Bề mặt làm việc trong phương pháp vận hành theo mương rãnh thường nhỏ hơn rất nhiều so với vận hành theo phương pháp bề mặt. Trong phương pháp mương rãnh rác có thể được đổ xuống từ trên thành hố đào (nghĩa là từ miệng hố) hoặc trong lòng hố đào. Quy trình vận hành phải tùy theo phương pháp đổ rác thải xuống. Độ ổn định của thành bên hố đào là rất quan trọng nếu quá trình bốc dỡ rác diễn ra trên miệng hố. Hơn nữa cũng cần những chỉ dẫn giới hạn để tránh việc các xe cộ bị rơi xuống hố đào. Thông thường, người ta cắm những cọc gỗ hoặc những cây chống ở thành rãnh. Một người giám sát nên có mặt ở đó trong suốt quá trình bốc dỡ rác thải.
Tốt hơn là rác thải nên được bốc dỡ bên trong hố đào đối với vận hành theo phương pháp mương rãnh. Trong trường hợp cụ thể này, nên xây dựng một dốc nghiêng dẫn đến đáy của hố đào và được duy trì ở một độ dốc hợp lý cho xe cộ đi lại. Những kế họach dự phòng những biến cố bất ngờ cần được sắp đặt sẵn trong suốt thời gian thời tiết ẩm ướt hoặc trong những tình huống có thể làm cho dốc nghiêng nguy hiểm hoặc khó để sử dụng.
Kiểm soát lưu thông khi bốc dỡ rác thải trong việc vận hành theo phương pháp mương rãnh cũng giống như phương pháp bề mặt. Cũng tương tự như vận hành chôn lấp rác đã miêu tả trong phần phương pháp bề mặt, chỉ trừ một vài tình huống đặc biệt. Thành bên của hố đào giúp kiểm soát độ rộng và kích thước của tế bào rác. Trái lại, nó có thể làm cản trở hoạt động đầm nén, nếu như độ nghiêng của nó quá lớn, gây khó khăn cho cac phương tiện làm việc không thể di chuyển lên trên thành bên mà chỉ có thể sử dụng các lưỡi nén. Vận hành theo kiểu rãnh hẹp có thể làm cho rác rất nhanh đầy vào lúc cao điểm. Trong những trường hợp như vậy việc đầm nén không thể thực hiện hợp lý nếu rác bị bốc dở trên bề mặt. Nhằm ngăn cản tình trạng không mong muốn này, tốt nhất là nên để rác không cần nén chặt trong hố đào và sẽ ban rác và đầm nén sau, ngay khi thời gian cho phép.