Quận 9 vào đầu thế kỷ XVII là vựng đất hoang rừng rậm và sỡnh lầy, thỳ rừng sống thành từng đàn, dõn cư thưa thớt, hầu hết sống trờn vựng cao chuyờn cỏc nghề nương rẫy, chăn nuụi và săn bắt, khụng quen làm lỳa nước.
Từ năm 1623, Chỳa Nguyễn với ý đồ mở mang bờ cừi đĩ đưa dõn cư từ vựng Thuận Quàng vào lập nghiệp. Đến năm 1698 thỡ số dõn tồn vựng đĩ lờn đến hơn 40 vạn hộ, chỳa Nguyễn Phỳc Chu sai Lễ thành hầu Nguyễn Hữu Cảnh vào đõy kinh lý, lấy đất Đồng Nai lập ra phủ Gia Định, lấy đất Đụng phố lập huyện Phước Long.
Huyện Phước Long lỳc đầu cú bốn tổng là Tõn Chỏnh, Bỡnh An, Long Thành và Phước An. Phần đất quận 9 ngày nay thuộc về địa phận tổng Long Thành. Đến năm Gia Long thứ 7 (1808) quận 9 lỳc đú thuộc tổng Long Vĩnh. Tổng Long Vĩnh bấy giờ cú 34 xĩ, thụn, phường, ấp, mà một số cũn lưu giữ đến ngày nay như Long Trường, Phước Thiện, Long Đại v.v…
Qua triều Minh Mạng, năm thứ 2(1821), để bảo tồn tờn nguyờn thủy của cỏc tổng mới, người ta chỉ thờm cỏc chữ Thượng và Hạ vào sau, như Long Vĩnh Thượng , Thành Tuy Hạ.
Vào thập niờn hai mươi của thế kỷ XX chớnh quyền thực dõn Phỏp chia Gia Định làm 4 quận: Thủ Đức, Húc Mụn, Gũ Vấp và Nhà Bố. Quận Thủ Đức cú 5 tổng với 19 xĩ. Cỏc cấp hành chớnh trờn đõy tồn tại cho đến Cỏch
mạng thỏng tỏm 1945. Sau Hiệp định Genốve, hũa bỡnh lập lại, tại miền Nam chớnh quyền Sài Gũn sắp xếp lại cỏc đơn vị hành chớnh. Theo đú, hai tổng An Thủy và Long Vĩnh Hạ của huyện Thủ Đức được tỏch ra hợp với tổng Chỏnh Mỹ Thượng của quận Chõu Thành, Biờn Hũa lập thành quận mới Dĩ An thuộc tỉnh Biờn Hũa. Đến thời điểm 1965 quận Thủ Đức cú 15 xĩ là An Khỏnh, An Phỳ, Bỡnh Trưng, Hiệp Bỡnh, Linh Đụng, Linh Xũn, Long Bỡnh, Long Phước, Long Thạnh Mỹ, Long Trường, Phỳ Hữu, Phước Long, Tam Bỡnh, Tăng Nhơn Phỳ và Thạnh Mỹ Lợi.
Năm 1967 xĩ An Khỏnh được cắt khỏi quận Thủ Đức, nhập vào thành phố Sài Gũn và được thành lập quận 9 với hai phường là An Khỏnh và Thủ Thiờm. Qua năm 1972 trờn địa bàn Thủ Đức lại được lập thờm một xĩ mới là xĩ Phước Bỡnh.
Sau ngày 30.4.1975, chớnh quyền cỏch mạng sắp xếp lại cỏc đơn vị hành chớnh trong thành phố, quận Thủ Đức được gọi là huyện ngoại thành. Một số xĩ quỏ rộng được chia ra làm cỏc xĩ mới, quận 9 bị giải thể. Hai phường An Khỏnh và Thủ Thiờm được trả về cho huyện Thủ Đức và gọi là xĩ, đưa tổng số đơn vị hành chớnh của huyện lờn 23 gồm Thị trấn Thủ Đức và 22 xĩ là An Khỏnh, An Phỳ, Bỡnh Trưng, Hiệp Bỡnh Chỏnh, hiệp Bỡnh Phước, Hiệp Phước, Linh Đụng, Linh Trung, Linh Xũn, Long Bỡnh, Long Phước, Long Thạnh Mỹ, Long Trường, Phước Bỡnh, Phỳ Hữu, Phước Long, Tam Bỡnh, Tăng Nhơn Phỳ, Thạnh Mỹ Lợi, Thủ Thiờm, Tam Phỳ, Tõn Phỳ.
Nghị định số 03-CP ngày 06/01/1997 của Thủ tướng chớnh phủ thành lập Quận 9 được tỏch từ huyện Thủ Đức cho đến nay. (tham khảo trang web Phũng giỏo dục và Đào tạo quận 9 TP.HCM)