Điều 19 Luật Tổ chức Viện kiểm sát nhân dân quy định: "Khi thực hành quyền công tố và kiểm sát xét xử các vụ án hình sự, Viện kiểm sát nhân dân có quyền kháng nghị theo thủ tục phúc thẩm" [27]. Đây là một hoạt động quan trọng và chủ yếu của Viện kiểm sát sau khi kết thúc phiên tòa sơ thẩm, nó thể hiện rõ nhất quyền năng pháp lý và trách nhiệm của Viện kiểm sát; thể hiện kết quả của quá trình Kiểm sát viên nghiên cứu hồ sơ vụ án, thực hành quyền công tố, kiểm sát xét xử trong giai đoạn xét xử sơ thẩm, kết quả nghiên cứu, kiểm tra bản án mà Tòa án đã ra nhằm mục đích bảo vệ pháp chế xã hội chủ nghĩa, bảo đảm tính hợp pháp và có căn cứ của bản án, quyết định của Tòa án. Quy định này đã khẳng định Viện kiểm sát thực hiện chức năng kiểm sát xét xử là nhằm bảo đảm cho việc xét xử đúng người, đúng tội, đúng pháp luật.
Điều 232 Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2003 quy định cụ thể, rõ ràng về thẩm quyền kháng nghị là thuộc về Viện kiểm sát cấp sơ thẩm và Viện kiểm sát cấp trên trực tiếp của Viện kiểm sát đó và người có thẩm quyền
quyết định việc kháng nghị phúc thẩm là Viện trưởng, Phó Viện trưởng Viện kiểm sát các cấp (Theo Điều 36 Bộ luật Tố tụng hình sự). Tuy nhiên, Bộ luật Tố tụng hình sự hiện hành lại chưa quy định cụ thể về các căn cứ kháng nghị
(vi phạm như thế nào, mức độ đến đâu thì sẽ bị kháng nghị). Vì vậy, để nhận thức và áp dụng thống nhất trong toàn ngành Kiểm sát, tại Điều 33 Quy chế kiểm sát xét xử các vụ án hình sự có quy định về các căn cứ kháng nghị phúc thẩm là:
1. Việc điều tra, xét hỏi tại phiên tòa sơ thẩm phiến diện hoặc không đầy đủ; 2. Kết luận của bản án hoặc quyết định hình sự sơ thẩm không phù hợp với các tình tiết khách quan của vụ án; 3. Có vi phạm trong việc áp dụng Bộ luật Hình sự; 4. Thành phần Hội đồng xét xử sơ thẩm không đúng luật định hoặc có vi phạm nghiêm trọng khác về thủ tục tố tụng [43].
Việc Viện kiểm sát nhân dân tối cao có hướng dẫn về căn cứ kháng nghị phúc thẩm là cần thiết, giúp Viện kiểm sát các cấp có cơ sở để xem xét, quyết định việc có kháng nghị hay không đối với bản án, quyết định sơ thẩm có vi phạm. Tuy vậy, các căn cứ kháng nghị nêu trên mới chỉ dừng lại ở tầm khái quát và chưa cụ thể. Hơn nữa, đó mới chỉ là quy định đơn phương của ngành Kiểm sát nên trong thực tế xét xử có khá nhiều trường hợp chưa có sự hiểu thống nhất giữa Tòa án và Viện kiểm sát trong việc nhận xét, đánh giá vi phạm của Tòa án sơ thẩm khi ra các bản án, quyết định sơ thẩm. Chẳng hạn, với quy định "Có vi phạm trong việc áp dụng Bộ luật Hình sự" thì chỉ cần xác định bản án, quyết định sơ thẩm có vi phạm trong việc áp dụng Bộ luật Hình sự là có căn cứ để kháng nghị mà không cần xác định việc vi phạm đó có ảnh hưởng đến việc xác định sự thật khách quan của vụ án hoặc xâm phạm đến quyền và lợi ích hợp pháp của những người tham gia tố tụng không? Liệu như vậy có dẫn đến tình trạng kháng nghị tràn lan không hay chỉ cần tập trung kháng nghị đối với bản án, quyết định có vi phạm trong áp dụng Bộ luật Hình
sự dẫn đến việc làm thay đổi bản chất vụ án, xâm phạm đến quyền và lợi ích hợp pháp của bị can và những người tham gia tố tụng khác như: kết án người không thực hiện hành vi phạm tội, bỏ lọt hành vi phạm tội, bỏ lọt người phạm tội, áp dụng không đúng các điều khoản của Bộ luật Hình sự dẫn đến định tội danh không đúng với hành vi phạm tội thực tế của bị cáo, áp dụng không đúng các tình tiết định khung tăng nặng hoặc giảm nhẹ của bị cáo…Đây là một trong những vấn đề phức tạp cần tiếp tục được nghiên cứu thêm.