Việc cải tiến cơ chế quản lý và chính sách là động lực phát triển kinh tế nới chung và khu công nghiệp nói riêng. Về cơ chế quản lý đối với Khu công nghiệp, Khu chế xuất, tiếp tục hoàn chính cơ chế “một cửa, tại chỗ” ở Trung ương thông qua Ban quản lý các Khu công nghiệp Việt Nam và ở cấp tỉnh và Ban quản lý các Khu công nghiệp cấp tỉnh, đồng thời tạo dựng cơ chế dịch vụ “một cửa” cho hoạt động sản xuất kinh doanh của Khu công nghiệp. Dân chủ hoá trong việc xây dựng chính sách, trong quá trình xây dựng chính sách phải có sự trao đổi giữa cơ quan hoạch
định chính sách với các doanh nghiệp thuộc cả 5 thành phần kinh tế và đại diện của người lao động thì chính sách mới đáp ứng được đòi hỏi khách quan của qui luật phát triển kinh tế và mới mang tính khả thi.
Việc dùng tên “ Ban quản lý Khu công nghệ cao” để chỉ bộ máy điều hành Khu công nghệ cao cho thấy được phần nào tính chất đặc biệt hơn cả so với các Khu công nghiệp khác.
Chủ thể quản lý từ Trung ương đến Ban quản lý Khu công nghệ cao gồm có:
Các cơ quan Chính phủ, quản lý Nhà nước:
1-Chính phủ (Thủ tướng Chính phủ);
2-Ban quản lý các Khu công nghiệp Việt Nam;
3-Các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ; 4-UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương;
5-Ban quản lý Khu công nghệ cao.
Hệ thống các phòng ban dưới Ban quản lý Khu công nghệ cao:
- Quản lý hành chính;
- Quản lý qui hoạch;
- Quản lý xây dựng;
- Quản lý cơ sở hạ tầng (kinh doanh hoặc công Ých);
- Quản lý nghiên cứu triển khai Khoa học công nghệ vào đào tạo;
- Quản lý sản xuất kinh doanh;
- Quản lý lao động;
- Quản lý dân cư và các tiện Ých công cộng;
- Quản lý văn phòng đại diện cơ quan chức năng đặt tại Khu công nghệ
cao;
- Quan hệ quốc tế;
- Vận động và quản lý đầu tư;
- Kiểm tra, thanh tra;
- Công ty thương mại;
- Công ty tài chính, ngân hàng.
Hệ thống các đối tượng quản lý của Khu công nghệ cao:
Nhóm cơ quan sự nghiệp - kinh tế:
• Đối tượng phục vụ nghiên cứu triển khai:
Loại hình tổ chức:
-Trung Tâm Công nghệ cao -Trung tâm phần mềm quốc gia
-Các chi nhánh, phòng thí nghiệm độc lập. Đặc điểm chủ yếu:
- Sở hữu nhà nước hoặc tư nhân;
- Những dự án, đề tài do Ban quản lý Khu công nghệ cao đặt hàng sẽ được bao tiêu kết quả nghiên cứu và được vay vốn đầu tư mạo hiểm. -Được hưởng chính sách ưu đãi của đơn vị hoạt động trong Khu công nghệ cao và chính sách ưu đãi đối với khoa học công nghệ.
Yêu cầu cơ bản:
- Đáp ứng điều kiện của đơn vị hoạt động nghiên cứu - triển khai khoa học công nghệ trong Khu công nghệ cao.
-Các lĩnh vực nghiên cứu- triển khai theo định hướng các ngành công nghệ cao ưu tiên của quốc gia qui định.
-Tổ chức Hội đồng nghiên cứu - triển khai, tư vấn về các vấn đề chuyên môn.
• Đối tượng về giáo dục và đào tạo:
Loại hình tổ chức:
-Trung tâm hỗ trợ kỹ thuật (đào tạo); -Viện kỹ thuật (đào tạo);
-Trung tâm dạy nghề và giới thiệu việc làm; -Trung tâm quản lý và khai thác thông tin; -Bảo tàng khoa học.
Đặc điển chủ yếu:
-Hoạt động tự chủ,
-Ngành nghề được đào tạo được xác định theo các ngành công nghệ cao ưu tiên,
-Được hưởng chính sách ưu đãi của đơn vị hoạt động trong Khu công nghệ cao và chính sách ưu đãi đối với ngành giáo dục.
Yêu cầu cơ bản :
-Đáp ứng điều kiện của đơn vị hoạt động đào tạo trong Khu công nghệ cao; được Ban quản lý Khu công nghệ cao chấp thuận vào hoạt động trong Khu công nghệ cao.
-Ngành nghề đào tạo theo hướng các ngành nghề ưu tiên cho Khu công nghệ cao do Ban quản lý Khu công nghệ cao qui định.
-Tổ chức Hội đồng Giáo dục - đào tạo, tư vấn cho Giám đốc Trung tâm về các vấn đề chuyên môn.
• Các đối tượng khác:
Ban quản lý khu dân cư.
Trường từ cấp tiểu học đến Trung học phổ thông (nếu có). Bệnh viện, phòng khám chuyên khoa.
Nhóm thương mại, kinh doanh:
• Loại hình tổ chức:
- Các công ty xây dựng, phát triển và kinh doanh cơ sở hạ tầng;
-Xí nghiệp công nghệ cao, tham gia thực nghiệm, thử nghiệm công nghệ mới;
-Doanh nghiệp công nghệ cao;
-Doanh nghiệp công nghiệp kỹ thuật cao; -Công ty dịch vô Khu công nghệ cao -Công ty thương mại;
-Công ty kỹ thuật đối tác;
• Đặc điểm chủ yếu:
-Hình thành và hoạt động theo qui định của pháp luật hiện hành;
-Được hưởng chính sách ưu đãi của đơn vị hoạt động trong Khu công nghệ cao;
-Các doanh nghiệp, xí nghiệp tham gia thực nghiệm, thử nghiệm công nghệ cao được hưởng chính sách ưu đãi ưu theo đặc thù qui định riêng.
• Yêu cầu cơ bản:
Đáp ứng điều kiện của đơn vị hoạt động kinh doanh thương mại trong Khu công nghệ cao.
Các văn phòng chi nhánh của các cơ quan hữu quan đặt trong Khu công nghệ cao:
Định thuế và thu thuế; Công tác Hải quan;
Công ty viễn thông và bưu điện quốc tế; Công tác tài chính, tiền tệ;
Chi nhánh ngân hàng; Cơ quan công an.
• Đặc điểm chủ yếu:
-Thuộc hệ thống quản lý nhà nước;
-Đủ thẩm quyền giải quyết công việc liên quan tại chỗ trong Khu công nghệ cao theo cơ chế Hợp đồng.
-Chi phí và lương do cơ quan chủ quản cấp.
Nhìn vào mô hình hệ thống trên ta nhận thấy Khu công nghệ cao là một mô hình kinh tế đặc biệt, ở đó tất cả các đối tượng quản lý đều nhằm phục vụ một mục đích chung là nghiên cứu, phát triển, ứng dụng, sản xuất, thương mại, đào tạo nguồn nhân lực, dịch vụ ... cho một lĩnh vực duy nhất - đó là công nghệ cao.