Bên cạnh những kết quả đạt được thì công tác tổ chức cơ quan THADS vẫn còn những hạn chế.
- Một là: Về tổ chức bộ máy: nhìn chung về tổ chức bộ máy cơ quan thi hành án dân sự như hiện nay là tương đối phù hợp vơi điều kiện thực tế của nước ta, nhưng vẫn còn một số những hạn chế nhất định, nó làm giảm hiệu quả của công tác THADS hiện nay đó là: Do việc quản lý công tác THA còn thiếu thống nhất, thi hành án phạt tù do Bộ công an quản lý, thi hành án dân sự do Bộ Tư pháp quản lý, hiện nay quy chế phối hợp giữa hai ngành còn nhiều hạn chế do vậy khi một phạm nhân được mãn hạn tù khi trở về địa phương mà chưa thực hiện xong phần nghĩa vụ dân sự, cơ quan THADS hầu như không thể thực hiện được việc thu phần nghĩa vụ dân sự; hơn nữa như hiện nay, các cơ quan THADS trong cả nước thống nhất theo ngành dọc cả về biên chế, ngân sách và nghiệp vụ nên cấp ủy và chính quyền địa phương rất ít quan tâm mặc dù phục vụ nhiệm vụ của địa phương. Hơn nữa đối với việc xác minh của cơ quan THADS đối với người phải thi hành án đang chấp hành hình phạt tù cũng rất khó khăn, các trại giam yêu cầu cán bộ đến xác minh phải có thẻ mới được vào xác minh, mà hiện nay chỉ có Chấp hành viên mới có thẻ ngành, như vậy để xác minh những việc thông thường cũng cần phải có Chấp hành viên đi xác minh, trong khi mỗi cơ quan THADS phải làm rất nhiều vụ việc, đội ngũ Chấp hành viên quá ít so với số lượng vụ việc phải thực hiện.
- Hai là: Tổ chức cán bộ của cơ quan THADS chưa thật sự đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ được giao, nhất là đối với Cục thi hành án dân sự tỉnh. Các phòng có chức năng tham mưu giúp Cục trưởng tổ chức và quản lý nhiệm vụ, quyền hạn được giao nay chỉ mới kiện toàn một bước, thiếu biên chế để thực hiện nhiệm vụ mới theo quy định.
- Ba là: Về cơ chế quản lý: Công tác THADS có những đặc thù riêng, vừa mang tính chất tố tụng vừa mang tính hành chính, do vậy cần có cơ chế quản lý, hình thức thích hợp; làm sao vừa tạo sự phối hợp giữa các ngành hữu quan, sự chỉ đạo, ủng hộ của chính quyền các cấp, vừa tạo được sự độc lập trong hoạt động thi hành án. Cơ chế quản lý nhà nước, tổ chức bộ máy trong công tác thi hành án hiện nay đã bộc lộ nhiều điểm bất cập: Chưa xác định rõ trách nhiệm của từng cơ quan, dẫn đến chỗ chồng chéo, giảm hiệu lực quản lý Nhà nước, chưa quy định rõ, cụ thể trách nhiệm của từng cơ quan, trách nhiệm pháp lý của các cơ quan, chính quyền các cấp trong hoạt động của cơ quan THADS. Điều này đã hạn chế rất lớn hiệu quả hoạt động của cơ quan THADS.
- Bốn là: Về cơ cấu tổ chức: Cơ quan THADS được tổ chức theo đơn vị hành chính cấp tỉnh, huyện. Việc tổ chức đó tạo ra một số thuận lợi trong việc quản lý Nhà nước, như sự quan tâm, chỉ đạo của cấp uỷ Đảng, UBND trực tiếp với cơ quan thi hành án thuộc địa phương mình. Tuy nhiên, một số cơ quan THA cấp huyện, đặc biệt là các huyện vùng sâu vùng xa số lượng việc hàng năm rất ít, nhưng về tổ chức vẫn thành lập một cơ quan thi hành án đầy đủ thành phần như: thủ trưởng, chấp hành viên, thủ kho, thủ quỹ…Trong khi đó tại các quận, huyện thành phố lớn, số lượng việc lại quá nhiều cho một chấp hành viên, cán bộ thi hành án, đã gây nên tình trạng mất cân đối giữa các cơ quan thi hành án.
- Năm là: Tổ chức cán bộ của cơ quan THADS chưa thực sự đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ được giao, nhất là các Cục thi hành án dân sự tỉnh, các phòng có chức năng tham mưu giúp thủ trưởng cơ quan quản lý và trực tiếp tổ chức thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn được giao, nhưng hiện nay mới chỉ kiện toàn một bước, thiếu biên chế để thực hiện nhiệm vụ mới theo quy định.
- Sáu là: Chưa có chính sách phù hợp để tuyển dụng, tiếp nhận thu hút đội ngũ cán bộ vào làm việc ở cơ quan THADS. Một số nơi chưa thực sự chú trọng tới việc tuyển dụng, bổ sung biên chế chó các cơ quan THA nên dẫn đến tình trạng thiếu cán bộ triền
miên trong khi biên chế còn. Điều này không chỉ ảnh hưởng đến việc thực hiện nhiệm vụ chính trị của đơn vị mà còn ảnh hưởng đến kế hoạch xây dựng để án bổ sung biên chế cho cơ quan THADS hàng năm
- Bảy là: khâu quản lý, chỉ đạo điều hành cuả cấp tỉnh đối với các huyện ở một số nơi còn yếu, thậm chí còn bị buông lỏng quản lý, chỉ đạo dẫn đến vi phạm của cấp dưới không được phát hiện và xử lý kịp thời.
-Tám là: Việc phối hợp với cơ quan có thẩm quyền quản lý cán bộ ở cấp huyện trong công tác quy hoạch, đào tạo, bồi dưỡng, luân chuyển, bố trí, điều động, bổ nhiệm, khen thưởng và việc kiện toàn bổ nhiệm lãnh đạo cấp trưởng, cấp phó còn khó khăn.
- Chín là: Luật thi hành án dân sự đã quy định ngạch, bậc, chấp hành viên, thẩm tra viên, thư ký thi hành án nhưng đến nay việc bổ nhiệm cán bộ, công chức vào các chức danh trên hầu hết ở các địa phương chưa được thực hiện, làm thiệt thòi về mặt thời gian tính thâm niên Ngành cho cán bộ, công chức. Việc bổ nhiệm Chấp hành viên còn rất nhiều bất cập, ở các địa phương yêu cầu cần thi tuyển Chấp hành viên thì chỉ cần tham gia thi và được Bổ trưỏng Bộ Tư pháp bổ nhiệm còn ở một số địa phương xét bổ nhiệm không qua thi tuyển thì cần phải có ý kiến của cấp uỷ và chính quyền địa phương, trưởng thi hành án chỉ là phó ban xét tuyển. Hồ sơ, trình tự đề bạt bổ nhiệm chưa khoa học thiếu bài bản nên gây châm trễ cho quá trình bổ nhiệm.
Những tồn tại trên xuất phát từ nhiều nguyên nhân, trong đó có một số nguyên nhân chủ yếu sau:
Về mặt khách quan: Nghị định số 74/2009/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 01/11/2009, trong khi đó phải triển khai cùng một lúc nhiều công việc. Trong khi văn bản hướng dẫn thì chưa ban hành kịp thời như: việc phân cấp quản lý cán bộ các cơ quan THADS; mã ngạch của Chấp hành viên nhất là việc đưa lãnh đạo cấp trưởng của Cơ quan THADS cấp tỉnh, cấp huyện vào diện cấp uỷ quản lý đến nay vẫn chưa có hướng dẫn chính thức của Ban tổ chức trung ương, nên việc triển khai vẫn còn thiếu đồng bộ,
thống nhất. Hơn nữa, khối lượng công việc và số lượng tiền ngày càng tăng, trong khi đó đội ngũ Chấp hành viên không tăng gây ảnh hưởng đến tiến độ giải quyết công việc, Luật thi hành án dân sự đã ban hành được ba năm mà vẫn chưa có đợt thi tuyển Chấp hành viên nào được thực hiện.