Trong giai đoạn 1954 - 1964 giáo dục Nghệ An bên cạnh những thành tựu đạt được còn tồn tại một số khuyết điểm:
Tuy có bước phát triển nhưng số lượng giáo dục còn thấp, mức độ phát triển ở các vùng chưa đồng đều, các ngành phát triển chưa vững chắc. Công tác XNMC và BTVH chưa thật tốt.
Chất lượng giáo dục chưa thực sự đạt hiệu quả, tình trạng dạy chay, học chay vẫn còn phổ biến, kiến thức khoa học chưa có tác dụng trong lao động sản xuất, phong trào văn hóa văn nghệ, thể dục thể thao trong nhà trường chưa mạnh, chưa phát huy được khả năng của các em. Học sinh đến lớp còn rụt rè, chưa thực sự nổ lực trong học tập.
Cơ sở vật chất trong các nhà trường hầu như thiếu và chưa đảm bảo chất lượng, điều đó ảnh hưởng vô cùng lớn đến chất lượng dạy và học. Sách giáo khoa còn thiếu, đồ dùng học tập thiếu…Vấn đề nâng cao chất lượng toàn diện của nhà trường chưa được coi trọng. Công tác giáo dục chính trị tư tưởng trong học sinh và giáo viên chưa được bồi dưỡng thường xuyên. Nhà trường còn chưa gắn với thực tế đấu tranh và sản xuất ở địa phương.
Đội ngũ giáo viên chưa được bồi dưỡng đúng mức, nhiều giáo viên giảng dạy chưa đúng phương pháp, cách dạy học truyền thống vẫn dược duy trì, so với yêu cầu của tình hình hiện nay thì cách dạy của giáo viên và cách học của học sinh chưa đáp ứng được.
Đội ngũ cán bộ quản lý chưa nâng cao được chất lượng, các ban ngành chưa thật quan tâm và chỉ đạo chưa kịp thời.
Nguyên nhân dẫn đến tình trạng trên là do điều kiện đới sống của nhân dân còn nhiều khó khăn. Lũ lụt hạn hán thường xuyên. Nhà nước chưa có điều kiện quan tâm đến việc nâng cao cơ sở vật chất cho trường, ngành giáo dục chưa có hướng giải quyết khó khăn của giáo viên, chưa có chính sách đãi ngộ để họ yên tâm công tác, chưa biên soạn kịp thời tài liệu giảng dạy cho giáo viên. Đặc biệt là sự quan tâm lãnh đạo và chỉ đạo của Đảng bộ tỉnh chưa được tăng cường.