Công tác dự toán về cơ bản đã tuân thủ các b−ớc của trình tự quy định nh−ng nhiều tỉnh đơn vị dự toán cấp III và Sở Tài chính trực tiếp thảo luận, quyết định dự toán, các cơ quan chủ quản ch−a thực sự chủ động, đôi khi chỉ là tham gia một cách hình thức.
Việc thông báo dự toán đến các đơn vị sử dụng ngân sách còn chậm. Có địa ph−ơng, UBND tỉnh trực tiếp thông báo đến từng đơn vị sử dụng ngân sách
trực thuộc các sở, ngành không thông qua đơn vị chủ quản cấp trên biết (bằng văn bản) về mức kinh phí đ−ợc cấp cho các đơn vị đó.
Hầu hết các địa ph−ơng không đảm bảo đ−ợc kinh phí ngay trong dự toán đầu năm cho các nhiệm vụ chi mua sắm, sửa chữa tài sản cố định (TSCĐ) của các ngành. Một số địa ph−ơng còn để lại một phần kinh phí trong cơ cấu chi đã bảo vệ với Bộ Tài chính để phân bổ cho lĩnh vực quản lý Nhà n−ớc. Một phần kinh phí trong dự toán đã phân bổ cho lĩnh vực bố trí dự phòng của ngành, để trong năm UBND tỉnh phê duyệt bổ sung cho các ngành.
Hiện nay Bộ Tài chính th−ờng cấp bổ sung có mục tiêu một số nhiệm vụ ch−a đ−ợc tính đến trong năm nh−ng một số tỉnh còn phân bổ số kinh phí đ−ợc bổ sung không đúng cho nội dung, mục đích đ−ợc giao.
Qua các sai phạm trên cho thấy cơ chế xin cho vẫn còn tồn tại và khá phổ biến với mức độ khác nhau, nhất là trong lĩnh vực giáo dục - đào tạo, y tế.
Đối với khoản thu sự nghiệp tại các đơn vị ngành giáo dục - đào tạo, y tế, đa số các địa ph−ơng đã tính và giao số thu, chi từ nguồn này cho đơn vị. Qua kiểm toán, nhiều địa ph−ơng tổ chức xác định và giao khoản này ch−a khoa học, ch−a sát khả năng nguồn thu, ch−a đ−a vào quyết định giao dự toán cho đơn vị.
Công tác lập dự toán chi tiết và cấp phát các khoản chi thuộc các lĩnh vực đôi khi còn sai Ch−ơng - Loại - Khoản, cấp phát không phù hợp với cấp ngân sách đã đ−ợc phê duyệt trong dự toán mà không có sự phê duyệt điều chỉnh dự toán, hay điều chỉnh số cấp phát khi quyết toán. Những sai sót này thuộc về trình độ chuyên môn nghiệp vụ của cán bộ kế toán, do đó báo cáo quyết toán chi ngân sách không thể hiện đúng l−ợng kinh phí đã đ−ợc sử dụng cho lĩnh vực đó và việc đánh giá tình hình thực hiện dự toán chi không chính xác.
Tại các địa ph−ơng ngoài các chính sách, chế độ quy định chung của trung −ơng, các cơ quan chức năng tham m−u một số cơ chế chính sách đãi ngộ đặc thù
riêng cho ngành giáo dục - đào tạo và y tế. Trong đó một số cơ chế chính sách ch−a phù hợp đIũu kiện kinh tế, xã hội địa ph−ơng, trái với quy định của Nhà n−ớc.