Vùng biển ven bờ Thừa Thiên Huế bị ảnh hưởng của dòng nước lạnh ven bờ Tây vịnh Bắc Bộ nên hình thành các đường đẳng nhiệt có xu thế song song với bờ và nhiệt độ tăng từ bờ ra khơi. Vào mùa Đông, nhiệt độ nước luôn nhỏ hơn 240C và giảm dần lên phía Bắc. Vùng lân cận cửa Thuận An và
Tư Hiền, nhiệt độ cao hơn do ảnh hưởng của nước sông đổ ra. Vào mùa Hè, nhiệt độ nước luôn lớn hơn 260C và khá đồng nhất [24].
Đầm phá Thừa Thiên Huế đại đa số có độ sâu vừa phải (trung bình 1,5m) nên nhiệt độ trong nước tương đối đồng đều. Mặt khác, sự chu chuyển nước trong đầm phá cũng là một trong những tác nhân điều hòa nhiệt độ. Chịu ảnh hưởng trực tiếp của điều kiện khí hậu nên nhiệt độ nước ở đây tương đối cao. Các vùng ở gần cửa biển Thuận An và Tư Hiền thường có nhiệt độ trung bình cao hơn (260C) nhiệt độ trung bình ở các vùng cửa sông (230C). Nhiệt độ nước giao động lớn theo thời gian [16].
Nhiệt độ nước thường giảm dần từ tháng IX năm này (280C) đến tháng II năm sau (220C). Ngược lại, từ tháng III đến tháng VIII nhiệt độ nước tăng dần đặc trưng cho sự biến động nhiệt độ mùa Hè. Tháng IV có nhiệt độ trung bình 240C và tăng lên 300C vào tháng VIII [16]. Nhiệt độ nước là một trong những yếu tố thủy văn quan quan trọng có tác động đến sự phân bố và phát triển của thủy sinh vật.
3.1.3.5. Độ pH
Hệ đầm phá Thừa Thiên Huế nhìn chung có độ pH thuộc trung tính hoặc hơi kiềm. Chỉ có một số vùng cửa sông mới mang tính acid. Độ pH còn có xu hướng giao động theo mùa và theo tầng nước. Nhưng nhìn chung hệ đầm phá có độ pH tương đối ổn định. Độ pH giao động trong khoảng 6,6 - 8,4 nghiêng về phía kiềm. Về mùa khô, tầng nước mặt có độ pH là 8,0 - 8,2, còn mùa mưa chỉ đạt 7,0 - 7,5 hoặc có thể thấp hơn ở các cửa sông [16], [24].