động sát hợp với đặc điểm địa bàn phụ trách, đạt hiệu quả lãnh đạo cao
Xứ ủy Nam Bộ, Trung ƣơng Cục miền Nam nhìn chung đƣợc tổ chức phù hợp với đặc điểm của Đảng bộ và yêu cầu kháng chiến ở Nam Bộ.
Trong những năm 1945-1951, cơ cấu của Xứ ủy thể hiện rõ chủ trƣơng xây dựng khối đoàn kết, thống nhất trong Đảng bộ Nam Bộ vốn tồn tại những vấn đề phân liệt về tổ chức. Xứ ủy chính thức tại Nam Bộ thời điểm thành lập vào tháng 12-1947 lên tới 18 ủy viên, trong đó có 3 ủy viên dự khuyết. Các Xứ uỷ viên đƣợc phân công đảm nhiệm những công tác cụ thể trong các địa phƣơng, các lĩnh vực để bảo đảm sự lãnh đạo sâu sát của Xứ ủy. Để tránh sự phân tán nhƣ thời kỳ đầu
kháng chiến, Xứ ủy thiết lập cơ chế Thƣờng vụ Xứ ủy để bảo đảm sự lãnh lãnh đạo tập trung, liên tục của Xứ ủy. Trên thực tế, việc tiến hành hội nghị toàn thể Xứ ủy rất khó khăn, Ban Thƣờng vụ Xứ đã đảm trách những nhiệm vụ thuộc thẩm quyền của Xứ ủy, trực tiếp điều hành phong trào kháng chiến. Cơ chế tổ chức và hoạt động này là phù hợp với tình hình kháng chiến cấp bách ở Nam Bộ.
Trung ƣơng Cục miền Nam là một bộ phận của Ban Cấp hành Trung ƣơng, cơ cấu đƣợc tổ chức gọn nhẹ, chỉ có từ 5 đến 6 ủy viên Trung ƣơng chính thức và dự khuyết hoạt động ở Nam Bộ do Trung ƣơng chỉ định. Thành phần trên cơ bản đƣợc duy trì ổn định cho đến khi kết thúc nhiệm vụ vào năm 1954.
Trên cơ sở đó, các chức vụ chủ chốt Bí thƣ, Phó Bí thƣ Trung ƣơng Cục cũng nhƣ sự phân công trách nhiệm cụ thể cho từng đồng chí ủy viên (có thời gian đƣợc gọi là Trung ủy) do Trung ƣơng Cục quyết định và báo cáo ra Trung ƣơng.
Sau khi thành lập, Trung ƣơng Cục đã xây dựng qui chế làm việc trên cơ sở tuân thủ nguyên tắc tập trung dân chủ và phù hợp với hoàn cảnh kháng chiến. Theo đó, các đồng chí ủy viên Trung ƣơng Cục miền Nam có sự phân công trách nhiệm rõ ràng, mỗi đồng chí phụ trách một địa bàn hoặc một lĩnh vực cụ thể; đồng thời, luôn có sự phối hợp hoạt động trên cơ sở bám sát nhiệm vụ trọng tâm của cả thời kỳ cũng nhƣ của từng thời đoạn cụ thể. Trong hoạt động, Trung ƣơng Cục luôn coi trọng công tác phê bình và tự phê bình, đề cao tinh thần trách nhiệm, ý thức kỷ luật của từng đồng chí, kịp thời sửa chữa những khuyết điểm trong công tác lãnh đạo và chỉ đạo. Với phƣơng châm hoạt động đó, những đồng chí ủy viên Trung ƣơng Cục đã phát huy tinh thần dám nghĩ, dám làm, hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ đƣợc giao.
Trung ƣơng Cục qui định cụ thể chế độ làm việc, qui chế chỉ đạo, quan hệ giữa Trung ƣơng Cục với các cấp ủy trực thuộc, nhƣ Phân Liên Khu uỷ miền Đông, Phân Liên Khu uỷ miền Tây, các Ban Chấp hành Xí nghiệp ở những cơ quan, đơn vị trực thuộc Trung ƣơng Cục hay cấp Nam Bộ, Ban Cán sự Đảng Cao Miên...; với chính quyền các cấp. Trong các cuộc họp của Trung ƣơng Cục, luôn
có các đồng chí cán bộ chủ chốt của Uỷ ban kháng chiến - hành chính Nam Bộ tham gia. Ngay sau khi Trung ƣơng Cục họp, Uỷ Ban kháng chiến - hành chính sẽ tổ chức hội nghị để triển khai nhiệm vụ. Đặc biệt, trong hoàn cảnh kháng chiến, Trung ƣơng Cục đã hợp nhất Văn Phòng Trung ƣơng Cục với Văn phòng ủy Ban hành chính Nam Bộ, vừa tinh giản đƣợc bộ máy trung gian, chuyển mạnh cán bộ về các địa phƣơng để nắm tình hình, vừa thuận tiện cho việc chỉ đạo chính quyền sâu sát, kịp thời, bảo đảm các chủ trƣơng của Trung ƣơng Cục đƣợc thực hiện nhanh chóng và thông suốt.
Trung ƣơng Cục thành lập và kiện toàn các bộ phận tham mƣu, giúp việc trên cơ sở các ban chuyên môn giúp việc của Xứ uỷ Nam Bộ trƣớc đó, gồm: Văn phòng, Ban Giao thông liên lạc, Ban Tài chính, Ban Kiểm tra, Ban Đảng vụ (sau là Ban Tổ chức), Ban Tuyên huấn, Ban Mặt trận, Ban Hoa vận, Phòng Tổng hợp, Ban Khảo huấn giáo dục, Ban Nông vận. Trung ƣơng Cục xây dựng một qui chế chặt chẽ bảo đảm sự hoạt động của các bộ phận chuyên môn chạy đều, tránh sự chồng chéo.
Với tổ chức bộ máy đƣợc cấu tạo hợp lý và có những hiệu chỉnh cho phù hợp với hoàn cảnh, với một cơ chế hoạt động thích hợp với hoàn cảnh kháng chiến, tính năng động, chủ động đƣợc đề cao, Trung ƣơng Cục miền Nam hoạt động đạt hiệu quả cao trong lãnh đạo phong trào trên địa bàn đƣợc phân công phụ trách.