Theo Quyết định số 98/2001/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ về việc triển khai đầu tư và xây dựng Khu công nghệ cao Hoà Lạc, Ban quản lý Khu công nghệ cao là đầu mối được giao nhiệm vụ chi tiêu kế hoạch hàng năm và là Chủ đầu tư trực tiếp quản lý các dự án sử dụng vốn ngân sách.
Ngoài ra, Ban quản lý Khu công nghệ cao còn có thể thay mặt Ban quản lý các khu công nghiệp Việt Nam thực hiện các chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn sau:
1- Cụ thể hoá và hướng dẫn thực hiện các qui định trong các văn bản qui phạm pháp luật.
2- Xây dựng kế hoạch và chủ trì tổ chức kiểm tra, thanh tra định kỳ để đánh giá tình hình thực hiện, đánh giá hoạt động của doanh nghiệp nhằm hỗ trợ doanh
nghiệp tháo gỡ khó khăn, giải quyết những vấn đề phát sinh, thực hiện đúng qui định của pháp luật.
3- Xây dựng kế hoạch phát triển Khu công nghệ cao và tổ chức thực hiện kế hoạch này.
4- Xem xét, cấp Giấy phép cho các nhà đàu tư vào hoạt động trong Khu công nghệ cao và Giấy phép hoạt động cho các hoạt động liên quan.
5- Thực hiện các nội dung quản lý: cấp giấy đăng ký thuê lại đất, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất đối với các trường hợp được giao đất, hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu, quản lý thương mại; quản lý cây dựng theo qui hoạch chi tiết và thực hiện các thủ tục hành chính nhà nước liên quan đến đầu tư, xây dựng, đấu thầu, quản lý lao động và các nội dung quản lý nhà nước khác.
6- Phối hợp công tác với các cơ quan chuyên ngành ngân hàng, hải quan, thuế vụ, bảo hiểm, công an và các cơ quan chuyên ngành cần thiết khác tổ chức thực hiện giải quyết tại chỗ những phát sinh có liên quan đến nội dung công tác của các cơ quan này.
7- Phối hợp thực hiện công tác đào tạo, bảo vệ sức khoẻ, các dịch vụ khác trong Khu công nghệ cao.
8- Bảo đảm thực hiện các hoạt động theo đúng pháp luật và các qui định áp dụng cho Khu công nghệ cao và bảo hộ người lao động và tài sản trong Khu công nghệ cao không bị xâm phạm.
9- Được nhà nước giao đất để phát triển Khu công nghệ cao và thống nhất quản lý đất trong Khu công nghệ cao.
10- Giải quyết các vấn đề có liên quan đến qui hoạch và đầu tư xây dựng hạ tầng cơ sở trong và ngoài hàng rào; nghiên cứu- triển khai khoa học công nghệ; đào tạo và bồi dưỡng nhân lực; quản lý các loại dịch vụ liên quan đến hoạt động của Khu công nghệ cao.
11- Thu phí quản lý phục vụ cho công tác quản lý Khu công nghệ cao. 12- Tổ chức các hoạt động hỗ trợ đầu tư:
- Tư vấn về pháp lý, đầu tư, kinh doanh và quản trị doanh nghiệp;
- Đào tạo nghề, cán bộ kỹ thuật, bồi dưỡng nâng cao kiến thức chuyên môn và quản lý kinh tế.
- Cung cấp thông tin về thị trường khoa học công nghệ; bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ và chuyển giao công nghệ.
- Tiếp thị xúc tiến thương mại
- Thành lập các hiệp hội ngành nghề sản xuất, kinh doanh, các hiệp hội xuất khẩu.
Trong tổ chức quản lý cần làm rõ quyền quản lý Nhà nước và quyền tự chủ sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp theo phương châm: Quyền sản xuất kinh doanh rõ ràng, trách nhiệm minh bạch, phân biệt ranh giới giữa Nhà nước và Doanh nghiệp; quản lý doanh nghiệp một cách có khoa học.
3.3.9. khuyến khích và ưu đãi về cơ chế quản lý Khu công nghệ cao
Khu công nghệ cao phải là một thực thể kinh tế.
Trên thực tế, theo qui định tại Nghị định 36/CP nêu trên thì Khu công nghệ cao chưa phải là một thực thể hoàn chỉnh, nó mới chỉ là nơi tập trung các doanh nghiệp công nghiệp công nghệ cao, các cơ sở nghiên cứu khoa học, đào tạo và các cơ sở dịch vụ, bao gồm cả dịch vụ đời sống. Trong khi đó, ở các nước khác thì coi Khu công nghệ cao là một thực thể hoàn chỉnh, thậm chí còn coi Khu công nghệ cao là một Thành phố khoa học. Bên cạnh phát triển hạ tầng kỹ thuật trong Khu công nghệ cao phục vụ cho các doanh nghiệp công nghệ cao sản xuất và kinh doanh, người ta còn phát triển các khu dân cư, cơ sở khám chữa bệnh, trường học,... biến Khu công nghệ cao thành một khu kinh tế - xã hội hoàn chỉnh.
Hiện nay, trong các văn bản qui phạm pháp luật mới có qui định loại hình Công ty phát triển hạ tầng Khu công nghiệp hoạt động đầu tư, xây dựng và kinh doanh hạ tầng kỹ thuật. Các hoạt động của Công ty này mới chỉ giới hạn trong kinh doanh hạ
tầng kỹ thuật có thể kinh doanh được, nhưng đối với Khu công nghệ cao chưa đề cập đến các hạ tầng không thể kinh doanh được và việc phát triển Khu công nghệ cao một cách toàn diện. Vì vậy, để tổ chức sản xuất kinh doanh đồng bộ mang lại hiệu quả cao, cần có một hoặc một số tổ chức kinh tế chăm lo cho Khu công nghệ cao từ khâu hình thành đến phát triển một cách toàn diện và tổng thể, gắn lợi Ých của những người bỏ vốn phát triển Khu công nghệ cao với tư cách là Chủ đầu tư khởi đầu phát triển hạ tầng với các doanh nghiệp và các đơn vị chức năng hoạt động trong Khu công nghệ cao. Với cách đặt vấn đề như vậy, chúng ta nghiên cứu việc hình thành Khu công nghệ cao (bao gồm cả hoạt động kinh doanh và hoạt động công Ých). Công ty này sẽ là tổ chức kinh tế khởi xướng ý đồ đầu tư, theo đó Công ty chuẩn bị đề án khả thi hình thành và phát triển Khu công nghệ cao và sẽ tổ chức phát triển Khu công nghệ cao đạt mục tiêu đề ra (không chỉ giới hạn trong phát triển kinh doanh hạ tầng Khu công nghệ cao). Công ty phát triển Khu công nghệ cao không can thiệp vào quyền tự chủ sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp công nghệ cao, mà ngược lại, Công ty sẽ cung cấp các dịch vụ theo yêu cầu của các doanh nghiệp trong Khu công nghệ cao thông qua các Hợp đồng kinh tế và là đầu mối chăm lo phát triển hạ tầng cả trong và ngoài hàng rào, cả hạ tầng kỹ thuật và hạ tầng xã hội. Indonesia, Trung Quốc và Thái Lan tổ chức phát triển Khu công nghệ cao theo mô hình Công ty phát triển Khu công nghệ cao. Công ty phát triển khu công nghiệp Biên Hoà (SONADEZI) ở nước ta hiện nay là tổ chức kinh tế thực hiện chức năng theo mô hình kiểu này. Đây là mô hình cần được nghiên cứu và áp dụng cho Khu công nghệ cao.