Thực tế cho thấy, việc triển khai hệ thống tính phí theo mức độ rủi ro là một nghiệp vụ phức tạp và không đơn giản ngay cả đối với những quốc gia phát triển ở trình độ cao. Ở Việt Nam, để triển khai mô hình phí BHTG theo rủi ro thì cần vượt qua nhiều trở ngại, thách thức, yêu cầu :
a. Xây dựng một hệ thống tiêu chí để phân loại, đánh giá chất lượng hoạt động của TCTD. Hiện hệ thống ngân hàng Việt Nam vẫn chỉ đang trong tiến trình xây dựng và áp dụng hiệu quả các chuẩn mực quản trị rủi ro, kiểm toán và kế toán theo thông lệ quốc tế. Hệ thống thông tin, thống kê cũng cần được tiếp tục hoàn thiện. Chính vì vậy, việc “định mức tín nhiệm/rủi ro” một cách bài bản, có tính thuyết phục, đối với ngân hàng, TCTD khác còn cần nhiều nỗ lực, và cả thời gian.
b. Nguồn thông tin.
Việc chấp nhận tính phí theo mức độ rủi ro đòi hỏi các nhà hoạch định chính sách phải đảm bảo rằng những nguồn thông tin cần thiết sẽ được cung cấp để quản
lý hệ thống một cách đúng đắn. Một trong những vấn đề cần xử lý ngay là liệu những thông tin cần sử dụng đã có sẵn và đã được thu nhận hay là chưa có và chưa được thu nhận. Có ý kiến cho rằng những thông tin cần thiết chỉ nên hạn chế ở những thông tin đã cung cấp cho các cơ quan an toàn. Tuy nhiên, những thông tin này có thể chưa đáp ứng được nhu cầu của một hệ thống tính phí theo mức độ rủi ro hiệu quả. Một vấn đề khác cần xem xét là liệu những thông tin dùng để tính phí theo mức độ rủi ro đã được phê duyệt chưa. Việc sử dụng những thông tin đã được kiểm toán có thể sẽ góp phần tăng tính chính xác của việc tính phí theo mức độ rủi ro, đồng thời giảm được gánh nặng về báo cáo và hành chính không cần thiết cho các ngân hàng. Về tính thời gian của thông tin, quãng thời gian tính phí cần phải phản ánh, đến mức tối đa có thể được, tình trạng rủi ro mới nhất của ngân hàng (Dũng, 2013).
c. Phải có sự trao đổi, chia sẻ thông tin kịp thời, chặt chẽ giữa các cơ quan có chức năng giám sát, trong đó có cơ quan BHTGVN. Vì chưa có cơ sở dữ liệu đầu vào đầy đủ nên chức năng kiểm tra, giám sát của BHTGVN cũng không được thực hiện 1 cách đầy đủ. Do đó, việc đánh giá, xếp hạng TCTD tham gia BHTG cần sự hỗ trợ và phối hợp của nhiều cơ quan chức năng, ban ngành, trong đó phải kể đến Ngân hàng Nhà nước, Bộ Tài chính, Kiểm toán Nhà nước (Thành, 2014).
d. Cần phải xây dựng hệ thống thu phí phân biệt và tìm được phương pháp phù hợp để phân biệt mức độ rủi ro của các ngân hàng. Trên thực tế, có rất nhiều giải pháp đã được đưa ra với mục đích phân loại rủi ro của các TCTD tham gia BHTG theo chỉ tiêu định lượng, định tính, hoặc kết hợp cả định lượng và định tính. Trong đó, những giải pháp kết hợp định lượng và định tính được biểu hiện rõ nhất ở những nước đang thực hiện tính phí theo mức độ rủi ro.
Ngoài ra, phải đảm bảo rằng các hạng mức phí khác nhau – căn cứ vào số lượng và quy mô của các ngân hàng để đảm bảo rằng có sự khác biệt đáng kể giữa các mức phí để tạo động cơ khuyến khích các ngân hàng cải thiện công tác quản lý
rủi ro của mình.Để làm được điều đó thì sự ấn định số lượng các loại phí là hết sức quan trọng khi thiết kế một hệ thống tính phí theo mức độ rủi ro. Một số công ty BHTG (Hoa Kỳ, Đài Loan) sử dụng đến 9 mức phí trong khi các công ty BHTG khác (Canada) sử dụng 4 mức phí. Sử dụng nhiều mức phí có ưu điểm là sự chênh lệch giữa các mức phí sẽ nhỏ hơn và có thể tạo ra bức tranh tổng quát hơn về phân biệt rủi ro giữa các ngân hàng. Nó cũng cho phép các công ty BHTG dễ dàng hơn trong việc xếp loại các ngân hàng theo điểm số được gán cho họ và sẽ rất thuận lợi trong tình huống có số lượng lớn và nhiều loại hình ngân hàng cần phân loại. Ngoài ra, sử dụng nhiều mức phí (với sự chênh lệch nhỏ hơn giữa các mức) sẽ có thể làm giảm bớt những khiếu nại từ phía các ngân hàng đòi xem xét lại việc xếp loại. Tuy nhiên, sử dụng quá nhiều mức phí có thể làm tăng tính phức tạp của hệ thống và có thể làm giảm ý nghĩa và, do vậy, giảm động lực của các ngân hàng trong việc dịch chuyển từ mức phí này sang mức phí khác. Một vấn đề khác liên quan đến số lượng các mức phí là khoảng cách để ấn định từng mức phí. Phải thừa nhận là ở mức độ nào đó, khảng cách được lựa chọn ít nhiều mang tính áp đặt. Tuy nhiên, những ngân hàng được xếp loại tốt nhất (rủi ro thấp) phải được xếp trong khoảng phí thấp nhất và những ngân hàng bị xếp loại tồi nhất (rủi ro cao) phải được xếp trong khoảng phí cao nhất. Những mức phí còn lại sẽ được hình thành trong khoảng cao nhất và thấp nhất.
Tuy vậy, theo một số chuyên gia ở Việt Nam, trong quá trình tạo ra khuyến khích này tất cả các ngân hàng nên đều phải đóng phí, dù thấp, vì tất cả các ngân hàng đều phải chịu chi phí về BHTG bởi lẽ các ngân hàng chính là những khách hàng trực tiếp hưởng lợi từ một hệ thống BHTG hiệu quả và tất cả các ngân hàng, dù thịnh vượng, đều có thể gây ra rủi ro đối với tổ chức BHTG.
e. Thời kỳ quá độ của sự chuyển đổi giữa 2 mô hình – mô hình thu phí đồng hạng và mô hình thu phí theo rủi ro.
Một trong những bước đi đầu tiên để bảo đảm thắng lợi cho thời kỳ quá độ là phải xây dựng một kế hoạch rõ ràng, trong đó nêu được những mục tiêu, nhu cầu về các nguồn lực, trách nhiệm, thời gian biểu và sản phẩm của thời gian quá độ. Kế hoạch quá độ cần được thông báo đến tất cả các bên có liên quan. Tính phức tạp của hệ thống dự kiến về tính phí theo mức độ rủi ro sẽ có ảnh hưởng rất lớn đến quy trình tư vấn và thời điểm kết thúc thời gian quá độ. Về mặt thời gian, thời kỳ quá độ có thể tạo điều kiện để các ngân hàng làm quen với những nội dung cơ bản của một hệ thống tính phí theo mức độ rủi ro, đồng thời tạo cho họ một cơ hội để cải thiện kết quả tài chính và các kỹ năng quản lý rủi ro. Một thời kỳ quá độ cũng tạo điều kiện về thời gian để tổ chức BHTG phê duyệt hoặc điều chỉnh hệ thống tính phí theo mức độ rủi ro. Nhưng việc chấp nhận hệ thống tính phí theo mức độ rủi ro có thể làm xuất hiện tình trạng xáo trộn khi áp đặt những mức phí cao hơn đối với những tổ chức đã có khó khăn. Một cách để giải quyết vấn đề này là thực hiện việc tính phí theo mức độ rủi ro trong nhiều giai đoạn và có thông báo trước về thời điểm và từng giai đoạn cụ thể.
Để có được mô hình thu phí BHTG theo mức độ rủi ro nói trên, các Bộ ngành cơ quan liên quan cần phải đối mặt với những vấn đề trước nhất từ việc đánh giá lại tình hình kinh tế vĩ mô, thái độ và kỳ vọng của công chúng, sức mạnh của công tác giám sát và quản lý an toàn, khung pháp lý và mức độ lành mạnh của cơ chế tiết lộ thông tin và cơ chế kế toán (Hương, 2010).