PLC có nhiệm vụ điều khiển, quản lý tất cả các thiết bị cấp trường trong công đoạn lên men và đưa ra tín hiệu báo sự cố, báo trạng thái của hệ thống. PLC cùng với hệ thống SCADA sẽ thực hiện giao tiếp với máy tính giám sát và thực hiện các lệnh điều khiển của người vận hành.
Hệ thống có hai chế độ điều khiển là tự động (Auto mode) và bằng tay (Manua mode). Chế độ tự động là chế độ mặc định của hệ thống, khi ta nhấn nút cho hệ thống làm việc thì mọi hoạt động trong công đoạn lên men sẽ được thực hiện hoàn toàn tự động. PLC sẽ quét tất cả các trạng thái của các biến đầu vào và tự nó xử lý rồi đưa ra quyết định điều khiển từng thiết bị. Mặc dù vậy, nếu hệ thống đang làm việc tự động nếu có thiết bị nào mà người vận hành muốn điều khiển bằng tay thì vẫn có thể tác động vào để can thiệp. Lúc đó thiết bị này chuyển sang chế độ làm việc bằng tay còn các thiết bị khác vẫn làm việc ở chế độ tự động. Khi người vận hành muốn nó chuyển lại chế độ tự động thì chỉ việc nhất nút Auto.
Hệ thống có một nút khởi động toàn hệ thống “START”, một nút dừng khẩn cấp “E_STOP”, nút kết thúc quá trình sản xuất “FINISH”, còn lại mỗi thiết bị chấp hành đều có các nút “Start”, nút “Stop” dùng để vận hành ở chế độ bằng tay (Manua mode) và một nút “Auto” dùng để chuyển từ chế độ bằng tay sang tự động (Auto mode).
Ở chế độ bằng tay (Manu mode), PLC chỉ kiểm tra trạng thái của các tín hiệu Start, Stop, Auto của thiết bị đó rồi đưa ra tín hiệu điều khiển. Đối với chế độ điều khiển bằng tay thì các thiết bị chấp hành hoàn toàn phụ thuộc vào kinh nghiệm và trình độ của người vận hành, chính vì vậy mà chế độ bằng tay thường chỉ để sử dụng khi để thử các thiết bị hoặc khắc phục sự cố khi có sự tràn dịch hay quá áp.
Khi thiết kế, mỗi thiết bị chấp hành đều có đèn báo trạng thái hoạt động trên mặt điều khiển. Dựa vào các đèn báo người vận hành có thể giám sát và vận hành chính xác các quá trình công nghệ đang diễn ra.
Khi hệ thống hoạt động, PLC luôn nhận tín hiệu điều khiển từ bảng điều khiển và từ máy tính giám sát, do đó người vận hành có thể điều khiển được từ bảng điều khiển hoặc từ máy tính giám sát. Trong suốt quá trình đó thì PLC cũng phải liên tục gửi thông tin về máy tính giám sát của các thiết bị chấp hành, các đầu đo tín hiệu như nhiệt, áp, dòng, lưu lượng… để đưa ra tín hiệu điều khiển. Các thông số này cũng được ghi lại trong suốt quá trình sản xuất vào nhật ký của mẻ làm việc.
Toàn hệ thống có một nút báo động, tín hiệu này được đưa ra còi cảnh báo và đèn cảnh báo trên bảng điều khiển. Khi gặp sự cố quá áp hay tràn dịch trên đường khí thải CO2 thì PLC sẽ phát tín hiệu cảnh báo này, lúc đó người vận hành có thể chuyển sang tín hiệu điều khiển bằng tay để khắc phục sự cố.