Chuyển dịch cơ cấu nông nghiệp một số tỉnh còn mang tính tự phát, nảy sinh nhiều vấn đề cần phải xử lý. Kinh tế nông nghiệp đã có bước phát triển vượt bậc, song vẫn chưa khai thác hết tiềm năng sẵn có của vùng như tiềm năng nuôi trồng thủy sản; chăn nuôi gia súc, gia cầm. Do công tác quy hoạch còn chậm, tính pháp lý chưa cao, định hướng mang tính chủ trương, khâu thực hiện thiếu đồng bộ, chưa đáp ứng yêu cầu thực tiễn.
Tốc độ tăng trưởng nông nghiệp khá cao nhưng chất lượng sản phẩm nông nghiệp chưa cao, chưa đủ sức cạnh tranh trên thị trường quốc tế. Sản xuất còn nặng về số lượng, ít chú trọng đến chất lượng; chưa xây dựng được nhiều thương hiệu nên làm hạn chế đến khả năng tiêu thụ sản phẩm trên thị trường, giá nông sản xuất khẩu thường thấp hơn so với sản phẩm cùng loại khoảng 10% so với khu vực và thế
giới. Nguyên nhân chủ yếu là do sản xuất chưa gắn với chế biến và thị trường, giá cả nông sản không ổn định nên nông dân chưa yên tâm khi chuyển sang nuôi, trồng các cây con mới; KHKT và công nghệ chưa được tận dụng triệt để nhằm nâng cao năng suất, chất lượng nông sản, chưa thực sự là “đòn bẩy” phục vụ cho sự chuyển dịch cơ cấu nông nghiệp của vùng. Công tác khuyến nông, khuyến ngư, khuyến lâm tại các địa phương chưa phát huy hết vai trò trong việc hướng dẫn người dân sản xuất; việc thực hiện chưa đồng bộ và hiệu quả chưa cao.
Cơ sở hạ tầng tuy đã được đầu tư và từng bước có sự phát triển nhưng vẫn chưa đáp ứng được yêu cầu sản xuất, sản xuất nông nghiệp luôn bịđe dọa bởi lũ lụt.
Hệ thống các công trình thủy lợi được xây dựng chưa đồng bộ, hiệu quả thấp. Hệ
thống các công trình thủy lợi, giao thông, điện, nước tại các vùng sâu, vùng xa, vùng ngập lũ vẫn còn khó khăn, bất cập, chưa có điều kiện phát triển, thiếu CSHT và kỹ thuật khó khăn lớn làm hạn chế đến sự phát triển kinh tế nông nghiệp của vùng theo hướng CNH, HĐH.
Ở ĐBSCL vốn đầu tư cho sản xuất nông nghiệp còn hạn chế, tình trạng thiếu vốn cho sản xuất cho vùng ĐBSCL luôn là vấn đề cần quan tâm vì trong thực tế có nhiều chương trình cho vay vốn nhưng vẫn chưa đáp ứng nhu cầu sản xuất.
Cùng với cả nước, sản xuất vùng ĐBSCL thực hiện chuyển dịch cơ cấu theo hướng CNH, HĐH, tăng cường ứng dụng các thành tựu của KHKT và công nghệ sinh học vào sản xuất với máy móc và các trang thiết bị hiện đại trong khi trình độ dân trí còn thấp. Đây chính là hạn chế lớn nhất của vùng trong việc đào tạo nguồn nhân lực phục vụ cho sự chuyển dịch cơ cấu kinh tế nói chung và cơ cấu nông nghiệp nói riêng.
Bên cạnh đó, vùng còn gặp những khó khăn do thiên nhiên tạo ra như sự
phân mùa rất rõ rệt: mùa mưa vùng thường bị ngập lũ, mùa khô thiếu nước cùng với sự gia tăng diện tích đất nhiễm phèn, nhiễm mặn làm cho việc cải tạo và sử dụng
đất gặp nhiều khó khăn. Do đó cần phát triển CNH nông nghiệp, giảm tính phụ
thuộc vào thiên nhiên của sản xuất và nâng cao hiệu quả kinh tế.