Năm 1975, cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước của nhân dân ta đã giành được thắng lợi vẻ vang. Đất nước ta độc lập tự do cuộc cách mạng dân tộc dân chủ căn bản hoàn thành, cả nước bước vào thời kỳ quá độ đi lên CNXH. Song, bối cảnh nước ta lúc bấy giờ đang gặp nhiều khó khăn về kinh tế, chính quyền cơ sở những năm mới giải phóng còn non yếu. Bọn Thực dân, Đế quốc vẫn không từ bỏ âm mưu lợi dụng Cao Đài để chống phá sự nghiệp xây dựng đất nước của nhân dân ta. Chúng sử dụng Cơ bút, bộ máy tổ chức hành chính để phục vụ cho các hoạt động phản cách mạng. Chỉ trong một thời gian ngắn, đã có gần 40 tổ chức chính trị vũ trang phản động núp dưới màu sắc tôn giáo Cao Đài chống lại chính quyền, nổi bật nhất là: “Mặt trận Thống nhất Toàn lực Quốc gia” do Hiền tài Phạm Ngọc Trãng cầm đầu; “Hội đồng Hoà giải Quốc tế và Thiên khai Huỳnh đạo” do Đinh Văn Phẩm, Võ Văn Nhơn, Bạch Hùng, Hồ Vũ Khanh, Hồ Thái Bạch cầm đầu, dưới sự chỉ đạo của Hồ Tấn Khoa. Ngoài ra còn có một số tổ chức khác như: “Thanh niên Chính nghĩa đoàn” do Đinh Văn Kịp cầm đầu, “Đảng Lao động Phục quốc”, “Mặt trận Cứu nguy Dân tộc”, “Hoà bình Thánh xa thơ”… Các tổ chức này đã cấu kết với bọn Pônpốt nổi loạn trong nội địa để bọn Pônpốt tăng cường đánh phá cặp biên giới bằng vũ trang, thảm sát hàng ngàn đồng bào vô tội của ta [116, 4].
Trước tình hình đó, Đảng bộ Tây Ninh nhận định: Đạo Cao Đài là một tổ chức tôn giáo đã bị địch lợi dụng chống lại cách mạng, vì thế, để ổn định tình hình nội địa và giữa vững biên giới, để giải phóng quần chúng tín đồ khỏi sự mê
muội và nhằm chấn chỉnh nền đạo, Uỷ ban dân nhân tỉnh Tây Ninh đã ban hành Đạo lệnh 01/HL-ĐL ngày 01/3/1979, với nội dung như sau: “Toàn đạo không được sử dụng Cơ bút nữa, một công cụ thực sự đắc lực và có hiệu quả nhất trong mê hoặc tín đồ, xây dựng bộ máy phản động…; giải thể toàn bộ các cơ cấu tổ chức chính trị đạo, từ trung ương đến địa phương, hình thành cơ cấu tổ chức hai cấp; Hội thánh Hiệp Thiên Đài, Cửu Trùng Đài hợp lại thành Hội thánh duy nhất và lập một cơ quan hành đạo duy nhất tại Tòa Thánh là Hội đồng Chưởng quản của Hội thánh Đại Đạo Tam Kỳ Phổ Độ. Còn ở các Thánh thất, Điện thờ thành lập Ban cai quản, giao những cơ sở vật chất không thuộc diện tu hành để Nhà nước quản lý sử dụng vào việc chung, còn các cơ sở thờ tự vẫn hoạt động bình thường không bị đóng cửa, cũng không bị “quản lý”, kiên quyết loại trừ phần tử đội lốt ra khỏi cửa đạo” [116, 6].
Trong giai đoạn từ 1975 – 1992, Nhà nước chủ trương tiến hành trấn áp bọn phản cách mạng trong Cao Đài, loại bỏ những yếu tố phi tôn giáo như Cơ bút và hệ thống tổ chức bộ máy hành chánh đạo (Theo tinh thần Đạo lệnh 01/HT-ĐL). Đồng thời, đưa chức sắc, chức việc trở về tu tại gia, các hoạt động tôn giáo của Cao Đài hầu như bị ngăn cấm. Điều này cho thấy, khi giải quyết vấn đề Cao Đài, chúng ta quá nhấn mạnh tính chất chính trị mà không quan tâm đến tính chất lịch sử và tính chất quần chúng rộng rãi của Đạo Cao Đài. Đến năm 1995, cùng với sự thay đổi của đất nước sau hai mươi năm được giải phóng, Đạo Cao Đài đã từng bước điều chỉnh và có những thay đổi nhất định, nó đang tồn tại với tư cách là một tôn giáo thật sự.
Trong công cuộc đổi mới do Đảng ta khởi xướng và lãnh đạo, trước hết là đổi mới tư duy, nhiều vấn đề của thực tiễn được nhận thức đúng hơn, trong đó có sự đổi mới tư duy về tôn giáo. Nghị quyết 24 – NQ/TW của Bộ chính trị (khoá VI) ra đời, thực hiện Nghị quyết này, Ban Bí thư Trung ương Đảng (khoá VII) đã
có kết luận về “chủ trương công tác đối với Cao Đài” tại thông báo số 34 – TB/TW ngày 14/11/1992. Trên tinh thần đó, Đảng ta nhìn nhận sự tồn tại của Đạo Cao Đài, từng bước bình thường hoá hoạt động của Đạo Cao Đài trong khuôn khổ chính sách, pháp luật, quan tâm thoả đáng nhu cầu tín ngưỡng của tín đồ.
Trước sự chuyển biến tích cực của Đạo Cao Đài, và với chính sách tôn trọng tự do tín ngưỡng của Đảng và Nhà Nước, tháng 5/1997 Tòa Thánh Tây Ninh đã được Nhà nước công nhận tư cách pháp nhân. Đây là sự kiện có ý nghĩa to lớn đối với tín đồ Cao Đài trước sự quan tâm của Đảng và Nhà nước. Đồng thời, Nhà nước cũng giải quyết thoả đáng các yêu cầu phù hợp Hiến chương và Pháp luật ; chẳng hạn, trong quan hệ với tôn giáo nước ngoài, Nhà nước cho phép Đạo Cao Đài mở rộng hơn trước. Điển hình như ngày 17/11/1998, Hội đồng Chưởng quản Cao Đài Tây Ninh đã tiếp và làm việc với phái đoàn ÔMÔTÔ giáo Nhật Bản gồm 13 thành viên do ông Hirose Yasumi dẫn đầu đến thăm; Tháng 11/2001, Nhà nước cho phép phái đoàn của Hội đồng Chưởng quản gồm 12 vị chức sắc thực hiện chuyến đi tham quan Campuchia, viếng mộ Đức Hộ pháp – Phạm Công Tắc [120, 4]. Sau đó, đáp ứng yêu cầu, nguyện vọng của Đạo Cao Đài, Nhà nước chấp nhận cho Cao Đài rước Liên đài của ông Phạm Công Tắc về Tòa Thánh Tây Ninh vào ngày 10.10.2006 (Âm lịch).
Quá trình tổ chức quản lý Nhà nước đối với các hoạt động của Đạo Cao Đài trên cơ sở tôn trọng tự do tín ngưỡng đã tạo ra mối quan hệ cởi mở bình thường giữa chính quyền và Ban cai quản. Điều này có ảnh hưởng rất lớn đến tâm tư tình cảm của chức sắc, chức việc, họ thực hiện tương đối tốt bổn phận công dân của mình, tin tưởng vào sự lãnh đạo của Đảng và Nhà nước, hăng hái tham gia thực hiện các chủ trương, phong trào của Nhà nước, Mặt trận Tổ quốc, đoàn thể phát động, củng cố khối đại đoàn kết dân tộc. Tuy nhiên, hiện nay vẫn
còn có một bộ phận nhỏ chức sắc, chức việc, tín đồ còn mặt cảm với quá khứ, bảo thủ, ham mê Cơ bút và một số khác do bất đồng quan điểm với Hội đồng Chưởng quản nên tìm cách tuyên truyền xuyên tạc Giáo hội. Đây là vấn đề khó khăn, phức tạp, được biết hiện nay chính quyền địa phương đang từng bước tiến hành khảo sát và nắm thực trạng để có những biện pháp phù hợp nhằm cảm hoá các đối tượng này.
Nhìn chung, sau khi quán triệt và tổ chức thực hiện thông báo số 34/TB.TW của Ban Bí thư Trung ương Đảng (Khoá VII) về chủ trương đối với Đạo Cao Đài trong tình hình mới, hầu hết các cấp uỷ Đảng có chuyển biến tích cực về nhận thức, có cách nhìn mới về Đạo Cao Đài Tây Ninh, quan tâm lãnh đạo thực hiện chính sách tôn giáo của Đảng và Nhà nước đối với Đạo Cao Đài làm cho Đạo Cao Đài từng bước được chuyển hoá đi vào tu hành thật sự và tạo nên một sự ổn định nhất định. Những nhu cầu tín ngưỡng của quần chúng tín đồ được thoả mãn, các sinh hoạt tôn giáo được tiến hành bình thường, kể cả hai đại lễ trong năm vẫn được tổ chức long trọng với sự tham gia của hàng trăm ngàn người nhưng vẫn đảm bảo an ninh trật tự cho địa phương.