Công tác xử lý vi phạm sau quá trình kê khai thuế và thanh kiểm tra chủ yếu là theo dõi số thuế phát sinh, truy thu và tiền phạt do vi phạm, việc theo dõi số thuế này chiếm rất nhiều thời gian đối với các trường hợp chưa nộp và nộp không đầy đủ.Tổng số thuế nợ đọng của của các DN thuộc Văn phòng Cục thuế tỉnh Bình Dương quản lý tính đến ngày 31/12/2013 là 1.419.192 triệu đồng (Bảng 3.9 phía trên).
Số liệu trên cho thấy rằng tình hình tuân thủ nộp các nghĩa vụ thuế của các DN ngày càng tăng. Nợ khó thu 564.401 triệu đồng chiếm 39,77% tổng nợ, số liệu này cho thấy DN không có khả năng nộp thuế, nguyên nhân chủ yếu là do hậu quả suy thoái kinh tế kéo dài, ảnh hưởng của các yếu tố kinh tế như tình hình lạm phát và lãi suất ngân hàng cao (thậm chí còn cao hơn lãi suất phạt chậm nộp 0,05%/ ngày) làm cho các DN chịu áp lực về gánh nặng tài chính. Các nhân tố này đã tác động làm trì hoãn các khoản nộp thuế của DN hiện nay.
3.4.2.5 Phối hợp với các cơ quan hữu quan khác
Cơ quan thuế thường xuyên phối hợp với các cơ quan hữu quan khác để xác minh dữ liệu khi xử lý công việc như liên hệ Sở Kế hoạch và Đầu tư để cập nhật dữ liệu đăng ký thuế của NNT khi có sự chênh lệch về số lượng cấp phép và số lượng cấp mã số thuế hay các thông tin của NNT chưa chính xác. Ngoài ra còn tiếp nhận hồ sơ cung cấp thông tin cho các cơ quan công an, tòa án khi có yêu cầu cần phối
hợp thực hiện liên quan đến nghĩa vụ thuế. Cơ quan thuế cũng tham gia công tác thanh kiểm tra liên ngành khi có sự chỉ đạo của cấp trên.