Nguồn gốc nhận thức của Đạo Cao Đài là những điều kiện, tiền đề xuất hiện giáo lý, biểu tượng thờ cúng và tổ chức Giáo hội của Đạo Cao Đài, chúng nẩy sinh trong quá trình hoạt động nhận thức của con người.
Khi nói về nguồn gốc nhận thức của tôn giáo, V.I. Lênin viết: “… Thượng đế siêu hình không phải là một cái gì khác mà là sự tập hợp, toàn bộ những đặc tính chung nhất rút ra từ giới tự nhiên…” [69, 71]. Để thấy được nguồn gốc nhận thức của Đạo Cao Đài cần làm rõ toàn bộ những hoạt động nhận thức văn hoá của cộng đồng cư dân Nam Bộ trước khi Đạo Cao Đài xuất hiện.
Nam Bộ là vùng đất mới của Phương Nam có quá trình hình thành và phát triển tròn ba thế kỷ. Trải qua bao biến cố thăng trầm của lịch sử, Nam Bộ vẫn là một vùng đất trù phú, nơi dung nạp nhiều nguồn cư dân khác nhau đến định cư sinh sống. Quả thực là “đất lành chim đậu”. Trên đường vào Nam khai hoang mở cõi, bên cạnh những hành trang vật chất hữu hình, lưu dân còn mang theo các giá trị văn hoá, truyền thống, tín ngưỡng.
Người Khmer, là tộc người cư trú ở Nam Bộ lâu đời nhất trước khi có mặt người Việt, người Hoa và người Chăm. Người Khmer Nam Bộ theo đạo Phật phái Tiểu thừa. Phật giáo Tiểu thừa chứa đựng giáo lý thực hành phù hợp với người bản xứ, ngôi chùa trở nên thân quen với họ, không chỉ vì đó là nơi họ tu hành, được giáo dục những tri thức làm người, mà còn là nơi họ gởi xương cốt tổ tiên. Họ sống quây quần chung quanh các ngôi chùa, coi đây là nơi linh thiêng nhất và là trung tâm sinh hoạt văn hoá, tinh thần trong cuộc sống. Họ tin ở kiếp sau mới là sống thực, tin rằng kiếp này là tạm bợ nên họ sống hiền lành, không đua chen, luôn nghĩ đến tạo phước cho kiếp sau.
Người Hoa có mặt ở Nam Bộ giữa thế kỷ XVII, số này chịu ảnh hưởng sâu sắc tư tưởng Phật giáo (phái Bắc Tông) và Nho giáo (Khổng – Mạnh). Họ là
những người bất khuất, chống áp bức bất công, can đảm dám rời bỏ đất nước ra đi tìm đất sống mới. Họ mang vào Nam Bộ cả một nền văn hoá đồ sộ, những tập quán tín ngưỡng như thờ Quan Công, thờ Ông Bổn, thờ Bà Thiên hậu. Vốn là những di thần nhà Minh bất phục tùng nhà Thanh nên họ đem vào Nam Bộ cả truyền thống lập hội kín pha trộn chính trị và Đạo giáo. Lớp người Hoa trong thời kỳ đầu vì chính trị mà trở thành lưu dân phiêu bạt nơi xứ người hầu hết là tráng đinh. Họ lấy phụ nữ người Việt, người Khmer làm vợ và do đó xuất hiện lớp người Minh Hương, tức là con cháu họ sau này. Bởi thế, sắc thái văn hoá của người Minh Hương in đậm nét Trung Hoa, nhưng tín ngưỡng lại theo cách người Việt.
Người Việt là lưu dân từ miền Trung và miền Bắc vào làm ăn sinh sống hoặc tìm chổ ẩn tránh nạn Trịnh – Nguyễn phân tranh. Có cả những người tù tội phải lưu đày viễn xứ, hoặc có cả những quan lại, những người có tiền của, quyền thế mang theo nô tì và chiêu mộ dân nghèo vào phương Nam khẩn đất theo chính sách dinh điền của nhà Nguyễn. Trên đường vào Nam, lưu dân người Việt mang đến vùng đất mới các giá trị văn hoá, truyền thống tín ngưỡng như thói quen thờ cúng Thần linh, các vị Nhân Thần có công với làng xóm, tổ tiên trong gia đình bên cạnh tục thờ các Nhiên Thần.
Người Chăm, theo chế độ mẫu hệ, chịu nhiều ảnh hưởng của Hồi giáo, Ấn giáo và Phật giáo. Họ tin có ngày tận thế, tin có cuộc phán xét cuối cùng, có sự hồi sinh ở kiếp sau. Nhất là người Chăm Hồi giáo, họ tin tưởng tuyệt đối vào Thượng đế duy nhất là Thánh Allah.
Theo Đinh Văn Hạnh, những biến động lịch sử ở Nam Bộ “đã tạo nên những biến động dân số và dân cư, đưa đến những không gian văn hoá – tín ngưỡng, tôn giáo nằm xen kẻ hoặc cài chéo nhau giữa các loại hình tín ngưỡng, tôn giáo bản địa, do lưu dân mang từ miền quê khác tới, do bên ngoài du nhập
vào trong quá trình giao lưu buôn bán, hỗn dung văn hoá… Điều này đưa đến hiện tượng có những tôn giáo tồn tại theo lối “trầm tích” hoặc cùng song song tồn tại, cùng phát huy ảnh hưởng, cái sau kế thừa và phát huy cái có trước, không làm mất cái có trước. Giao lưu văn hoá giữa các dân tộc ở Nam Bộ nói chung và tôn giáo, tín ngưỡng nói riêng, với mức độ khá cao đã góp phần phát triển văn hoá của mỗi dân tộc. Nhưng cũng khác với quá trình phát triển của một số tôn giáo ở những địa bàn khác trên thế giới, Nam Bộ có một sự hoà đồng tôn giáo rất cao” [50, 31-32].
Nói về vùng đất Nam Bộ, khu vực Đồng Bằng Sông Cửu Long duy nhất có dãy núi Thất Sơn – tuy không cao lắm, lại nằm giữa đồng rộng sông dài, tạo nên cảnh quan kỳ bí “Sơn bất tại cao, hữu Thần (Tiên) tắc linh”. Núi không phải chỉ do cao, cứ có Thần, Tiên là núi linh. Điều này phù hợp với tâm thức của một bộ phận cư dân địa phương. Thất Sơn là núi Linh, núi Thiêng, núi Báu (Bửu Sơn), kết hợp với sông Tiền, sông Hậu, sông Vàm Nao tạo thế đẹp phong thuỷ “Tiền Tam Giang hậu Thất Lĩnh” là vùng địa linh, mà địa linh ắt có nhân kiệt. Trong lúc cuộc sống của người dân cơ cực lầm than, đau ốm không thuốc men, vùng Thất Sơn thường xuất hiện những bậc chân tu, chuyên đi trị bệnh cứu người, khuyên dân chúng tu hành, rao giảng đời Minh hoàng, xoa dịu nỗi đau khổ của dân chúng, che chở cưu mang những chiến binh bị Pháp ruồng bố, khai hoang lập làng, xây dựng lực lượng để chống Pháp … dường như những con người nầy xuất hiện là để cứu nhân độ thế!
Tất cả những việc làm đó đã đáp ứng được nhu cầu, tâm tư tình cảm của người nông dân trong thời kỳ loạn lạc lúc bấy giờ. Điều này cũng ảnh hưởng lớn đến bầu không khí tinh thần của cả Nam Bộ. Đồng bằng Nam Bộ trở thành khu vực xuất hiện khuynh hướng của dòng tôn giáo tiên tri cứu thế, phong trào này như là sự gợi mở cho sự ra đời của Đạo Cao Đài.
Năm 1849, ông Đoàn Minh Huyên khai sáng Đạo “Bửu Sơn Kỳ Hương” lấy Thất Sơn làm trung tâm. Là người theo Đạo Phật, nhưng ông tu theo cách riêng, không cạo đầu, không mặc áo cà sa, không đi chùa, loại trừ mê tín. Triều đình Huế coi ông là phần tử chống triều đình. Trong lúc bệnh dịch hoành hành, ông ra sức trị bệnh cứu người, tổ chức khai hoang lập làng, truyền bá giáo lý Tứ Ân (ân ông, bà, cha mẹ, ân đất nước, ân Tam bảo và ân chúng sinh, được cải biên từ Tứ Ân của Phật giáo trong đó ân đất nước được xem trọng)
Với nội dung gần gũi, đơn giản, không cao siêu như Phật giáo, rất phù hợp với hoàn cảnh và trình độ của nông dân; không ngoại lai, xa lạ như Đạo Thiên Chúa hay Hồi giáo của người Chăm. Tín điều của Bửu Sơn Kỳ Hương chủ yếu là cách tân, Việt hoá các khái niệm trong Tứ ân của Phật giáo; kết hợp các nguyên tắc đạo lý Khổng – Mạnh với hai Pháp môn Tịnh độ tông và Thiền tông thời Lý – Trần, vận dụng sáng tạo cho phù hợp với người nông dân ít học ở vùng đất mới, nơi đang có sự giao tiếp của nhiều luồng văn hoá bằng con đường tuỳ duyên hoá độ.
Đứng về mặt tôn giáo mà nói, ông Đoàn Minh Huyên là người canh tân tôn giáo, Bửu Sơn Kỳ Hương lấy giáo lý Đạo Phật làm căn bản nhưng chủ trương nhập thế (nhập thế mới có thể cứu độ, cứu khổ chúng sinh được). Hành xử Tứ ân, ông cải cách các hình thức thờ cúng không rườm rà và chủ trương tu ở đâu cũng được. Chính vì thế, nông dân Nam Bộ tìm thấy ở Bửu Sơn Kỳ Hương sự gần gũi hoà hợp cuộc sống, tâm tư của họ. Để tránh sự đàn áp, khủng bố, đồng thời nắm chặt tín đồ, ông chủ trương đưa tín đồ về vùng hoang vu khai phá thành lập trại ruộng, ở đó tín đồ vừa sản xuất, vừa tu học.
Sự ra đời của Đạo Bửu Sơn Kỳ Hương là sự phản kháng tất yếu của nông dân Nam Bộ đối với sự thống trị hà khắc của vua quan Phong kiến. Những nghi thức tôn giáo chẳng qua là một hình thức để tập hợp nông dân mà ta thường thấy
ở các xã hội lạc hậu. Trần Văn Thành (còn gọi là Trần Vạn Thành) là tín đồ của Đoàn Minh Huyên, đã tích cực khẩn hoang vùng Láng Linh, ông trở thành nhân vật mà Thực dân truy nã gắt gao, treo giải thưởng. Với chí lớn, không chút bi quan yếm thế, ông rút lui về Láng Linh để xây dựng mật khu. Nghĩa quân gồm quân sĩ cựu trào, thêm khá đông người yêu nước từ các tỉnh Tiền Giang. Họ tích trữ lương thực, xây phòng tuyến nơi tứ bề lau sậy ngoại trừ một vài cây tạp gọi là cây Bảy Thưa, loại cây chịu nước lụt, bởi vậy còn gọi là căn cứ Bảy Thưa, khởi nghĩa Bảy Thưa.
Tuy cuộc khởi nghĩa của Trần Văn Thành bị thất bại, nhưng cuộc khởi nghĩa này nói lên tính chất của các phong trào tôn giáo cứu thế ở Việt Nam. Việc tổ chức chiến khu khá khoa học, với công sự, kho lương thực, đặc biệt là đúc súng tại chỗ dù còn khá thô sơ. Ông Trần Văn Thành đã dùng hình thức tôn giáo để che mắt Thực dân, ông thấy rõ tương lai của dân tộc và hành động cụ thể để chống giặc ngoại xâm, nào phải ngồi khoanh tay, chờ núi Cấm nứt ra “Bất chiến tự nhiên thành”. Thái độ của nghĩa quân và Trần Văn Thành là chiến đấu, không thỏa hiệp.
Sau Bửu Sơn Kỳ Hương là phong trào “Tứ Ân Hiếu Nghĩa” của Ngô Viện (Ngô Lợi hoặc Ngô Tự Lợi) hoặc “ông Năm Thiếp” (1831 – 1890). Như tên gọi của Đạo, giáo lý Đạo Tứ Ân Hiếu Nghĩa lấy phần Tứ ân của Bửu Sơn Kỳ Hương làm trọng tâm trong việc tu hành và Ngô Lợi bổ sung thêm phần Hiếu nghĩa, nâng cao Tứ Ân Hiếu Nghĩa lên một bước so với Bửu Sơn Kỳ Hương.
Khách quan mà xem xét, phong trào này gồm mặt đời và mặt đạo. Về mặt đạo, Ngô Lợi quy tụ tín đồ, động viên tinh thần yêu nước, tạo một bình phong để tín đồ có nhiều dịp tụ họp; làm chay ở chùa, đến nghe thuyết pháp, lãnh bùa mà đeo. Về mặt đời, đây là nơi quy tụ người chưa rõ danh tánh, từng tham gia phong trào Nguyễn Trung Trực, Thiên Hộ Dương, nhất là phong trào
Thủ Khoa Huân, sau khi thất bại đã gom về. Thêm vài người bị Pháp đày đi Côn Đảo, mãn án (hoặc được ân xá) đứng ra tổ chức nghĩa quân, liên kết với phong trào chống Pháp của ông Hoàng Sivôtha ở bên kia biên giới đang hoạt động rãi rác phía nam tỉnh Kampot (nước Campuchia) ; đồng thời, tranh thủ người dân tộc Khmer vùng Bảy Núi.
Thuyết “Bửu Sơn Kỳ Hương” của Đoàn Minh Huyên (Phật Thầy Tây An) lúc đầu là “vô vi”, không chú trọng hình thức, không ăn chay, không thờ tượng, không xây cất chùa chiền. Đến Ngô Lợi, vẫn giữ cốt lõi “ơn đất nước” nhưng ham chuộng hình thức: nhiều buổi làm chay, liên tục trong năm, có chuông mõ và quỳ lạy quá nhiều [90, 237]. Vùng Núi Tượng trở thành tiền đồn xuất phát và bảo vệ những người chống Pháp, vào giai đoạn mà phong trào “Trung quân ái quốc” đang suy thoái.
Ngô Lợi khai sáng đạo Tứ Ân Hiếu Nghĩa năm 1869, chọn vùng Bảy Núi của Châu Đốc làm căn cứ, với số tín đồ rãi rác khắp Nam kỳ lục tỉnh. Năm 1877, dịch tả hoành hành, Ngô Lợi gây phong trào, phát bùa cho dân để ngừa bệnh. Bệnh dịch lan tràn, theo sự giải thích là điềm gần tận thế, Phật, Trời đang phẫn nộ. Mỗi lá bùa còn mang ý nghĩa chính trị, xác nhận lòng khẳng khái yêu nước [90, 238]. Ngô Lợi còn tổ chức buổi thao dượt lớn, bày cuộc làm chay tại làng Hoà Khánh (Trà Lọt, nay là huyện Cái Bè), với hơn 200 người dự, ông rao giảng đời “Minh Hoàng” sắp thành lập, ai theo trễ nải thì bị thú dữ ăn thịt (16.02.1878). Năm 1878, Ngô Lợi lãnh đạo nghĩa quân đánh trống phất cờ nổi dậy ở Mỹ Tho, cuộc khởi nghĩa bị đàn áp nhanh chóng. Bọn Pháp truy nã Ngô Lợi, ra giải thưởng 1.000 quan, số tiền quá to lúc bấy giờ ; tuy vậy, tín đồ vẫn phát triển, thề trung thành với Thầy. Chùa Tam Bảo ngày càng rầm rộ, náo nhiệt, hết cuộc lễ này đến ngày vía khác. Trong thời điểm nầy, Đạo Phật cổ truyền, với từ bi bái ái, làm lành, lánh dữ không đủ sức mạnh thúc giục tín đồ
đứng lên vũ trang khởi nghĩa, phải thêm bùa phép, quanh quẩn chỉ là “Sái đậu thành binh”, “tận thế”, “súng bắn không lủng”, “âm dương ngũ hành”, “ bùa phép năm ông” ; những thủ thuật của phép tu Tiên, luyện trường sinh bất tử của không riêng gì vùng Bảy Núi mà có thể nói là của cả nhân loại, thời Phong kiến. Người dân mất nước đã phản ứng trước tất cả những gì do Thực dân đem đến. Thêm vào đó là sự tập hợp vô điều kiện, cảnh giác đối với mọi nguy cơ, gần như là một bản năng của người miền biên giới khi cần đối phó với thú dữ, thiên tai, ngoại xâm, trong bước đầu khẩn hoang.
Trong lúc thời cuộc có nhiều biến cố ngoài Bửu Sơn Kỳ Hương, Tứ Ân Hiếu Nghĩa, ở Châu Đốc, Long Xuyên mọc lên rất nhiều đạo như Đạo Nằm, Đạo Tưởng, Đạo Gò mối, Đạo Đèn... và nhiều đạo khác nữa, đạo nào cũng có ít nhiều tín đồ. Đồng thời các đạo này cũng đã xây dựng một số niềm tin thiêng liêng làm cơ sở cho khá nhiều hoạt động tâm linh mới. Tuy không có vai trò đáng kể, song nó cũng có ảnh hưởng rất lớn đối với đời sống tâm linh của một bộ phận cư dân ở vùng Đồng Bằng Sông Cửu Long.
Trong khoảng thời gian này, ở Phương Tây xuất hiện phong trào Thông linh học, bắt đầu từ nước Mỹ rồi lan sang Anh, Pháp và nó được nhiều người biết đến với sự ra đời của quyển “Thần Tiên Kinh” của Allan Kardec (1857).
Theo Thông linh học Phương Tây thì linh hồn có hai phần, một phần hoàn toàn phi vật chất và một phần nữa vật chất bao bọc phần phi vật chất kia, gọi là Pérésprit, nó trì kéo linh hồn lại với vật chất; cả hai không tách rời nhau, và trên con đường đi tới chổ hoàn thiện, cả hai bộ phận của linh hồn cần phải trải qua nhiều lần nhập xác và thoát xác. Sinh là hồn nhập xác, tử là hồn thoát xác. Nhưng vì hồn vẫn bị bao bọc bởi một phần nửa vật chất, phần này trì kéo linh hồn lại không cho linh hồn siêu thăng được ngay. Chính vì linh hồn khi thoát xác mà còn quanh quẩn ở vùng phàm trần, vì nó là phần nữa xác thịt bao quanh, nên
qua đồng cốt, hồn có thể hiện ra được. Tư tưởng này đã bị nhiều nhà khoa học đả kích. Nguyễn An Ninh đã nhắc lại mấy điều lớn trong Nghị quyết Đại hội thế giới năm 1900 của Đạo Cầu hồn như sau: “Có Trời là sự sáng sủa tối cao và là cội rễ mọi vật; có nhiều thế giới có người ở; linh hồn không chết; có luân hồi trên trái đất này và trên trái đất khác; kinh nghiệm về đồng cốt chứng minh rằng linh hồn còn sống khi lìa khỏi xác, và linh hồn có thể nhập vào đồng cốt được; hữu phước hay vô phước trong đời này là do nơi việc trước và do tiến hoá của linh hồn; linh hồn có thể tiến hoá vô cùng được” [48, 197].
Thực ra, Thông linh học chẳng có gì mới lạ so với tục cầu hồn, Cầu Tiên, đồng cốt vốn có ở Việt Nam từ lâu đời. Để đáp ứng yêu cầu sinh hoạt tâm linh của người đương thời, nhóm quan lại công chức tiếp thu phong trào Thông linh học một cách nhanh chóng; song dung hợp chúng với tục cầu hồn, Cầu Tiên, lên