Luật thuế GTGT đã đưa ra 2 phương pháp tính thuế là: phương pháp khấu trừ thuế và phương pháp trực tiếp trên giá trị gia tăng. Nhưng trong thực tế lại quản lý tính thuế theo 4 cách: tính thuế theo phương pháp khấu trừ, phương pháp trực tiếp trên GTGT, phương pháp trực tiếp trên doanh số và phương pháp khoán doanh số. Điều này tạo ra sự phức tạp trong việc quản lý tính thuế, mặt khác nhiều hộ kinh doanh so sánh mức thuế giữa các phương pháp tính để xin chuyển từ loại hộ này sang loại hộ khác, họ coi nhẹ việc hạch toán kế toán và chế độ hoá đơn, chứng từ.
Đối với thuế sử dụng đất nông nghiệp và thuế nhà đất vẫn còn lập bộ tính thuế bằng lượng rồi quy giá theo từng thời điểm để thông báo thu thuế, mặt khác phương pháp tính thuế và tính miễn giảm thuế rất phức tạp: đối với thuế SDĐNN căn cứ vào hạng đất để xác định mức thuế khoán, căn cứ vào loại ruộng đất để chia theo mùa vụ và căn cứ vào vùng đồng bằng hay miền núi, số lượng diện tích để tính thuế vượt hạng điền. Còn đối với thuế đất ở thì căn cứ vào nông thôn, thành thị, vị trí đường phố để xác định hệ số rồi dựa vào thuế SDĐNN để tính thuế bằng thóc, thu thuế bằng tiền rồi quyết toán thuế bằng thóc. Điều này thể hiện sự bất hợp lý vì trong nền kinh tế hàng hoá các quan hệ mua bán, trao đổi và thanh toán chủ yếu dưới hình thức tiền tệ, người nộp thuế chỉ quan tâm đến số tiền thuế phải nộp vào ngân sách nhà nước do đó với các tính phức tạp như trên họ khó xác định được phần nghĩa vụ thuế của mình.