Để đổi mới cơ chế phân cấp quản lý tài chính và ngân sách trong bộ máy hành chính, ngày 16-12-2002 tại kỳ họp thứ hai Quốc hội khóa XI đã thông qua Luật ngân sách nhà nước sửa đổi, bổ sung năm 2002. Luật quy định rõ ngân sách nhà nước bao gồm: ngân sách trung ương và ngân sách địa phương, quy định cụ thể hơn, chi tiết hơn về nhiệm vụ, quyền hạn của các cơ quan nhà nước, của tổ chức và cá nhân về ngân sách nhà nước; tạo cơ sở pháp
lý cho hoạt động thu, chi ngân sách ở mỗi cấp và phân định thẩm quyền quản lý ngân sách của các cấp chính quyền. Theo đó, Quốc hội chỉ phân bổ ngân sách trung ương và ủy quyền cho Ủy ban Thường vụ Quốc hội phân bổ ngân sách địa phương. Tỷ lệ phần trăm tối thiểu được hưởng từ các khoản thuế quyền sử dụng đất, thuế nhà đất; thuế môn bài thu từ cá nhân, hộ kinh doanh; lệ phí trước bạ nhà đất; thuế sử dụng đất nông nghiệp thu từ hộ gia đình cho ngân sách xã, thị trấn được tăng lên từ 20% (luật cũ) lên 70% (luật mới). Qua đó, đã góp phần nâng cao tính chủ động cho chính quyền cấp cơ sở trong việc khai thác và sử dụng các nguồn lực của địa phương để nâng cao hiệu lực quản lý nhà nước, thúc đẩy phát triển kinh tế - xã hội, đáp ứng tốt hơn nhu cầu phát triển và lợi ích của nhân dân. Nghĩa vụ, quyền hạn trong lĩnh vực tài chính, ngân sách địa phương của hội đồng nhân dân, ủy ban nhân dân các cấp, nhất là bảo đảm quyền và trách nhiệm quyết định ngân sách địa phương của hội đồng nhân dân cấp tỉnh được quy định rõ ràng, chi tiết. Sau khi Luật ngân sách nhà nước bắt đầu có hiệu lực từ ngày 1-1-2004 đã nâng cao tính chủ động của hội đồng nhân dân các cấp trong việc quyết định ngân sách địa phương; quy định rõ, đơn giản, khoa học các thủ tục trong quy trình nghiệp vụ; đơn giản hóa các thủ tục kê khai thu nộp thuế, phí, hoàn thuế giá trị gia tăng, thủ tục chi ngân sách nhà nước, hồ sơ giao dịch qua kho bạc nhà nước, qua Quỹ hỗ trợ đầu tư quốc gia. Cải tiến và áp dụng hệ thống kế toán mới, chuyên ngành, chuyên lĩnh vực cho các doanh nghiệp, các đơn vị hành chính sự nghiệp; công tác lập và chấp hành dự toán ngân sách nhà nước đã tăng cường phân cấp nguồn thu, nhiệm vụ chi thực hiện ổn định trong một số năm cho các cấp ngân sách địa phương, nhất là cấp xã. Tăng trách nhiệm, quyền hạn của cán bộ, cơ quan trung ương và địa phương trong quản lý và sử dụng ngân sách, thực hiện dân chủ, công khai trong việc lập và phân bổ, điều hành ngân sách nhà nước.
Đảng quan tâm chỉ đạo cải cách tài chính công trong nền hành chính nhà nước thông qua việc khoán biên chế và khoán chi phí hành chính, áp
dụng cơ chế tài chính thích hợp đối với hệ thống cơ quan hành chính công quyền và hệ thống cơ quan sự nghiệp, bởi lẽ, cải cách tài chính công trực tiếp tác động tới bộ máy hành chính nhà nước như: cách thức, cơ cấu tổ chức bộ máy, quan hệ phân cấp, cơ chế tài chính bên trong bộ máy, tiền lương, công chức; cải cách tài chính công nhằm phát huy cao nhất hiệu quả của nguồn lực công trong toàn bộ hoạt động quản lý nhà nước và cung cấp dịch vụ công trên các lĩnh vực xã hội. Chính phủ đã cụ thể hóa chủ trương đó trong Chương trình tổng thể cải cách hành chính giai đoạn 2001 - 2010. Trong giai đoạn 2001 - 2005 nhiệm vụ trọng tâm là đổi mới cơ chế hoạt động và quản lý tài chính công đối với các cơ quan hành chính, đơn vị sự nghiệp; trong 2 năm 2001 và 2002, thực hiện đổi mới cơ chế phân bổ ngân sách cho cơ quan hành chính; quyền quyết định của các bộ, sở, ban, ngành về phân bổ ngân sách cho các đơn vị trực thuộc; đổi mới cơ chế phân cấp quản lý tài chính và ngân sách giữa trung ương và địa phương; nâng cao quyền chủ động của các đơn vị sử dụng ngân sách; bảo đảm quyền quyết định ngân sách địa phương của hội đồng nhân dân các cấp; đổi mới công tác kiểm toán đối với các cơ quan hành chính, đơn vị sự nghiệp; thực hiện dân chủ, công khai, minh bạch về tài chính công; đổi mới cơ bản cơ chế tài chính đối với khu vực dịch vụ công; thực hiện thí điểm để áp dụng rộng rãi một số cơ chế tài chính mới.
Để áp dụng cơ chế tài chính mới cho các loại hình tổ chức trong hệ thống hành chính nhà nước, ngày 17-12-2001, Thủ tướng Chính phủ ra Quyết định số 192/2001/QĐ-TTg Về mở rộng thí điểm khoán biên chế và kinh phí quản lý hành chính đối với các cơ quan hành chính nhà nước. Dưới sự lãnh đạo của Đảng, việc thực hiện khoán biên chế và kinh phí quản lý hành chính đã có những kết quả tích cực, Nhà nước có thể kế hoạch hóa mức chi ngân sách cho các cơ quan khối hành chính - sự nghiệp trong 3 - 5 năm, tạo điều kiện thuận lợi cho việc cân đối ngân sách quốc gia; đã giao và tăng quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm cho các cơ quan trong việc tổ chức, sắp xếp bộ máy, thực hiện tiết kiệm, chống lãng phí, nâng cao hiệu suất lao động, hiệu quả công việc, tăng
thu nhập cho cán bộ, công chức.
Thực hiện chủ trương của Đảng về việc đổi mới chế độ tài chính đối với đơn vị sự nghiệp, ngày 16-1-2002, Chính phủ ra Nghị định số 10/2002/NĐ-CP Về chế độ tài chính áp dụng cho đơn vị sự nghiệp có thu; chuyển mạnh các hoạt động sự nghiệp công ích sang dịch vụ công ích, mở rộng xã hội hóa các hoạt động sự nghiệp; thực hiện cơ chế tự chủ tài chính áp dụng cho các đơn vị sự nghiệp có thu, thu hẹp phạm vi trang trải của ngân sách nhà nước. Cơ chế tài chính thích hợp được áp dụng đối với đơn vị sự nghiệp có thu, đã góp phần phát triển và mở rộng các hoạt động cung ứng dịch vụ, nâng cao chất lượng hoạt động sự nghiệp, tạo điều kiện tăng thu nhập cho người lao động; phân định rõ chức năng, nhiệm vụ của cơ quan hành chính và đơn vị sự nghiệp, làm thay đổi phương thức quản lý đối với đơn vị sự nghiệp; tăng quyền tự chủ về tài chính, chủ động sử dụng các nguồn kinh phí đạt hiệu quả cao. Thực hiện tốt hơn quy định công khai, minh bạch trong quản lý và sử dụng nguồn tài chính công. Trên cơ sở đó, Thủ tướng Chính phủ đã ra Chỉ thị số 18/2003/CT-TTg ngày 1-9-2003 Về đẩy mạnh việc thực hiện quyền tự chủ tài chính đối với các đơn vị sự nghiệp, Quyết định số 08/2004/QĐ-TTg ngày 15-1-2004 phê duyệt Chương trình đổi mới cơ chế quản lý tài chính đối với các cơ quan hành chính nhà nước và đơn vị sự nghiệp công giai đoạn 2004 - 2005 nhằm chủ động điều hành công việc, tự quyết định và tự chịu trách nhiệm về tài chính, sắp xếp tổ chức bộ máy, biên chế của cơ quan, đơn vị hợp lý, chất lượng và hiệu quả; tăng cường phân cấp quản lý ngân sách và tính chủ động, năng động của cơ quan, đơn vị trong việc quản lý, khai thác và sử dụng các nguồn tài chính công. Tuy nhiên, dự kiến trong chương trình đổi mới cơ chế quản lý tài chính đối với các đơn vị hành chính nhà nước và đơn vị sự nghiệp công giai đoạn 2004 - 2005 thì trong giai đoạn I của cải cách hành chính 2001 - 2005 chưa thực hiện được việc nghiên cứu và đưa vào thí điểm đổi mới cơ chế xây dựng ngân sách, kinh phí dựa trên cơ sở kết quả đầu ra. Công tác phân cấp quản lý tài chính còn nhiều hạn
chế, chưa phân định rõ ràng, cụ thể nhiệm vụ, thẩm quyền và trách nhiệm của mỗi cấp trong việc ban hành chế độ, chính sách, tiêu chuẩn định mức chi ngân sách nhà nước. Hệ thống pháp luật còn thiếu tính đồng bộ, chưa có luật về tài chính quốc gia, về quản lý ngân quỹ nhà nước. Còn nhiều lãng phí trong chi tiêu công, trong xây dựng cơ bản.Việc thực hiện các cơ chế tài chính cho các cơ quan hành chính và đơn vị sự nghiệp có thu trong thời gian đầu vẫn chậm.
Trong những năm 2001 - 2005, cải cách hành chính đã từng bước đi vào chiều sâu ở từng nội dung: thể chế của nền hành chính, nhất là thể chế kinh tế thị trường được hoàn thiện hơn; chức năng, nhiệm vụ và tổ chức bộ máy của các cơ quan hành chính được điều chỉnh khoa học và tinh gọn, đa năng hơn; phân cấp giữa trung ương và địa phương, giữa các cấp chính quyền địa phương được thực hiện một bước cơ bản; hiện đại hóa một bước hoạt động quản lý nhà nước của bộ máy hành chính nhà nước trên cơ sở ứng dụng mạnh mẽ công nghệ thông tin; đội ngũ cán bộ, công chức được coi trọng xây dựng toàn thiện và thực hiện cải cách một bước cơ bản tài chính công. Cải cách hành chính đã thu được kết quả quan trọng, góp phần trực tiếp thúc đẩy phát triển kinh tế - xã hội và tăng cường hội nhập kinh tế quốc tế. Có được kết quả đó là do thực hiện chủ trương và sự chỉ đạo của Đảng về đẩy mạnh cải cách, xây dựng nền hành chính nhà nước theo hướng tăng cường dân chủ, chuyên nghiệp, hiện đại, và đã được Chính phủ xây dựng Chiến lược tổng thể cải cách hành chính trong 10 năm 2001 - 2010.