Virus PRRS có hai genotype với sự tương đồng về nucleotide là 60%, tuy nhiên các tính chất về sinh học của virus PRRS thuộc hai genotype lại rất giống nhau (Kim et al., 2008). Sự tương đồng về nucleotide giữa các chủng phân lập ở Mỹ và vùng Lelystad của Hà Lan chỉ là 45,7% trong ORF1b, 65%-67% trong ORF2, 61%-64% trong ORF3, 63%-66% trong ORF4, và 61%-63% trong ORF5 (Meng et al., 1995a; Meng et al., 1995b).
chủng phân lập ở Mỹ hoặc giữa các chủng phân lập ở Châu Âu, tuy nhiên có sự bến đổi di truyền khá mạnh trong các gen thuộc khung đọc ORF6 và ORF7 giữa các chủng phân lập ở Châu Âu và Mỹ. Sự khác biệt giữa các chủng ở Mỹ chỉ là 2,5%-7,9%, trong khi đó sự khác biệt giữa các chủng ở Mỹ và vùng Lelystad là 35% (Kapur et al., 1996).
Trình tự ORF1 cũng có sự sai khác rất lớn giữa các chủng phân lập ở Châu Âu và Mỹ, sự tương đồng chỉ đạt 55% (Allende et al., 1999; Nelsen et al., 1999).
ORF1b có tính bảo thủ cao hơn ORF1a và độ tương đồng về nucleotide đạt 63,4%. Sự biến đổi nhiều nhất được tìm thấy trong vùng NSP2 của hệ gen virus. Độ tương đồng về axit amin chỉ đạt 47% giữa các mẫu phân lập ở Châu Âu và Mỹ. Sự đa hình gen lớn nhất được tìm thấy trong vùng NSP2 của virus LV. Khái niệm về nhóm virus có liên quan với nhau được hình thành bởi một hoặc nhiều đột biến giống nhau (quasispecies) khi virus đồng nhiễm ở động vật đã được Goldberg và công sự (2003) đề xuất khi phân tích trình tự các chủng virus PRRS khác nhau nhiễm trùng lây lan giữa các loài. Đã có các bằng chứng về sự xuất hiện các quần thể phụ của virus PRRS biến đổi về mặt di truyền các chủng phân lập từ cơ quan sinh sản của lợn sau khi có tiến hóa kiểu quasispecies (quasispecies evolution) (Rowland et al., 1999). Điều quan trọng là việc xuất hiện các quần thể phụ của virus PRRS biến đổi về mặt di truyền sẽ gây khó khăn cho việc tiêm chủng phòng PRRS do vaccine sẽ không còn hiệu lực hoặc giảm hiệu lực chống lại các chủng virus PRRS biến đổi di truyền (Domingo et
al., 1998; Duarte et al., 1994; Domingo and Holland, 1992).