Ph−ơng pháp kiểm toán ch−a đ−ợc áp dụng đầy đủ và nhuần nhuyễn theo yêu cầu của hoạt động kiểm toán
Kiểm toán việc chi tiêu, mua sắm, sửa chữa tài sản công đã tiết kiệm và hiệu quả ch−a? còn nhiều hạn chế do ch−a có quy định cụ thể việc kiểm tra tính hợp lý của các hồ sơ, chứng từ. Kiểm toán viên không thể tuỳ tiện đ−a ra đánh giá khi không có sự kiểm tra, đối chiếu tính hợp lý, hợp pháp của các chứng từ. Cũng vì vậy, trong quá trình kiểm toán không chỉ ra đ−ợc các sai phạm đáng kể trong khi các sai phạm vẫn đang diễn ra.
Đa số Kiểm toán viên chỉ chú trọng kiểm toán việc chấp hành chính sách, chế độ tài chính, tổng kinh phí nhận và đề nghị quyết toán tổng hợp, chi tiết theo Hệ thống Mục lục ngân sách. ít quan tâm đến kiểm toán các tài khoản kế toán, đến việc định khoản, tính chính xác của bảng cân đối tài khoản và các phụ biểu, báo cáo đi kèm báo cáo tài chính của đơn vị. Có nhiều cuộc kiểm toán tại đơn vị dự toán cấp III không thực hiện đ−ợc việc kiểm toán số d− các tài khoản trên bảng cân đối kế toán nh− yêu cầu tại Quyết định số 89/QĐ-KTNN ngày 14/03/2003 của Tổng Kiểm toán Nhà n−ớc, mẫu Biên bản kiểm toán đơn vị dự toán cấp III,…. Các sai sót trong công tác hạch toán tài
khoản kế toán và trong hạch toán chi theo Mục lục ngân sách Nhà n−ớc ch−a đ−ợc chỉ ra đầy đủ, còn dừng ở mức nhận xét chung chung.
Các vấn đề về chủ ch−ơng, đ−ờng lối phát triển ngành, tính hợp lý trong việc bố trí nhiệm vụ, khoản chi của toàn ngành và từng đơn vị của đơn vị dự toán cấp I, ch−a đ−ợc đa số Kiểm toán viên chú trọng và có đánh giá về vấn đề này. Vì vậy, kết quả kiểm toán mới dừng ở mức nêu các sai phạm đơn lẻ, nhiều khi còn vụn vặt thiếu tính tổng quát, toàn diện.
Tại các đơn vị sự nghiệp đào tạo và sự nghiệp y tế có thu học phí và viện phí, việc thực hiện kiểm toán công tác tổ chức, quản lý thu còn ch−a đảm bảo tính cẩn trọng trong kiểm toán. Nhất là đối với khâu thu viện phí, ch−a có sự kiểm toán toàn bộ quá trình (từ sổ theo dõi đối t−ợng nhập viện, hồ sơ bệnh án để thu viện phí đến khâu quyết toán số thu viện phí giữa tổ thu viện phí với kế toán theo dõi tài khoản tạm thu viện phí, tài khoản doanh thu). Nhiều cuộc kiểm toán ch−a quan tâm đầy đủ việc kiểm toán các tr−ờng hợp đ−ợc duyệt miễn, giảm viện phí.
Các khoản ghi thu ghi chi về phí, lệ phí đã sử dụng tại đơn vị th−ờng ch−a kịp thời nh−ng Kiểm toán viên khó tổng hợp đầy đủ số liệu, do số đơn vị sự nghiệp có thu nhiều, các đơn vị chủ quản, cơ quan Tài chính không tổng hợp đầy đủ tình hình thu, sử dụng, quyết toán và ghi thu, ghi chi của các đơn vị .
Còn có tr−ờng hợp kiểm toán viên bỏ sót nguồn thu khác đ−ợc để lại chi quản lý qua ngân sách Nhà n−ớc mà đơn vị không hạch toán, quản lý đối với các khoản thu đó.
Trong giai đoạn tới việc thực hiện kiểm toán tại các đơn vị hành chính, sự nghiệp thực hiện cơ chế mới cần có sự đổi mới ph−ơng thức kiểm toán, mục tiêu kiểm toán cho phù hợp quyền tự chủ của Chủ tài khoản. Tuy nhiên cũng cần phải chỉ ra đ−ợc những điểm tích cực, hạn chế của các đơn vị khi thực hiện cơ chế mới. Nội dung này do việc triển khai cơ chế mới tại cơ sở ngành
của các địa ph−ơng còn chậm, do đó các Đoàn kiểm toán, các Tổ kiểm toán ch−a kiểm toán, ch−a đánh giá đ−ợc về việc thực hiện cơ chế mới đối với đơn vị sự nghiệp.
2.2.2.3 B−ớc thứ 3: Lập Biên bản kiểm toán và tổng hợp vào Báo cáo
kiểm toán ngân sách địa ph−ơng