Như đó nờu tại phần trờn, hiện nay theo phỏp luật Việt Nam thỡ tồn tại hai hệ thống cơ quan đăng ký bất động sản, đú là:
(i) Hệ thống cơ quan hành chớnh nhà nước: Ủy ban nhõn dõn cấp cú thẩm quyền đứng ra xỏc lập và cụng nhận quyền của người sử dụng đất thụng qua việc cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, Giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở, Giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở và quyền sử dụng đất ở, Giấy chứng nhận quyền sở hữu cụng trỡnh xõy dựng.
Theo quy định tại khoản 5 Điều 4 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của cỏc luật liờn quan đến đầu tư xõy dựng cơ bản thỡ Ủy ban nhõn dõn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương cú thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khỏc gắn liền với đất cho tổ chức, cơ sở tụn giỏo, người Việt Nam định cư ở nước ngoài được giao đất, cho thuờ đất để thực hiện dự ỏn đầu tư; tổ chức, cỏ nhõn nước ngoài. Ủy ban nhõn dõn huyện, quận, thị xó, thành phố thuộc tỉnh thỡ cú thẩm quyền cấp Giấy chứng
nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khỏc gắn liền với đất cho hộ gia đỡnh, cỏ nhõn, cộng đồng dõn cư, người Việt Nam định cư ở nước ngoài sở hữu nhà ở gắn liền với quyền sử dụng đất ở.
(ii) Hệ thống cơ quan đăng ký là cỏc Văn phũng đăng ký quyền sử dụng đất thực hiện đăng ký cỏc giao dịch, biến động về quyền sử dụng đất.
Thẩm quyền đăng ký của cỏc Văn phũng được quy định tại Điều 11 Nghị định số 88/2009/NĐ-CP, Văn phũng đăng ký quyền sử dụng đất cấp tỉnh cú thẩm quyền đăng ký đối với trường hợp người sử dụng đất, chủ sở hữu tài sản gắn liền với đất là tổ chức trong nước, cơ sở tụn giỏo, tổ chức nước ngoài, cỏ nhõn nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài thực hiện dự ỏn đầu tư; Văn phũng đăng ký quyền sử dụng đất thuộc Phũng Tài nguyờn và Mụi trường cấp huyện cú thẩm quyền đăng ký đối với trường hợp người sử dụng đất, chủ sở hữu tài sản gắn liền với đất là hộ gia đỡnh, cỏ nhõn, người Việt Nam định cư ở nước ngoài sở hữu nhà ở tại Việt Nam, cộng đồng dõn cư tại phường.
Tuy nhiờn, mụ hỡnh cơ quan cú thẩm quyền đăng ký hiện nay đang tồn tại nhiều bất cập, cụ thể như sau:
Thứ nhất, mụ hỡnh cơ quan đăng ký bất động sản hiện nay của nước ta chưa phõn định rừ chức năng đăng ký là hoạt động dịch vụ cụng với chức năng quản lý nhà nước.
Hiện nay Ủy ban nhõn dõn và Văn phũng đăng ký quyền sử dụng đất là hai cơ quan độc lập giữa một bờn là cơ quan cú chức năng quản lý hành chớnh nhà nước và một bờn là cơ quan dịch vụ cụng. Việc cơ quan quản lý hành chớnh cỏc cấp tham gia vào quỏ trỡnh cụng nhận việc xỏc lập cỏc quyền dõn sự đối với bất động sản đó phỏt sinh nhiều bất cập. Điển hỡnh là việc đăng ký bất động sản thường cú xu hướng bị hành chớnh húa. Theo quy định của phỏp luật dõn sự thỡ việc xỏc lập cỏc quyền, lợi ớch hợp phỏp đối với bất động sản từ cỏc quan hệ dõn sự, kinh tế là quyền dõn sự của cỏc chủ thể, thỡ nay hầu
hết bị phụ thuộc vào ý chớ của cơ quan đăng ký nhiều hơn là cỏc căn cứ luật định. Một thực tế cú thể thấy rừ trong tất cả cỏc hoạt động đăng ký bất động sản, khi người dõn thực hiện thủ tục ở cơ quan hành chớnh nhà nước, luụn vấp phải sự đũi hỏi, nhũng nhiễu của một bộ phận cỏn bộ, yờu cầu những giấy tờ khụng cần thiết so với luật định. Điều này tạo nờn tõm lý e ngại trong nhõn dõn khi thực hiện cỏc thủ tục đăng ký bất động sản tại cơ quan nhà nước.
Mặt khỏc, tại cơ quan hành chớnh nhà nước, so với cỏc nhiệm vụ khỏc thỡ việc quan tõm đến hoạt động đăng ký xỏc lập quyền đối với tài sản theo quy định của phỏp luật dõn sự của cỏc chủ thể thường bị coi là hoạt động thứ yếu. Do đú, trờn thực tế cỏc cơ quan này chưa thực sự chỳ trọng đến cụng tỏc đăng ký bất động sản, đặc biệt là đăng ký cỏc giao dịch về bất động sản khụng làm chuyển dịch quyền sở hữu, quyền sử dụng đất. Cỏc cơ quan này chỉ thực sự chỳ trọng đến khõu đăng ký lần đầu đối với bất động sản nhằm nắm được những thụng tin mang tớnh kỹ thuật, nhập vào sổ sỏch, dữ liệu, nhằm đỏp ứng cỏc yờu cầu quản lý hành chớnh đối với bất động sản đú. Điều này là nguyờn nhõn dẫn đến sự trỡ trệ trong quỏ trỡnh giải quyết cỏc đơn xin đăng ký bất động sản của người dõn.
Thứ hai, mụ hỡnh cơ quan đăng ký bất động sản khụng thống nhất về thẩm quyền đăng ký đối với từng đối tượng.
Hiện nay, do mỗi văn bản luật về bất động sản lại điều chỉnh một loại tài sản khỏc nhau. Vỡ vậy, cỏc văn bản này cũng quy định phõn tỏn theo loại tài sản là đất đai, nhà ở, cụng trỡnh xõy dựng, rừng tương ứng với mỗi loại tài sản đú thỡ cú một cơ quan đăng ký chịu trỏch nhiệm riờng. Theo đú, trờn cựng một địa giới hành chớnh (tỉnh, thành phố; quận, huyện, thị xó, thành phố thuộc tỉnh) cỏc bất động sản lại cú thể thuộc thẩm quyền đăng ký của nhiều cơ quan khỏc nhau. Điển hỡnh như việc cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, theo quy định tại Điều 123 Luật đất đai năm 2003 thỡ người xin cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất khi sẽ nộp hồ sơ tại văn phũng đăng ký quyền sử
dụng đất, trường hợp hộ gia đỡnh, cỏ nhõn tại nụng thụn xin cấp Giấy chứng nhận thỡ nộp hồ sơ tại Ủy ban nhõn dõn xó nơi cú đất để chuyển cho Văn phũng đăng ký quyền sử dụng đất. Sau đú Văn phũng đăng ký sẽ chuyển cỏc hồ sơ này cho Ủy ban nhõn dõn cú thẩm quyền để cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất. Văn phũng đăng ký quyền sử dụng đất thuộc Phũng Tài nguyờn và Mụi trường sẽ tiếp nhận và trả hồ sơ xin cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất đối với hộ gia đỡnh, cỏ nhõn, cộng đồng dõn cư sử dụng đất tại địa phương và người Việt Nam định cư ở nước ngoài được mua nhà gắn liền với quyền sử dụng đất; Ủy ban nhõn dõn xó, thị trấn sẽ nhận và trả hồ sơ đối với hộ gia đỡnh, cỏ nhõn, cộng đồng dõn cư sử dụng đất tại xó, thị trấn (Nghị định số 88/2009/NĐ-CP). Cỏc quy định trờn cho thấy, chỉ trong phạm vi việc cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất đó thấy thẩm quyền của cỏc cơ quan được quy định một cỏch rối rắm, khụng thống nhất. Những quy định trờn dẫn đến vướng mắc cho người dõn khi nộp hồ sơ đến một cơ quan thỡ lại được yờu cầu nộp đến cơ quan khỏc và ngược lại.
Mặt khỏc, hiện nay thẩm quyền đăng ký cũn phõn định theo tư cỏch chủ thể của người cú quyền sở hữu bất động sản, quyền sử dụng đất. Chẳng hạn, cựng một thửa đất, nhưng nếu chủ sử dụng là tổ chức thỡ việc đăng ký bất động sản đối với thửa đất đú phải được thực hiện tại cơ quan cấp tỉnh; sau đú nếu chuyển quyền sử dụng cho cỏ nhõn, hộ gia đỡnh thỡ việc đăng ký bất động sản đối với thửa đất đú lại được thực hiện tại cơ quan cấp huyện. Do đú, nếu mỗi bất động sản chỉ cú một bộ hồ sơ duy nhất, thỡ mỗi khi chuyển giao thẩm quyền đăng ký sẽ phải chuyển giao cả hồ sơ phỏp lý của bất động sản đú. Sự phõn cấp, dựa trờn sự phõn biệt giữa phỏp nhõn và cỏ nhõn, trong việc thực hiện cựng một quyền dõn sự, hiện khụng phự hợp với nguyờn tắc bỡnh đẳng giữa cỏc chủ thể được thiết lập trong luật cơ bản. Sự phõn cấp dựa trờn yếu tố người Việt Nam và người nước ngoài trong việc thực hiện cựng một quyền sẽ khụng phự hợp với cỏc yờu cầu hoàn thiện phỏp luật trong bối cảnh hội nhập và mở cửa.