Các yếu tố độc lực của S. aureus được kiểm soát bởi các gen trên nhiễm sắc thể hoặc plasmid. Chúng góp phần quan trọng vào cơ chế bệnh sinh của vi khuẩn này. Tuy nhiên, cho tới nay, người ta vẫn chưa biết một
cách chắc chắn về gen nào hoặc tổ hợp các gen nào đóng vai trò quyết định trong cơ chế nhiễm trùng của S. aureus hoặc là đích tác động của các phương pháp điều trị mới. Một số gen tiêu biểu như spa (liên quan đến protein A, gắn vào đầu Fc của kháng thể); sir, sbn (chịu trách nhiệm cho việc tổng hợp và vận chuyển siderophore, liên quan đến việc chuyển hoá sắt); sodM (liên quan đến khả năng tồn tại của vi khuẩn trong bạch cầu đa nhân trung tính); cap (liên quan đến lớp vỏ polysaccharide); coa (liên quan đến việc sản xuất coagulase); ssp (liên quan đến sản xuất protease); srtB (liên quan đến việc gắn một số loại protein lên bề mặt vách tế bào); fib
(chịu trách nhiệm cho protein gắn fibrinogen); hla (chịu trách nhiệm cho tính tan máu alpha của vi khuẩn); sbi (liên quan đến protein gắn các phân tử Ig); hlg (chịu trách nhiệm cho tính tan máu gamma); ica (liên quan đến tổng hợp protein kết dính giữa các tế bào). Ngoài các gen quan trọng hay vùng gen chính của vi khuẩn, một số chủng S. aureus còn có các gen khác liên quan đến một số yếu tố độc lực, các enzyme ngoại bào... Các gen này chỉ có ở một số chủng S. aureus nhất định [93].
Trong những năm gần đây, toàn bộ trình tự gen của một số chủng S. aureus đã được nghiên cứu hoàn chỉnh. Các nhà khoa học đã tiến hành nghiên cứu sâu thêm về cấu trúc cũng như chức năng của vật liệu di truyền của S. aureus. Tất cả các yếu tố độc lực của S. aureus đều có gen hoặc các gen kiểm soát trực tiếp hoặc gián tiếp qua các enzyme. Trong mục này chúng tôi chỉ trình bày các gen độc lực có tầm quan trọng trong nghiên cứu này [98].