Đây là cơ quan bên dới Hội đồng châu Âu, đợc thành lập với sự tham gia của đại diện tất cả các nớc thành viên, bao gồm Bộ trởng của Chính phủ các nớc này. Hội đồng Bộ trởng là cơ quan lập pháp tối cao của EU. Nhiệm vụ của Hội đồng là thông qua những đề nghị của uỷ ban các Cộng đồng châu Âu đa ra các chỉ thị, quy tắc và quyết định có hiệu lực bắt buộc đối với các nớc thành viên. Điều này thể hiện tính siêu quốc gia của EU.
Uỷ ban châu Âu
Nghị viện châu Âu Hội đồng Bộ trưởng
-Uỷ ban KTXH -Uỷ ban tư vấn
Trong Hội đồng Bộ trởng, các thành viên dự họp là những Bộ trởng chuyên ngành phụ trách những vấn đề sẽ đợc thảo luận để kiến nghị lên Hội đồng châu Âu và quyết định việc thực hiện công việc theo định hớng của Hội đồng châu Âu. Hội đồng Bộ trởng có trách nhiệm tạo điều kiện chop sự hợp tác liên chính phủ trong khối. Ngoại trởng đợc coi là đại diện chính thức của quốc gia về vấn đề đối ngoại và các vấn đề chung.
Chức Chủ tịch Hội đồng Bộ trởng sẽ đợc giao cho từng nớc thành viên với nhiệm kỳ 6 tháng và luân phiên nhau theo chữ cái đầu của tên mỗi nớc. Chủ tịch Hội đồng Bộ trởng do nớc giữ chức Chủ tịch Hội đồng châu Âu đảm nhiệm.
- Uỷ ban châu Âu(Commission of Communities):
Uỷ ban châu Âu độc lập với chính phủ các nớc thành viên. Tuy nhiên, các thành viên uỷ ban đợc bổ nhiệm vẫn dựa trên sự thoả thuận chung của các chính phủ thành viên và phải đợc sự tán thành của Quốc hội châu. Chức năng của Uỷ ban châu Âu gồm: Đề nghị lên Hội đồng Bộ trởng các thể thức áp dụng một quyết định hay xác định một chính sách đợc áp dụng vào một lĩnh vực nào đó; thi hành các Hiệp ớc và những quyết định của Hội đồng và các điều khoản bảo vệ; quản lý ngân sách của EU.
Uỷ ban châu Âu là cơ quan đại diện cho EU, thay mặt cho Hội đồng Bộ trởng trong quan hệ với bên ngoài. Uỷ ban châu Âu gồm 1 chủ tịch và 6 phó chủ tịch, 10 thành viên cùng với 1700 viên chức. Nhiệm kỳ của Uỷ ban là 5 năm, trụ sở đóng tại Brussels.