Nghiên cứu nhân quả là nghiên cứu mối quan hệ giữa hai hay nhiều biến, trong đó sự xuất hiện của biến này là do sự tác động hay sự ảnh hởng của biến khác. Có ba phơng pháp luận cơ bản thờng đợc sử dụng trong nghiên cứu nhân quả là: phơng pháp hiệp nghị; phơng pháp đối hiệp nghị; phơng pháp khác biệt.
Phơng pháp hiệp nghị : đợc đề xuất bởi tác giả John Stuart Mill ở thế kỷ 19. Ông cho rằng sự xuất hiện của một hiện tợng hay một biến A luôn gắn liền với sự xuất hiện của một và chỉ một điều kiện hay một biến khác B thì có thể xem biến B là nguyên nhân của biến A. Phơng pháp hiệp nghị có tác dụng loại trừ một số biến không liên quan. Song đây vừa là u điểm lại vừa là nhợc điểm của phơng pháp này. Vì một biến A không thể chỉ chịu tác động của một mình biến B mà nó còn phải chịu tác động của nhiều biến khác nữa. Để khắc phục nhợc điểm này các nhà nghiên cứu đã hình thành một phơng pháp đối hiệp nghị.
Phơng pháp đối hiệp nghị: đợc thực hiện ngợc với phơng pháp hiệp nghị. Nếu nh trong phơng pháp hiệp nghị biến C đợc xuất hiện trong tất cả các trờng hợp chỉ thay đổi những biến khác và kết quả là Z luôn xuất hiện, chúng ta kết luận C và Z có quan hệ; thì trong phơng pháp đối hiệp nghị tất tất cả các biến đều đợc lần lợt đợc xuất hiện riêng duy nhất biến C không đợc xuất hiện, kết quả là biến Z cũng không đợc xuất hiện, dựa trên nguyên tắc của phơng pháp đối hiệp nghị một kết luận đợc đa ra là biến C và biến Z có mối quan hệ với nhau.
Phơng pháp khác biệt: là sự kết hợp 2 phơng pháp trên. Nghĩa là thực hiện lần lợt sự tác động của từng nhóm nhỏ các biến và nếu thấy rằng biến Z chỉ xuất hiện khi có X thì có thể kết luận rằng C và Z có quan hệ với nhau.