Còn tình trạng sử dụng tuỳ tiện kinh phí sự nghiệp cũng nh− kinh phí ch−ơng trình mục tiêu không đúng nội dung, mục đích đ−ợc phê duyệt trong kế hoạch đề ra đầu năm.
Tình trạng chi tiếp khách, quà tặng, thăm quan, du lịch trong và ngoài n−ớc d−ới dạng thăm quan học tập hàng năm là phổ biến, nhất là ở các đơn vị có nguồn thu sự nghiệp, các Văn phòng sở của các sở chủ quản.
Hiện t−ợng chi thanh toán sai chính sách, chế độ cho ng−ời lao động ngoài quy định hiện hành vẫn còn nh−ng không nhiều.
Việc mua sắm, sửa chữa tài sản công cũng có những biểu hiện ch−a tiết kiệm và ch−a hiệu quả.
Các đơn vị ngành y tế th−ờng quản lý nhiều loại hoá chất, thuốc, vật t− tiêu hao hình thành từ nhiều nguồn khác nhau nh−ng cùng đ−ợc sử dụng cho mục đích phòng bệnh, chữa bệnh nên việc quản lý kho thuốc th−ờng khó khăn, phức tạp. Nhiều đơn vị ch−a làm tốt khâu quản lý và hạch toán kho vật t−, hàng hoá. Giá trị vật t−, hàng hoá trên sổ kế toán và sổ kho không khớp nhau. Có hiện t−ợng sử dụng thuốc, hoá chất nguồn ch−ơng trình mục tiêu quốc gia cho hoạt động dịch vụ tiêm phòng.
Đa số các cơ sở khám chữa bệnh không bố trí đủ kinh phí mua thuốc phục vụ chữa bệnh trong năm. Tuy nhiên, một phần do công suất gi−ờng bệnh
cao hơn kế hoạch. Vì vậy kho thuốc dự trữ thấp, nợ tiền thuốc đối với các cơ sở cung cấp thuốc là phổ biến.
Việc sử dụng các khoản thu sự nghiệp không đúng nội dung quy định, th−ờng xảy ra ở khắp các địa ph−ơng.
Tại các đơn vị sự nghiệp có thu thực hiện cơ chế khoán chi th−ờng hạn chế việc mua sắm, sửa chữa vật t− văn phòng, cơ sở làm việc, giành kinh phí chi th−ởng, hỗ trợ thu nhập cho nhân viên. Tuy nhiên, về chính sách, chế độ tài chính đối với việc sử dụng nguồn thu viện phí của các đơn vị khám chữa bệnh ngành y tế hiện nay có nhiều bất cập, không phù hợp với thực tế nhiệm vụ chi, nhu cầu kinh phí phục vụ cho hoạt động chính của đơn vị. Nếu nh− tr−ớc đây 70% nguồn thu từ viện phí chi phục vụ trực tiếp cho khám chữa bệnh cho ng−ời bệnh, 30% giành cho các quỹ khen th−ởng, phúc lợi, trích nộp cho cấp trên mà nguồn thu còn ch−a đáp ứng nổi nhu cầu chi cho ng−ời bệnh và đổi mới, nâng cao trang thiết bị khám chữa bệnh. Nay lại thêm 35% số thu viện phí cho nội dung chi trả tiền l−ơng tăng thêm của cán bộ nhân viên đơn vị thì số thiếu hụt càng lớn và thiếu hụt ngay đối với cơ sở khám chữa bệnh lớn, trung tâm của tỉnh chứ không chỉ các sơ sở khám chữa bệnh tuyến huyện.
Với chính sách sử dụng quỹ thu từ viện phí hiện nay, từ năm 2003 đã có nhiều cơ sở khám chữa bệnh tuyến tỉnh, huyện nhất là các tỉnh miền núi, vùng sâu, vùng xa không chi trả đ−ợc tiền l−ơng tăng thêm cho cán bộ nhân viên trong đơn vị. Một số đơn vị chi trả đ−ợc tiền l−ơng tăng thêm thì không còn kinh phí để chi chế độ khen th−ởng theo quy định hiện hành. So với thu nhập của các đơn vị hành chính sự nghiệp thì cán bộ, nhân viên ngành y tế vẫn có tổng thu nhập cao hơn song xét về chế độ, họ ch−a nhận đủ chế độ quy định về quyền lợi hợp pháp của mình. Kết quả tâm t− của đông đảo cán bộ, nhân viên ngành y tế không yên tâm, thông thoáng khi làm nhiệm vụ, gây khó khăn cho ban lãnh đạo các cơ sở khám chữa bệnh này.
Đối với các đơn vị khám chữa bệnh tại các thành phố lớn nh− Hà Nội, Thành phố Hồ Chí Minh,… số tiền thu viện phí rất lớn. Theo cơ chế mới, không những các đơn vị này có khả năng tự thu xếp nguồn kinh phí cần chi tăng thêm mà còn mong muốn có cơ chế thông thoáng hơn (hệ số chi tiền l−ơng mong muốn có thể cao hơn mức 2,5 lần l−ơng cơ bản) để các cơ sở này có thể chi tiêu đ−ợc hết phần 30% thu tiền viện phí cải thiện thu nhập cho cán bộ, nhân viên.
Đối với các đơn vị sự nghiệp ngành giáo dục- đào tạo và ngành y tế hiện nay, đa số các đơn vị sự nghiệp có nguồn thu (dù cho đã thực hiện hay ch−a thực hiện cơ chế tự chủ tài chính). Từ thực tế chênh lệch về thu nhập giữa cán bộ, nhân viên làm công tác giảng dạy, cán bộ có chuyên môn y tế với nhân viên hành chính thuần tuý, hầu hết các ngành đều có cơ chế chi tăng thêm tiền l−ơng cho cán bộ, nhân viên hành chính từ nguồn thu tại đơn vị.