Dòng chảy khu vực biển Thừa Thiên Huế vừa chịu ảnh hưởng chung của hoàn lưu vịnh Bắc Bộ, vừa mang tính địa phương. Vào mùa Đông, vùng ngoài khơi từ 160
- 180 vĩ Bắc là nơi hội tụ của dòng chảy dọc bờ tây vịnh Bắc Bộ tồn tại quanh năm và dòng chảy mùa Đông từ bờ tây biển Đông. Dòng chảy thứ nhất phát sinh trong vùng nước không lớn và nông ở vịnh Bắc Bộ chảy theo hướng Đông Nam dọc theo đường bờ. Dòng chảy thứ hai chảy từ phía Đông Bắc qua vùng biển khơi ngoài cửa vịnh Bắc Bộ, có quy mô và cường độ lớn hơn, tốc độ trung bình 15 - 40cm/s. Các dòng chảy này hợp thành một và tiếp tục tiến xuống phía Nam theo đường bờ miền Trung.
Hệ thống dòng chảy vùng sát bờ gồm: Dòng chảy ổn định, dòng triều và dòng sóng. Dòng chảy ổn định gồm hai đới. Đới sát bờ đến độ sâu 10m có tốc độ dòng chảy mặt luôn gấp hai lần dòng chảy đáy, hướng chảy từ Bắc tới Nam. Riêng khu vực Mũi Chân Mây đến Nam cửa Thuận An vào mùa Hè dòng chảy có hướng từ Nam lên Bắc, tốc độ 4-10cm/s. Còn đới từ 10 - 50m sâu, quanh năm có hướng Bắc - Nam dọc đường bờ với tốc độ trung bình 30-
50cm/s. Dòng triều có tính chất bán nhật không đều và toàn nhật không đều, riêng khu vực lân cận cửa Thuận An là bán nhật triều đều. Tốc độ dòng triều khá mạnh, trung bình 25 - 30cm/s ở vùng nước có độ sâu 10 - 15m và giảm dần ra ngoài khơi và xuống sâu. Dòng sóng có hướng khá ổn định dọc bờ theo mùa sóng tác động. Mùa Hè dòng sóng hướng dọc bờ từ nam lên, mùa đông ngược lại [24].
Lượng nước trong đầm phá chủ yếu do ba nguồn nước chính cung cấp: Nguồn nước quan trọng và có xu thế ngày càng tăng là do biển Đông cung cấp thông qua thủy triều theo các cửa Thuận An, Tư Hiền và cửa Lăng Cô. Nguồn nước cung cấp thứ hai là các con sông suối nội địa đổ vào đầm phá. Có hơn 10 con sông lớn nhỏ đổ nước vào đầm phá. Trong những ngày mùa lũ, lượng nước này rất lớn. Hai nguồn nước đó có sự gặp gỡ và xáo trộn trong đầm phá. Nguồn nước thứ ba là do các trận mưa lớn đổ nước trực tiếp vào đầm phá. Chính do các nguồn nước như vậy mà chế độ dòng chảy cũng phụ thuộc vào chiều cung cấp nước. Hệ đầm phá có diện tích khá lớn nên chế độ dòng chảy phần nào còn phụ thuộc vào gió, bão, nhất là các lớp nước tầng mặt [16].
Dòng chảy ở đầm phá thường theo quy luật chảy ngang từ sông ra biển và từ biển vào sông như ở phá Tam Giang, còn các đầm ở phía Nam cửa sông Hương do thông với hai cửa biển và các cửa sông đổ thẳng ngay xuống đầm, làm cho khối nước bị xáo trộn. Tuy nhiên, dòng chảy còn bị chi phối bởi cửa Thuận An. Dòng chính của nó vẫn là theo chiều dài của đầm. Nhờ những nguồn nước cung cấp rất lớn và thường xuyên, chất dinh dưỡng của thủy vực do đó dồi dào hơn. Dưới ảnh hưởng của dòng chảy đã điều hòa được lượng nước trong đầm. Điều đó tạo điều kiện cho thủy sinh vật phân bố và phát triển trong thủy vực [16].
3.1.3.3. Độ mặn
Các muối hòa tan trong nước, nhất là muối NaCl có vai trò quyết định đến sự phân bố, giao lưu của các loài thủy sinh vật.
Vùng biển ven bờ Thừa Thiên Huế có nồng độ muối trong lớp nước mặt mang tính chất đại dương, trị số khá cao và tăng dần từ bờ ra khơi trong khoảng 30 - 34%0. Mùa Hè độ muối cao hơn mùa đông 1-5%0 do quá trình bay hơi mạnh vào mùa Hè và xâm nhập của khối nước lạnh nhạt vào mùa Đông. Khu vực sát bờ do ảnh hưởng mạnh của dòng nước lục địa nên có biến động lớn về độ muối trong năm. Vào mùa mưa độ muối giảm còn 18 - 20%0. Đặc biệt ở một số cửa đầm phá như cửa Thuận An, Tư Hiền vào kì nước lũ, độ muối tại cửa có thể giảm xuống dưới 10%0 [24].
Đầm phá Thừa Thiên Huế có độ mặn giao động theo biên độ rất lớn. Sự biến động đó gây ra chủ yếu bởi thủy triều và các sông suối đổ vào. Vào mùa mưa, lượng nước ngọt do các con sông đổ vào nhiều, gây ngọt hóa vùng đầm phá, đẩy lùi nước mặn ra biển. Ngược lại, vào mùa khô hạn, nước mặn tràn vào đầm phá theo thủy triều, vùng nước ngọt bị thu hẹp lại, thậm chí nước mặn còn xâm nhập vào sâu các con sông. Độ mặn ở đầm phá Thừa Thiên Huế giao động khá lớn từ 0,1%o - 30%o . Độ muối cao nhất ở các cửa đầm phá như Lăng Cô, Thuận An, Tư Hiền đạt từ 20 - 30%o về mùa khô, 5 - 20%o về mùa mưa. Độ muối giảm dần về phía trong đầm phá, ổn định cao ở Lăng Cô, Cầu Hai, Thủy Tú [8], [24].