Theo qui định hiện hành thì Ban quản lý Khu công nghệ cao là Cơ quan quản lý trực tiếp nhà nước một Khu công nghệ cao và được thực hiện thông qua cơ chế quản lý “uỷ quyền”. Theo đó Ban quản lý Khu công nghệ cao cũng như Ban quản lý Khu công nghiệp cấp tỉnh phải được chế định trong Luật pháp là cấp quản lý trong hệ thống bộ máy quản lý Nhà nước. Ban quản lý Khu công nghệ cao phải là
đầu mối quản lý trong xây dựng, tổng hợp và tổ chức triển khai kế hoạch phát triển Khu công nghệ cao một cách đồng bộ bao gồm cả các công trình kết cấu hạ tầng ngoài hàng rào và giải quyết các vấn đề phát sinh trong quá trình sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp. Ban quản lý Khu công nghệ cao là cơ quản quản lý Nhà nước do Thủ tướng Chính phủ lập, chịu sự quản lý Nhà nước cấp Trung ương về Khu công nghiệp, Khu chế xuất, Khu công nghệ cao và của Bộ Khoa học - Công nghệ và Môi trường và sự chỉ đạo của Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh, thành phố và các cơ quan Chính phủ liên quan trong phạm vi lãnh thổ và quản lý chuyên ngành.
Khu công nghệ cao Hoà Lạc là Khu công nghệ cao đầu tiên của Việt Nam mới được thành lập và bắt đầu triển khai thi công giai đoạn 1 của công tác giải phóng mặt bằng và xây dựng hạ tầng cơ sở, Ban quản lý Khu công nghệ cao Hoà Lạc là đầu mối được giao chỉ tiêu kế hoạch và là Chủ đầu tư trực tiếp quản lý các dự án sử dụng vốn ngân sách, được phép lựa chọn đơn vị có đủ năng lực về tài chính và kinh nghiệm để tham gia triển khai thi công hạ tầng, trên cơ sở thẩm định của Bộ Kế hoạch - Đầu tư; giải quyết công việc tại chỗ theo đúng luật định và các văn bản pháp qui của Nhà nước.