Trong một hồ sơ vụ án, với các chứng cứ, tài liệu không thay đổi nhưng giữa VKS và Tòa án lại có những đánh giá pháp lý khác nhau, bên cạnh nguyên nhân khách quan là sự phức tạp của các tình tiết vụ án dẫn đến việc đánh giá khác nhau, một phần còn do nguyên nhân chủ quan là năng lực hạn chế của những chủ thể tiến hành tố tụng, hay cố tình làm sai vì những lợi ích cá nhân.
Vấn đề đặt ra là cần đổi mới cơ cấu tổ chức của các cơ quan tiến hành tố tụng, trước hết là đổi mới cơ cấu, tổ chức của Tòa án và nâng cao trình độ, ý thức trách nhiệm, đạo đức nghề nghiệp của các chủ thể tiến hành tố tụng bằng cách qui định những biện pháp xử lý nghiêm minh những hành vi lợi dụng sơ hở của pháp luật cố tình truy tố, xét xử sai vì những mục đích cá nhân. Kiên quyết loại bỏ những cán bộ vi phạm về phẩm chất đạo đức, lối sống hoặc có hành vi bao che, dung túng cho tội phạm ra khỏi các cơ quan tiến hành tố tụng, quyết tâm xây dựng hệ thống các cơ quan tư pháp trong sạch, vững mạnh. Thực hiện tốt những mục tiêu về cải cách tư pháp theo tinh thần nghị quyết số 08-NQ/TW, nghị quyết số 49-NQ/TW của Bộ Chính trị,
các nghị quyết của Quốc hội và chương trình công tác trọng tâm mà Ban chỉ đạo cải cách tư pháp Trung Ương đề ra hàng năm.
Xuyên suốt nội dung trình bày trong luận văn, chúng tôi đã nhiều lần nói đến nguyên tắc "Thẩm phán và Hội thẩm độc lập và chỉ tuân theo pháp luật" trong mối quan hệ với vấn đề giới hạn xét xử sơ thẩm vụ án hình sự. Để nguyên tắc này thực sự là tư tưởng chi phối các qui định khác của BLTTHS và chỉ đạo thi hành trong thực tiễn đòi hỏi cần phải có biện pháp để đảm bảo Tòa án có thể độc lập trong công tác xét xử.
Thực hiện Nghị quyết số 49-NQ/TW của Bộ Chính trị tổ chức hệ thống Tòa án theo thẩm quyền xét xử không phụ thuộc vào đơn vị hành chính, gồm: Tòa án sơ thẩm khu vực được tổ chức ở một hoặc một số đơn vị hành chính cấp huyện, Tòa án phúc thẩm có nhiệm vụ chủ yếu là xét xử phúc thẩm và xét xử sơ thẩm một số vụ án; Tòa thượng thẩm được tổ chức theo khu vực có nhiệm vụ xét xử phúc thẩm; TANDTC có nhiệm vụ tổng kết kinh nghiệm xét xử, hướng dẫn áp dụng thống nhất pháp luật, phát triển án lệ và xét xử giám đốc thẩm, tái thẩm.
Đối với Tòa án khu vực thực hiện chức năng xét xử sơ thẩm cần phân chia thành các phân tòa: Tòa hình sự, Tòa hành chính, Tòa dân sự, Tòa kinh tế, Tòa lao động. Đối với Tòa hình sự, nên giao cho các Thẩm phán chuyên xét xử về một nhóm tội phạm cụ thể, như vậy các Thẩm phán sẽ chuyên sâu hơn và góp phần đảm bảo năng lực của các Thẩm phán. Từ đó, giới hạn xét xử sơ thẩm vụ án hình sự sẽ được đảm bảo tốt hơn.
Phân định rõ thẩm quyền quản lý và thẩm quyền tố tụng trong các cơ quan Tòa án tức là giải quyết mối quan hệ giữa cán bộ lãnh đạo trong các cơ quan Tòa án với việc điều hành hoạt động của cơ quan, tổ chức xét xử các vụ án và thẩm quyền xét xử của Thẩm phán. Pháp luật qui định khi xét xử, Thẩm phán và Hội thẩm nhân dân độc lập và chỉ tuân theo pháp luật là để đề cao yếu tố khách quan, vô tư, không bị ràng buộc bởi yếu tố chủ quan, phải tự
quyết định và tự chịu trách nhiệm về những phán quyết của mình trong khi xét xử.
Phân định rõ thẩm quyền quản lý hành chính với trách nhiệm, quyền hạn tư pháp trong hoạt động TTHS của VKS và Tòa án theo hướng tăng quyền, trách nhiệm cho Kiểm sát viên và Thẩm phán để họ chủ động trong thực thi nhiệm vụ, nâng cao tính độc lập và chịu trách nhiệm trước pháp luật về các hành vi tố tụng của mình.