Mục tiêu cơ bản của công tác này là tập trung chỉ đạo việc kiểm tra chấp hành đúng nội dung các luật thuế, đảm bảo thu đúng, thu đủ. Thông qua công tác thanh tra phát hiện những điểm còn hạn chế, vướng mắc, kiến nghị biện pháp xử lý, kịp thời sửa đổi, bổ sung chính sách chế độ nhằm hoàn thiện và phát huy tác dụng của hệ thống thuế. Về lâu dài cần coi trọng việc nâng cao chất lượng, đổi mới về chiều sâu công tác thanh tra bằng việc đầu tư, đào tạo nâng cao năng lực chuyên môn cho đội ngũ cán bộ thanh tra, đi đôi với việc tăng cường đầu tư cơ sở vật chất kỹ thuật cho công tác quản lý thu thuế. Chính sách thuế điều chỉnh theo hướng doanh nghiệp tự kê khai nộp thuế và tự kiểm tra chính mình, từ đó cơ quan thuế chủ yếu thực hiện chức năng giám sát, hướng dẫn đôn đốc thực hiện.
Ngành thuế cần phối hợp chặt chẽ với các ngành có liên quan nhằm kiểm tra hoạt động sản xuất kinh doanh, thực hiện chế độ kế toán, sử dụng hoá đơn chứng từ, chống buôn lậu và gian lận thương mại trên toàn địa bàn.
Thực hiện kiểm tra, thanh tra thường xuyên theo một lịch trình cụ thể, đảm bảo có thể kiểm tra đến tất cả các đối tượng nộp thuế, tránh sự chồng chéo và kéo dài thời gian gây ảnh hưởng đến sản xuất kinh doanh của đối tượng nộp thuế.
Xử lý nghiêm các trường hợp vi phạm luật thuế, ngoài việc truy thu và phạt số tiền thuế nộp vào NSNN còn phải có tính chất giáo dục, răn đe để không còn tái phạm.
Coi trọng công tác kiểm tra, thanh tra nội bộ, kiểm tra việc thực hiện quy trình quản lý thuế,bảo đảm trong sạch bộ máy quản lý, nâng cao uy tín của ngành.