Tổ chức bộ máy quản lý hiện nay vẫn cồng kềnh, chồng chéo, còn mang tính chuyên quản khép kín chưa phù hợp với cơ chế tự tính tự khai tự nộp cần phải đổi mới cho phù hợp với việc phân cấp và cải tiến quy trình quản lý thuế, đáp ứng yêu cầu của tiến trình cải cách và phát triển của ngành thuế. Theo tác giả đề xuất mạnh dạn áp dụng toàn quốc mô hình tổ chức theo chức năng tại cục thuế địa phương như sau.
Các phòng chức năng giúp việc phục vụ ĐTNT gồm :
Sơ đồ 3 : Tổ chức bộ máy ngành thuế theo chức năng (mô hình mới)
Khối phòng quản lý nội bộ Phòng Quản lý Ấn chỉ Phòng Tổng hợp - Dự toán Phòng TCCB và Đào tạo Phòng Tin học Phòng HC-TV-QT LÃNH ĐẠO CỤC 9 Chi cục Thuế TP Huế - Phú Vang Phong Điền - Hương Thủy Quảng Điền - Phú Lộc Hương Trà - Nam Đông A Lưới Khối phòng chức năng Phòng Thanh tra 1 Phòng Thanh tra 2 Tuyên truyền - Hỗ trợ Phòng XLTK và KTT Phòng Quản lý thu nợ
* Phòng cưỡng chế thu nợ: Quản lý số thuế nợ, theo dõi đôn đốc thu
nợ, thực thi biện pháp đối với đối tượng dây dưa, nợ đọng thuế, thông báo, tính toán số tiền phạt, thực thi biện pháp cưỡng chế thu ban đầu đối với trường hợp nộp chậm thuế. Thực hiện ở cấp địa phương về thu nợ thuế đọng và kiểm soát hiệu quả công việc. Cần thiết phải xây dựng phòng này thật mạnh như một lực lượng cảnh sát thuế.
* Phòng thanh tra: chấp hành kế hoạch thanh tra toàn quốc, thực hiện
công tác thanh tra, đánh giá công tác thanh tra các ĐTNT tại địa phương bao gồm cả việc miễn, giảm, hoàn thuế.
* Phòng Tuyên truyền, hỗ trợ tổ chức, cá nhân nộp thuế: là bộ phận cung cấp các thông tin về chính sách thuế cho ĐTNT, thực hiện các chương trình tập huấn chính sách thuế, thủ tục kê khai thuế cho các ĐTNT, trả lời các thắc mắc và giải đáp các câu hỏi của ĐTNT tại địa phương. Đây là phòng cần phải được mở rộng và tăng cường, nâng cao chất lượng phục vụ.
* Phòng xử lý tờ khai và kế toán thuế : Tiếp nhận và xử lý tờ khai của
ĐTNT, quản lý đối tượng kê khai, đăng ký thuế, kế toán thu.
* Các phòng có chức năng nội bộ: chức năng chủ yếu của bộ phận
này là: quản lý ngân sách, tài chính, tài vụ, con người.
- Đối với cấp chi cục thuế cần làm rõ chức năng của các tổ, đội thuế, tập trung công tác xử lý thông tin tại tổ kế toán-vi tính, các đội thuế là lực lượng trực tiếp hành thu, đôn đốc các đối tượng nộp thuế nộp thuế vào kho bạc nhà nước. Vì vậy không nên phân biệt theo thành phần kinh tế, loại thu hay phương pháp tính thuế mà xác định nhiệm vụ đôn đốc ĐTNT quản lý trên địa bàn thực hiện đúng theo luật thuế. Như vậy tại văn phòng chi cục thuế không nên thành lập tổ kê khai mà đưa các đối tượng này về địa bàn đôn đốc thu.