Từ khi thành lập, cỏc cụng ty liờn doanh đó thiết lập và duy trỡ quan hệ chặt chẽ với cỏc doanh nghiệp khỏc thuộc Vinalines và qua đú đó cựng với đội tàu vận tải biển tạo nờn một hệ thống vận tải- dịch vụ khộp kớn và đồng bộ. Thụng qua việc quan hệ của cỏc đối tỏc nước ngoài trờn thị trường vận tải quốc tế, kết hợp với việc đầu tư đổi mới thết bị, cụng nghệ cũng như cỏch điều hành, quản lý, cỏc cụng ty liờn doanh đều kinh doanh cú hiệu quả, xõy dựng được uy tớn đối với khỏch hàng trong và ngoài nước, gúp phần khụng nhỏ vào việc mở rộng thị trường kinh doanh của Vinalines ra khu vực.
Đến nay, hầu hết cỏc liờn doanh của Vinalines đều cú mức tăng trưởng cao, mang laị lợi nhận cho cỏc bờn mà vẫn đảm bảo được quyền chủ động của bờn Việt Nam trong việc quyết định về đầu tư, nhõn lực và thị trường. Qua vài năm hoạt động, lao động Việt Nam trong hầu hết cỏc liờn doanh đều đó nhanh
chúng trưởng thành, tiếp thu và nắm bắt được những kiến thức, cụng nghệ và cung cỏch quản lý mới, đỏp ứng được đũi hỏi ngày càng cao của thị trường. Tại cỏc liờn doanh của Vinalines, cỏn bộ Việt Nam đó hoàn toàn thay thế cỏc chuyờn gia nước ngoài nắm giữ những cương vị chủ chốt trong điều hành và quản lý cụng ty.
Việc thực hiện chương trỡnh đầu tư và đổi mới đội tàu được xỏc định là nhiệm vụ trọng tõm số một của Vinalines (Theo quyết định số 1419 QĐ-TTg ngày 1/11/2001 của Thủ tướng Chớnh phủ về phờ duyệt Đề ỏn phỏt triển Tổng cụng ty hàng hải Việt Nam giai đoạn 2001-2005 và định hướng đến 2010 thỡ đội tàu của Vinalines vào năm 2005 sẽ cú tổng trọng tải 1,5 triệu tấn với tuổi tàu bỡnh quõn dưới 15 tuổi [phụ lục 5: Tổng hợp dự kiến đầu tư phỏt triển đội tàu đến năm 2010]. Trờn cơ sở đú phải cú kế hoạch đúng mới và mua thờm 75 tàu với tổng trọng tải 938.000 tấn. Tuy nhiờn tốc độ đầu tư nõng cao năng lực vận tải đội tàu cũn chậm so với kế hoạch do cú nhiều khú khăn về vốn. Riờng về kế hoạch đúng mới đó cú sự khởi đầu tớch cực: Chương trỡnh đúng mới cỏc tàu trong nước theo quyết định 1419 đó được chớnh thức triển khai từ năm 2003 qua việc ký hợp đồng nguyờn tắc, sau đú là ký cỏc hợp đồng cụ thể giữa Vinalines và Vinashin. Ngoài ra Vinalines đó thực hiện mua thờm tàu của nước ngoài. Năm 2005, Vinalines đó đầu tư 3.302 tỷ đồng phỏt triển đội tàu, xõy dựng cơ sở hạ tầng, cảng biển…phục vụ cho cụng cuộc hội nhập. Đội tàu của Vinalines đó vận chuyển 21,7 triệu tấn hàng, trong đú vận tải quốc tế là 19,5 triệu tấn. Cỏc cảng do Vinalines quản lý đó bốc xếp 37,4 triệu tấn hàng hoỏ… Tổng doanh thu của Vinalines đạt 10.522 tỷ đồng. Năm 2006, Vinalines tiếp tục đúng mới 22 tàu cũn lại trong chương trỡnh đúng mới 32 tàu tại cỏc nhà mỏy đúng tàu trong nước, mua 16 tàu của nước ngoài. Một số mục tiờu cụ thể là: vận chuyển 23,4 triệu tấn hàng, bốc xếp 39,7 triệu tấn hàng tại cỏc cảng, phấn đấu đạt doanh thu 11.400 tỷ đồng [36].Định hướng đầu tư của
Vinalines là tập trung đầu tư cỏc tàu trẻ, cú tớnh năng khai thỏc hiện đại, thoả món yờu cầu lõu dài của cụng ước quốc tế.
Ngoài ra, khụng thể trụng chờ vào một vài cơ sở sửa chữa hiện cú trong nước và để chủ động hơn trong việc khai thỏc đội tàu, mới đõy, Vinalines đó chấp thuận cho Cụng ty Hàng hải Đụng Đụ đầu tư xõy dựng một khu dịch vụ sửa chữa tàu biển tại Hải Phũng. Dự ỏn sẽ cung cấp dịch vụ sửa chữa cho đội tàu của Đụng Đụ và cỏc doanh nghiệp thành viờn của Vinalines. Dự kiến mức đầu tư giai đoạn đầu là 8 triệu USD với 1 ụ nối hơn 8.000 DWT Nhiều chuyờn gia nhận định, nếu thực hiện tốt, dự ỏn này sẽ cú nhiều khỏch hàng trong và ngoài nước, gúp phần thỳc đẩy quỏ trỡnh hội nhập của vinalines vào nền kinh tế quốc tế.
Hiện nay, Vinalines cũng đó hợp tỏc quốc tế trong lĩnh vực cảng biển: Cảng Sài Gũn đang hợp tỏc với tập đoàn Maersk A/S của Đan Mạch và Cảng Singapore để phỏt triển hai cảng mới tại tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu. Theo kế hoạch, cảng Sài Gũn và Maersk sẽ đầu tư 187 triệu USD để phỏt triển cảng ở thượng nguồn khu vực cảng Cỏi Mộp – Thị Vải gồm hai cầu tàu. Khi hoàn thành xõy dựng vào năm 2010, 2 cầu tàu cú thể bốc dỡ 950.000 TEU/năm. Ở dự ỏn thứ hai, Cảng Sài Gũn và Cảng Singapore sẽ đầu tư một cảng với vốn đăng ký ở giai đoạn I là 165 triệu USD kết thỳc vào năm 2010 và tăng thờm 133 triệu USD ở giai đoạn II. Bốn cầu tàu ở hạ nguồn của khu vực cảng Cỏi Mộp sẽ được xõy dựng với khả năng bốc dỡ 1,5 triệu TEU/năm. Vốn gúp của Cảng Sài Gũn trong hai liờn doanh đều là 51% cho mỗi dự ỏn [22].
Cảng Hải Phũng thực hiện nõng cấp cảng giai đoạn 2 đó cơ bản hoàn thành cỏc hạng mục chớnh. Với sự giỳp đỡ của nhà thầu và tư vấn giỏm sỏt Nippon Koei (Nhật Bản), dự ỏn đó thực hiện nạo vột hơn 15,2 triệu m3 đất cựng hệ thống phao tiờu bỏo hiệu trờn cả tuyến luồng ngoài biển và trong sụng. Bờn cạnh đú việc kố đầu kờnh Hà Nam đó đạt 85% khối lượng. Hạng mục mở rộng bến container Chựa Vẽ đó hoàn tất, trong đú bến số 4 đó bàn
giao cho Cảng Hải Phũng để đưa vào khai thỏc ngay từ đầu năm 2006. Bói container đang khẩn trương thi cụng, dự kiến hoàn thành vào quý IV / 2006 [23].