Nhiệm vụ chính của cấp điều khiển là điều khiển sự hoạt động của các thiết bị cấp trường. Nó nhận thông tin từ cấp điều khiển giám sát và các thông tin từ cấp trường. Nó xử lý thông tin theo một thuật toán nhất định rồi truyền tín hiệu điều khiển xuống cơ cấu chấp hành. Khi điều khiển bằng tay, người vận hành trực tiếp điều khiển thông qua đọc, theo dõi các công cụ hiển thị, vận dụng hiểu biết, kinh nghiệm của mình để thao tác theo một quy trình công nghệ đã định. Còn khi điều khiển tự động thì tất cả những thao tác đó được thực hiện bằng máy tính.
Trong hệ thống điều khiển của công đoạn lên men, nhiệm vụ điều khiển do một PLC S7-300 của Siemens đảm nhận, ngoài ra còn một số thiết bị điều khiển chuyên dùng khác như bộ điều khiển nhiệt độ, bộ điều khiển mức, bộ điều khiển và hiển thị lưu lượng.
PLC nhận tín hiệu khởi động, kiểm tra trạng thái toàn bộ thiết bị, nhận tín hiệu từ các cảm biến, các bộ điều khiển chuyên dụng (bộ điều khiển nhiệt độ, mức) rồi đưa ra quyết định điều khiển đóng, ngắt các thiết bị một cách hợp lý. Trong suốt quá trình làm việc, PLC gửi thông tin trạng thái của các thiết bị và của toàn hệ thống về cấp điều khiển giám sát đồng thời thông tin này cũng được hiển thị trên bảng lưu trình đặt trong phòng điều khiển. Khi sự cố xảy ra, PLC phát tín hiệu báo động đưa hệ thống về trạng thái an toàn.
Trong quá trình điều khiển hệ thống cũng có thể cho phép can thiệp trực tiếp vào hoạt động của mỗi thiết bị mà không ảnh hưởng tới quá trình sản xuất và dừng khẩn cấp khi xảy ra sự cố.