Đi đôi với việc bảo đảm và mở rộng quyền tự chủ của các doanh nghiệp, cần tăng cường công tác quản lý Nhà nước để định hướng đầu tư phục vụ thiết thực cho sự nghiệp công nghiệp hoá, hiện đại hoá, ổn định và phát triển kinh tế - xã hội, đảm bảo độc lập, chủ quyền quốc gia.
Nguyên tắc chung cho quản lý Nhà nước đối với doanh nghiệp là kết hợp sự điều khiển, hướng dẫn xủa Nhà nước với sự điều chỉnh của thị trường; kết hợp quản lý kinh tế vĩ mô với quản lý kinh tế vi mô, phương pháp quản lý trực tiếp với công tác quản lý gián tiếp, quản lý bằng biện pháp hành chính với quản lý bằng biện pháp kinh tế. Trong quản lý kinh tế vĩ mô Nhà nước quản lý bằng phương pháp gián tiếp và sử dụng các biện pháp kinh tế là chính.
Trước hết, thông qua hệ thống chính sách, qui hoạch và kế hoạch thu hút đầu tư, cùng với công cụ điều tiết vĩ mô, Nhà nước đưa ra những đảm bảo để các Nhà đầu tư yên tâm đầu tư, ưu đãi để khơi luồng đầu tư, những biện pháp đảm bảo và ưu đãi đầu tư.
Mặt khác, các doanh nghiệp phải chấp hành nghiêm chỉnh các qui định về trách nhiệm của mình với Nhà nước Việt Nam, với các bên tham gia thành lập doanh nghiệp và người lao động trong doanh nghiệp. Nhà nước có thể tăng cường kiểm tra, giám sát hoạt động của doanh nghiệp thông qua các qui định sau:
-Giám sát hoạt động của doanh nghiệp qua tài khoản mở tại ngân hàng, qua hệ thống sổ sách kế toán và báo cáo tài chính cho các cơ quan quản lý Nhà nước (có xác nhận của Công ty kiểm toán).
- Theo dõi, kiểm tra hoạt động của doanh nghiệp theo giấy phép đầu tư, giấy phép kinh doanh và các văn bản qui phhạm pháp luật có liên quan.
-Theo dõi tiến độ góp vốn, việc thực hiện các nghĩa vụ tài chính, các quan hệ về lao động tiền lương, bảo vệ môi trường sinh thái,...
-Xử lý các tranh chấp trong nội bộ doanh nghiệp, tranh chấp với các tổ chức kinh tế khác và xử lý theo pháp luật các vi phạm của doanh nghiệp
Trên đây đề tài đã trình bày kiến nghị về một số chính sách khuyến khích ưu đãi đối với các Khu công nghệ cao ở Việt Nam dựa trên cở sở phân tích các chính sách và cơ chế pháp luật thực tiễn đang được áp dụng của Nhà nước. Muốn phát huy được hiệu quả và thực hiện được mục tiêu phát triển công nghệ cao, trở thành nước công nghiệp sau 25 năm nữa, các biện pháp này cần được tiến hành một cách đồng bộ và quán triệt một thống nhất. Chính phủ Việt Nam nên cơ cấu lại hệ thống các văn bản pháp lý hiện hành nhằm tạo ra một môi trường thông thoáng hấp dẫn đầu tư vào lĩnh vực công nghệ cao, để Khu công nghệ cao phát huy tối đa hiệu quả.