Chính phủ đã cụ thể hóa các chủ trương của Đảng nhằm kiện toàn tổ chức và nâng cao hiệu lực, hiệu quả hoạt động của bộ máy hành chính nhà
nước đáp ứng yêu cầu phát triển đất nước trong điều kiện mới. Điều đó được thể hiện trong Chương trình tổng thể cải cách hành chính nhà nước giai đoạn 2001 - 2010, trọng tâm là xác định rành mạch chức năng, nhiệm vụ, thẩm quyền, trách nhiệm của các cơ quan hành chính nhà nước, thực hiện việc phân cấp chức năng, thẩm quyền quản lý nhà nước giữa trung ương với địa phương và giữa các cấp chính quyền địa phương. Đồng thời, tiến hành điều chỉnh chức năng, nhiệm vụ và bố trí lại cơ cấu tổ chức bộ máy của hệ thống hành chính nhà nước từ trung ương đến địa phương; cải tiến phương thức quản lý, lề lối làm việc của cơ quan hành chính các cấp và thực hiện từng bước hiện đại hóa nền hành chính nhà nước; tăng cường xã hội hóa dịch vụ công.
Với chủ trương tiếp tục đẩy mạnh việc phân công và phối hợp thực hiện nhiệm vụ, thẩm quyền, trách nhiệm trong bộ máy Chính phủ, ngày 17-9-2002, Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 119/2002/QĐ-TTg Về việc phân công công việc giữa Thủ tướng và các phó thủ tướng, bao gồm các nguyên tắc chủ yếu phân định thẩm quyền, trách nhiệm và công việc cụ thể của từng thành viên Chính phủ. Ngày 5-11-2002, Chính phủ ban hành Nghị định số 86/2003/NĐ-CP về Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của bộ, cơ quan ngang bộ. Ngày 12-3-2003, Chính phủ ban hành Nghị định số 23/2003/NĐ-CP về Quy chế làm việc của Chính phủ. Quy chế đã xác định rõ hơn nguyên tắc làm việc và cơ chế phối hợp trong hoạt động của Chính phủ theo phương thức kết hợp chặt chẽ sự lãnh đạo tập thể của Chính phủ với sự điều hành của Thủ tướng và phát huy vai trò của mỗi thành viên Chính phủ. Tiếp đó, Chính phủ ban hành Nghị định số 30/2003/NĐ-CP ngày 1-4-2003, Về quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của cơ quan thuộc Chính phủ; quy định rõ nhiệm vụ, quyền hạn chung và nhiệm vụ, quyền hạn riêng của một số cơ quan thuộc Chính phủ; vị trí, chức năng, cơ cấu tổ chức, chế độ làm việc và trách nhiệm của thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ.
Triển khai thực hiện các văn bản pháp luật này đã giúp cho bộ máy Chính phủ vận hành đạt hiệu quả cao hơn theo hướng tăng cường sự quản lý nhà nước ở tầm vĩ mô trên cơ sở phân công, phân cấp nhiệm vụ, quyền hạn cụ thể, rõ ràng và hợp lý cho từng cấp hành chính và từng thành viên Chính phủ, nhất là giữa bộ và ủy ban nhân dân tỉnh. Phân công nhiều hơn về thẩm quyền và trách nhiệm cho các bộ trưởng, thủ trưởng cơ quan ngang bộ trong việc giải quyết các công việc của Chính phủ thuộc phạm vi bộ quản lý. Thủ tướng tập trung nhiều hơn vào chỉ đạo xây dựng thể chế, chỉ đạo giải quyết công việc mang tính liên ngành và các công việc vượt quá thẩm quyền của bộ trưởng. Qua đó phát huy tốt tính chủ động, năng động, sáng tạo của các cấp hành chính và cá nhân các thành viên. Tăng quyền quyết định cho ủy ban nhân dân tỉnh, bộ chỉ thực hiện chức năng hướng dẫn hơn là đồng quyết định như trước đây.
Thực hiện chủ trương của Đảng về tiếp tục kiện toàn tổ chức bộ máy, điều chỉnh chức năng và đổi mới phương thức hoạt động của Chính phủ theo hướng thống nhất quản lý vĩ mô việc thực hiện các nhiệm vụ chính trị, kinh tế, văn hóa, xã hội, quốc phòng, an ninh và đối ngoại trong cả nước bằng hệ thống pháp luật, chính sách hoàn chỉnh, đồng bộ. “Định rõ chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của các bộ theo hướng bộ quản lý đa ngành đa lĩnh vực trên phạm vi toàn quốc, cung cấp dịch vụ công” [11, tr,133]. Hiến pháp (sửa đổi, bổ sung năm 2001) đã cụ thể hóa quan điểm, chủ trương của Đảng về kiện toàn tổ chức và nâng cao hiệu quả hoạt động của bộ máy hành chính nhà nước; đã khẳng định rõ hơn tầm quan trọng về xây dựng tổ chức bộ máy của Chính phủ, chỉ có Quốc hội mới có quyền ra nghị quyết phê chuẩn đề nghị của Thủ tướng về việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức các thành viên của Chính phủ; bỏ quyền ban hành văn bản quy phạm pháp luật của các cơ quan thuộc Chính phủ. Tại kỳ họp thứ 10, Quốc hội khóa X, ngày 25-12-2001, đã thông qua Luật tổ chức Chính phủ năm 2001. Những nội dung sửa đổi, bổ sung của luật nhằm xác định rõ nhiệm vụ, tăng quyền hạn và đề cao trách
nhiệm của Chính phủ và các thành viên Chính phủ theo hướng tăng cường quản lý nhà nước, quản lý vĩ mô các lĩnh vực kinh tế - xã hội; trách nhiệm của Chính phủ và các thành viên trong công tác chống quan liêu, tham nhũng, lãng phí, trả lời kiến nghị của cử tri, tham dự các phiên học Quốc hội; bổ sung nhiệm vụ, quyền hạn của Thủ tướng về chỉ đạo xây dựng thể chế, bộ máy, cho từ chức đối với các thành viên Chính phủ; quy định cụ thể hơn về phương thức hoạt động của Chính phủ; bỏ chức năng quản lý nhà nước về ngành, lĩnh vực trong cả nước của thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ; quy định kinh phí hoạt động của Chính phủ do Quốc hội quy định từ ngân sách nhà nước. Bổ sung về chức năng cho các bộ, cơ quan ngang bộ trong việc quản lý nhà nước các dịch vụ công thuộc ngành, lĩnh vực và thực hiện đại diện chủ sở hữu vốn của Nhà nước tại các doanh nghiệp có vốn nhà nước theo quy định của luật.
Về việc điều chỉnh tổ chức bộ máy, chức năng và cải tiến phương thức hoạt động của Chính phủ theo hướng thống nhất quản lý vĩ mô các quá trình kinh tế - xã hội, tại kỳ họp thứ nhất, Quốc hội khóa XI đã thông qua Nghị quyết phê chuẩn đề nghị của Thủ tướng Về cơ cấu tổ chức của Chính phủ nhiệm kỳ 2002 - 2007 gồm 20 bộ và 6 cơ quan ngang bộ, 1 Thủ tướng, 3 phó thủ tướng, 26 bộ trưởng và tương đương. Điều chỉnh chức năng, đổi tên, sáp nhập một số cơ quan hành chính để thành lập nên một số bộ và cơ quan ngang bộ mới: đổi tên Ban Tổ chức - Cán bộ Chính phủ thành Bộ Nội vụ và giao thêm nhiệm vụ quản lý nhà nước về tiền lương của lực lượng vũ trang, về công tác văn thư, giúp Chính phủ hướng dẫn và kiểm tra hội đồng nhân dân, theo dõi, hướng dẫn, kiểm tra hoạt động của ủy ban nhân dân các cấp; thành lập Ủy ban Dân số, Gia đình và Trẻ em là cơ quan ngang bộ trên cơ sở hợp nhất Ủy ban Quốc gia Dân số và Kế hoạch hóa gia đình với Ủy ban Bảo vệ và Chăm sóc trẻ em Việt Nam; đổi tên Ủy ban Dân tộc và Miền núi thành Ủy ban Dân tộc, bớt chức năng quản lý nhà nước về miền núi để các cơ quan khác có liên quan đảm nhiệm; thành lập mới Bộ Tài nguyên và Môi trường trên cơ sở Tổng cục Địa chính, Cục Môi trường, Tổng cục Khí tượng -
Thủy văn; đổi tên Bộ Khoa học - Công nghệ và Môi trường thành Bộ Khoa học và Công nghệ, chuyển chức năng quản lý nhà nước về môi trường sang Bộ Tài nguyên và Môi trường; thành lập mới Bộ Bưu chính - Viễn thông trên cơ sở Tổng cục Bưu điện. Các cơ quan thuộc Chính phủ cũng được sắp xếp theo hướng đưa các cơ quan có chức năng quản lý nhà nước đối với ngành, lĩnh vực vào các bộ, cơ quan ngang bộ tương ứng. Hợp nhất các cơ quan có liên quan trên nhiều mặt thành một cơ quan mới để tập trung nguồn lực và bổ sung, hỗ trợ nhau phát triển.
Để đẩy mạnh việc phân cấp quản lý nhà nước trong hệ thống hành chính nhà nước nhằm “nâng cao tính chủ động, sáng tạo và tự chịu trách nhiệm của từng ngành, từng cấp, xóa bỏ bao cấp” [14, tr.205]; phân cấp nhiệm vụ phải được gắn với phân cấp về tài chính và ngân sách, Chính phủ đã cụ thể hóa chủ trương của Đảng trong Chương trình tổng thể cải cách hành chính nhà nước giai đoạn 2001 - 2010, xác định đến năm 2005, về cơ bản ban hành xong và áp dụng các quy định mới về phân cấp trung ương - địa phương, giữa các cấp chính quyền địa phương, gắn phân cấp công việc với phân cấp về tài chính, tổ chức và cán bộ. Chính phủ thông qua Nghị quyết số 08/2004/NQ-CP ngày 30- 6-2004, Về tiếp tục phân cấp quản lý nhà nước giữa Chính phủ và chính quyền tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương. Nghị quyết nêu rõ mục tiêu, quan điểm phân cấp, những định hướng chủ yếu và việc tổ chức thực hiện. Tập trung vào phân cấp quản lý quy hoạch, kế hoạch và đầu tư phát triển, quản lý ngân sách, các hoạt động sự nghiệp, dịch vụ công, về tổ chức bộ máy và cán bộ; đất đai, tài nguyên, tài sản nhà nước, doanh nghiệp nhà nước. Quá trình triển khai thực hiện cho thấy, việc phân cấp giữa trung ương và địa phương theo hướng chọn đúng việc để phân cấp và chính quyền địa phương chịu trách nhiệm khi được phân cấp như: thẩm quyền giao đất, cấp đất, thu hồi đất giao cho chủ tịch ủy ban nhân dân tỉnh, phân cấp thẩm quyền quyết định các dự án đầu tư, ngân sách, giáo dục, y tế, tổ chức bộ máy và biên chế sự nghiệp… cho cấp tỉnh. Các tỉnh, thành phố thực hiện tiếp việc phân cấp
cho cấp huyện và xã trên một số lĩnh vực: phân cấp cho cấp huyện phê duyệt dự án đầu tư dưới 5 tỷ đồng; về nguồn thu và nhiệm vụ chi; cấp giấy phép xây dựng, kinh doanh, quyền sử dụng đất, tổ chức và quản lý cán bộ, công chức; phân cấp cho cấp xã chứng thực quyền sử dụng đất, đề nghị cấp phép xây dựng, đăng ký hộ khẩu, v.v..
Về việc kiện toàn các cơ quan chuyên môn thuộc ủy ban nhân dân các cấp theo hướng phân công rành mạch, bộ máy gọn nhẹ, trách nhiệm rõ ràng, tăng cường tính chuyên nghiệp, giải quyết nhanh công việc của cá nhân và tổ chức: Chính phủ ban hành Nghị định số 171/2004/NĐ-CP ngày 29-9-2004,
Về tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương và Nghị định số 172/2004/NĐ-CP Về tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc ủy ban nhân dân quận, huyện, thị xã, thành phố thuộc tỉnh. Phân cấp tổ chức bộ máy cơ quan chuyên môn, làm rõ chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của ủy ban nhân dân trong việc quản lý cơ quan chuyên môn trực thuộc và chức năng, nhiệm vụ của cơ quan chuyên môn các cấp. Các nghị định hướng dẫn, quy định áp dụng thống nhất trong cả nước một số mô hình cơ quan chuyên môn ở địa phương. Nghị định số 114/2003/NĐ-CP ngày 10-10-2003 Về cán bộ, công chức xã, phường, thị trấn quy định có 7 chức danh công chức chuyên môn cấp xã và tương đương, gồm: văn phòng - thống kê, địa chính - xây dựng, tư pháp - hộ tịch; tài chính - kế toán, văn hóa - xã hội, trưởng công an, chỉ huy trưởng quân sự. Dưới sự lãnh đạo, chỉ đạo của Đảng, các cơ quan chuyên môn của chính quyền địa phương cơ bản đã được sắp xếp, kiện toàn theo yêu cầu tinh gọn, hợp lý, tạo sự thống nhất của hệ thống hành chính nhà nước từ trung ương đến địa phương, cơ sở. Tuy nhiên, xét trên cả nước thì số lượng các đơn vị hành chính và cơ quan chuyên môn cả ủy ban nhân dân ở cấp tỉnh và cấp huyện đều tăng do việc tiếp tục chia tách các đơn vị hành chính, nâng cấp đô thị.
Với chủ trương xây dựng tổ chức và hoạt động của bộ máy hành chính nhà nước ở địa phương trên cơ sở: “Tổ chức hợp lý hội đồng nhân dân, kiện
toàn các cơ quan chuyên môn của ủy ban nhân dân và bộ máy chính quyền cấp xã, phường, thị trấn” [11, tr.133], Chính phủ đã cụ thể hóa trong Chương trình tổng thể cải cách hành chính nhà nước giai đoạn 2001 - 2010, và nhấn mạnh đến việc xác định rõ chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, trách nhiệm của chính quyền địa phương trên cơ sở phân cấp rõ ràng và hợp lý giữa trung ương và địa phương; phân biệt chức năng, nhiệm vụ của chính quyền ở đô thị với chính quyền ở nông thôn; tổ chức hợp lý hội đồng nhân dân và ủy ban nhân dân ở từng cấp căn cứ vào quy định của Hiến pháp (sửa đổi, bổ sung năm 2001). Tại kỳ họp thứ tư, Quốc hội khóa XI ngày 26-11-2003, đã thông qua Luật tổ chức hội đồng nhân dân và ủy ban nhân dân. Trọng tâm cải cách là việc sửa đổi và bổ sung các quy định mới rất cụ thể về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của hội đồng nhân dân và ủy ban nhân dân ở riêng từng cấp chính quyền địa phương theo hướng đẩy mạnh phân cấp thẩm quyền quản lý nhà nước và giải quyết công việc ở từng lĩnh vực kinh tế - xã hội của địa phương. Phân định rõ thẩm quyền giải quyết công việc theo chế độ tập thể của ủy ban nhân dân, của chủ tịch và các thành viên khác của ủy ban nhân dân. Quy định rõ thẩm quyền ban hành văn bản pháp luật, chỉ đạo và áp dụng các biện pháp để giải quyết các công việc đột xuất, khẩn cấp của chủ tịch ủy ban nhân dân. Làm rõ hơn chức năng giám sát của hội đồng nhân dân, quy định thẩm quyền bỏ phiếu tín nhiệm của hội đồng nhân dân các cấp đối với các chức danh do hội đồng nhân dân bầu. Quy định rõ một số nhiệm vụ đặc thù cho chính quyền đô thị và chính quyền huyện đảo.
Nhằm “đổi mới tổ chức để nâng cao hiệu lực, hiệu quả hoạt động của hội đồng nhân dân các cấp; kiện toàn hội đồng nhân dân và ủy ban nhân dân ba cấp thông qua việc tổ chức tốt cuộc bầu cử đại biểu hội đồng nhân dân vào năm 2004” [14, tr.98], tại kỳ họp thứ tư, Quốc hội khóa XI đã thông qua Luật bầu cử đại biểu hội đồng nhân dân năm 2003 theo tinh thần “đổi mới cơ chế bầu cử, bảo đảm cho dân đề cử, ứng cử, lựa chọn các đại biểu hội đồng nhân dân thực sự là người đại diện cho dân; tăng thêm số lượng đại biểu hội đồng
nhân dân so với hiện nay” [12, tr.174]. Nội dung sửa đổi, bổ sung của luật chủ yếu tập trung vào việc quy định tăng số lượng đại biểu hội đồng nhân dân các cấp, số đại biểu được bầu và số người ứng cử ở mỗi đơn vị bầu cử, tăng thời gian chuẩn bị cho cuộc bầu cử; quy định chi tiết về tiêu chuẩn của đại biểu, về những trường hợp không được bầu cử, về trình tự thủ tục ứng cử; hiệp thương giới thiệu; quy định rõ trách nhiệm của các cơ quan, tổ chức trong quá trình tổ chức cuộc bầu cử, có tính đến đặc điểm của từng địa phương. Cùng với đó, Bộ Chính trị đã ban hành Chỉ thị số 31/CT-TW ngày 26-11-2003, Về lãnh đạo cuộc bầu cử đại biểu hội đồng nhân dân các cấp nhiệm kỳ 2004-2009. Chỉ thị xác định cuộc bầu cử là cuộc vận động chính trị và sinh hoạt dân chủ sâu rộng của nhân dân cả nước và là sự kiện chính trị lớn của đất nước trong những năm đầu thế kỷ XXI. Chỉ thị nhấn mạnh đến các mục tiêu đối với cuộc bầu cử và yêu cầu các cấp ủy đảng, chính quyền, tổ chức, đoàn thể từ trung ương đến