ĐVSN là một cơ quan nhà nước nên phải tuân thủ các quy định của Nhà nước về chi tiêu. Tuy nhiên, trong nền kinh tế thị trường, các ĐVSN phải mua các vật tư, thiết bị, máy
móc theo giá thị trường. Nếu giá cả thị trường biến động lên, ĐVSN rất khó khăn trong việc đi xin kinh phí bổ sung, bởi nguồn kinh phí Nhà nước cấp được ổn định cho một số năm. Trong trường hợp này, các ĐVSN buộc phải thắt lưng, buộc bụng cố gắng chi dùng trong số tiền được cấp. Để tránh tình thế khó khăn đó, các ĐVSN có xu hướng đấu tranh để các định mức chi tiêu nới rộng hơn thực tế chút ít, hoặc luận chứng để được hưởng khoản kinh phí nhiều hơn ngay từ đầu. Sự đan xen giữa cơ chế thị trường và cơ chế quản lý chi tiêu của Nhà nước là yếu tố gây khó khăn rất lớn cho quản lý tài chính trong các ĐVSN.
Bản thân chế độ lương của cán bộ, công nhân viên trong các ĐVSN cũng là cả một vấn đề phức tạp. Một mặt, các ĐVSN phải trả lương cho người làm việc trong cơ quan mình theo bảng và thang lương của Nhà nước; mặt khác, các đơn vị này phải tìm cơ chế cho cán bộ, công nhân viên có thu nhập thêm, ít nhất cũng ngang bằng các đơn vị khác để giữ người giỏi. Lấy tiền ở đâu để tăng thu nhập cho người lao động trong các ĐVSN là bài học nan giải trong các ĐVSN hiện nay. Hơn nữa, các ĐVSN, nhất là các viện nghiên cứu, các trường đại học, các bệnh viện..., là nơi đòi hỏi các chuyên gia có trình độ cao. Nếu không có chế độ lương thỏa đáng thì không có được đội ngũ chuyên gia như vậy. Để khắc phục khó khăn này, nhiều ĐVSN tổ chức thêm các hoạt động dịch vụ ngoài luồng, cho phép người lao động tranh thủ làm thêm ở nhà v.v. Tình trạng này càng làm cho quản lý tài chính trong các ĐVSN càng khó khăn hơn.