Thứ nhất, về kế hoạch xuất bản.
Theo báo cáo tổng kết 10 năm thi hành Luật xuất bản 1993 thì: khâu đăng ký kế hoạch xuất bản hàng năm của các nhà xuất bản tương đối tốt. Tuy nhiên, việc đăng ký kế hoạch vẫn còn có những hạn chế sau:
+ Một số nhà xuất bản bổ sung kế hoạch xuất bản nhiều lần trong năm, hiện tượng đăng ký "xếp chỗ" quá nhiều đề tài diễn ra phổ biến. Thực tế này làm cho cơ quan QLNN rơi vào tình trạng quá tải khi xem xét, chấp nhận kế hoạch xuất bản, gây lãng phí về thời gian và công sức.
+ Tình trạng "đội mũ" đề tài, chuyển từ đề tài sách thành dạng chuyên đề, tạp chí in xong mới xin bổ sung kế hoạch xuất bản vẫn xảy ra nhiều.
+ Việc xem xét và chấp nhận đăng ký kế hoạch xuất bản còn thiếu cơ sở và điều kiện cần thiết, vì những nội dung đòi hỏi đăng ký theo quy định của luật xuất bản quá sơ sài, không đủ thông tin kiểm soát đầu vào, để có những xuất bản phẩm lành mạnh ở đầu ra.
+ Nhu cầu về xuất bản nhất thời luôn phát sinh, nhưng lại bị hạn chế trong việc cấp giấy phép, trong khi đó kế hoạch của các nhà xuất bản chỉ được bổ sung vào tháng 3, tháng 6, tháng 9 và năm xuất bản.
+ Bộ Văn hóa - Thông tin vừa là cơ quan chủ quản, vừa là cơ quan quản lý một số nhà xuất bản. Cục xuất bản là cơ quan tham mưu và có một số quyền cụ thể về QLNN do Bộ Văn hóa - Thông tin giao. Như vậy, việc xem xét, chấp nhận đăng ký kế hoạch xuất bản của các nhà xuất bản thuộc Bộ Văn hóa - Thông tin không thể giống như các nhà xuất bản ngoài bộ. Tình trạng Cục xuất bản xem xét lại, không chấp nhận quyết định của lãnh đạo Bộ, kể cả quyết định của Thứ trưởng phụ trách ngành xuất bản trong việc phê duyệt kế hoạch đề tài của nhà xuất bản thuộc Bộ là trái với cơ chế QLNN.
- Lưu chiểu là một khâu quan trọng trong QLNN. Tuy nhiên việc nộp lưu chiểu của một số nhà xuất bản thực hiện chưa đầy đủ và đúng thời gian quy định (7 ngày trước khi phát hành), đặc biệt là sách xuất bản nhất thời của các địa phương hầu như không nộp lưu chiểu về Cục xuất bản Bộ Văn hóa - Thông tin. Nhiều cuốn sách phát hành rồi mới nộp lưu chiểu, nên khi bị phát hiện có sai phạm, phải thu hồi thì sách đã bán hết hoặc thu được số lượng rất hạn chế.
- Trong những năm qua, công tác lưu chiểu còn nhiều bất cập, có thể nói rằng, khâu yếu nhất của công tác lưu chiểu là đọc lưu chiểu của cơ quan QLNN về xuất bản. Thực tiễn hơn 10 năm thi hành Luật xuất bản cho thấy nhiều sai phạm về nội dung của các xuất bản phẩm lưu hành trên thị trường là do độc giả phát hiện, trong khi đó nhiệm vụ quan trọng nhất của cơ quan QLNN về xuất bản là không được để các tác phẩm có nội dung xấu xuất hiện trên thị trường.
- Việc xử lý các tác phẩm có nội dung xấu, không có lợi cho xã hội như: Chiều chiều; Những đứa con của đất; Đêm thánh nhân; Thơ linh... hoặc xuất bản không có giấy phép, không đúng với kế hoạch đăng ký vẫn chưa kịp thời, chưa dứt khoát nên đã phát hành ra ngoài nhiều, gây ra sự bất bình trong dư luận, tình trạng công văn "tạm ngừng phát hành" nhưng không có công văn giải tỏa còn khá phổ biến.
Thứ ba, về tổ chức.
Hoạt động tổ chức của nhà xuất bản đã bộc lộ một số hạn chế.
- Chưa xác lập được định hướng quy hoạch, kế hoạch phát triển lực lượng trong cả nước. Các nhà xuất bản phân bổ không đồng đều, chủ yếu tập trung ở hai thành phố lớn là Hà Nội và thành phố Hồ Chí Minh. Trong 11 nhà xuất bản địa phương đang tồn tại, có tới 7 nhà xuất bản thuộc các tỉnh phía Nam, trong khi ở một số vùng văn hóa, khuvực lại không có nhà xuất bản, như: Tây Bắc, Việt Bắc, Tây Nguyên, Đồng bằng Sông Cửu Long...
- Việc sắp xếp lại hệ thống xuất bản, in, phát hành trên quy mô cả nước và trong từng ngành, từng địa phương vẫn gặp nhiều khó khăn, tình trạng bất hợp, vừa thừa, vừa thiếu vẫn xảy ra, sự chồng chéo, "lấn sân" giữa các nhà xuất bản về tôn chỉ mục đích, chức năng, nhiệm vụ vẫn còn phổ biến. Một số bộ,
ngành đã có nhiều nhà xuất bản, nhưng vẫn tiếp tục đề nghị thành lập nhà xuất bản mới. Hiện tại, số lượng cơ sở in và phát hành sách quá lớn, một số cơ sở hoạt động kém hiệu quả, rất khó quản lý và dễ xảy ra sai phạm; trong khi đó công tác QLNN chưa mang tính chủ động, toàn cục, mà còn chạy theo thực tiễn để giải quyết những vụ việc cụ thể xảy ra.
- Do hoạt động theo các mô hình khác nhau, việc cấp vốn lưu động, việc thực hiện nghĩa vụ với nhà nước cũng khác nhau, mặt khác, theo luật định vai trò của cơ quan chủ quản là vô cùng quan trọng trong hoạt động của nhà xuất bản, nhưng hầu hết gần như khoán trắng cho nhà xuất bản từ nội dung đến hiệu quả kinh tế - xã hội. Do vậy, để tồn tại trong cơ chế thị trường các nhà xuất bản phải tự bươn chải, việc chạy theo thị hiếu để có thu nhập và duy trì sự hoạt động cũng như hoàn thành nghĩa vụ với nhà nước là điều không thể tránh khỏi.