan nhà nước gây khó khăn cho dân. Và cũng còn có người không hiểu hay cố tình không hiểu về một cửa nên cho rằng cứ đến một cửa là mọi chuyện đều đạt được mà không cần quan tâm đến quy định của pháp luật.