Khi đánh giá mức độ tác động của HIV/AIDS, có một vài thách thức về ph−ơng pháp cần đ−ợc giải quyết. Thách thức thứ nhất là tách biệt các tác động trực tiếp. Một vài nghiên cứu cho thấy mối liên quan tiêu cực giữa thu nhập và có một ng−ời bị nhiễm HIV/AIDS trong hộ gia đình (Lundberg và cộng sự 2000). Điều này có thể đ−ợc diễn giải là các hộ gia đình nghèo đói có nhiều khả năng có thành viên bị nhiễm HIV/AIDS hơn hoặc là HIV/AIDS làm cho các hộ gia đình trở thành nghèo đói. Nói cách khác, không rõ liệu nghèo đói là nguyên nhân hay hậu quả của HIV/AIDS. Các ảnh h−ởng của thu nhập và chi tiêu cho thấy rõ ràng là HIV/AIDS có tác động tiêu cực đến thu nhập cũng nh− là chi cho tiêu dùng hộ gia đình. Tuy nhiên, không thể tách biệt yếu tố tiềm tàng tiêu cực của các hộ gia đình nghèo đói có nhiều khả năng có thành viên bị nhiễm HIV/AIDS. Tác động của HIV/AIDS tới đời sống hộ gia đình có thể là quá lời. Các tác động này chỉ có thể đ−ợc đánh giá và đ−ợc tách biệt nếu nh− một ph−ơng pháp
điều tra đ−ợc áp dụng. Do đó hạn chế này vẫn phần lớn ch−a giải quyết đ−ợc trong nghiên cứu tr−ờng hợp này.
Nghiên cứu đã sử dụng tiếp cận chọn mẫu có chủ đích, vì thế làm cho nghiên cứu rất dễ bị sai số lựa chọn. Có những loại hộ gia đình có ng−ời nhiễm HIV/AIDS nhất định mà nhóm nghiên cứu không thể tiếp cận đ−ợc. Rất khó làm cho những hộ gia đình có vị thế kinh tế xã hội cao tham gia vào mẫu nghiên cứu. Với một vấn đề nhạy cảm và bị kỳ thị cao nh− HIV/AIDS, vấn đề này càng rõ ràng hơn. Mặc dù nhóm nghiên cứu đã cố gắng phỏng vấn những hộ gia đình có mức độ kinh tế khác nhau, nh−ng đã không tiếp cận đ−ợc các hộ gia đình có thu nhập cao hơn nh− mong muốn. Một nhóm những ng−ời nhiễm HIV/AIDS khác khó tiếp cận đ−ợc là những gái mại dâm. Những gái mại dâm th−ờng rất di chuyển và th−ờng không hoạt động ở nơi họ sinh ra và lớn lên. Những ng−ời cung cấp tin chủ chốt trong lĩnh vực này cho biết gái mại dâm th−ờng di chuyển đến sống ở một nơi khác khi họ biết bị nhiễm HIV/AIDS và do vậy đã mất liên lạc khi nghiên cứu đi tìm kiếm.
Đây là một nỗ lực đầu tiên tiến hành một nghiên cứu về tác động của HIV/AIDS đối với hộ gia đình ở Việt Nam và không tránh khỏi một số hạn chế. Ví dụ, khi bộ câu hỏi đ−a ra rất chi tiết, thì sẽ không có đủ thời gian cho thu thập dữ liệu. Vì thách thức của tiến hành một điều tra với chọn mẫu đại diện nên đ−ợc khuyên là tăng cỡ mẫu để có đ−ợc các nhóm đối t−ợng mà ch−a có trong chọn mẫu của nghiên cứu này.