Phần lớn các VPĐK các cấp hoạt động còn lúng túng, chưa triển khai thực hiện hết các nhiệm vụ được giao; chủ yếu mới thực hiện việc tiếp nhận và giải quyết thủ tục cấp GCN cho các đối tượng thuộc thẩm quyền và thực hiện thống kê, kiểm kê đất đai.
VPĐK QSDĐ đã thực thiện tương đối tốt các nhiệm vụ được giao như: thực hiện các thủ tục về cấp Giấy chứng nhận Quyền sử dụng đất; ĐKQSDĐ; cung cấp số liệu địa chính; lưu trữ, cập nhật dữ liệu địa chính; thống kê kiểm kê đất đai đã được các Văn phòng triển khai đồng bộ ở địa phương.
Các nhiệm vụ sự nghiệp, dịch vụ đã được các Văn phòng tổ chức thực hiện, tuy nhiên giữa các địa phương còn có sự chênh lệch lớn về khối lượng nhiệm vụ cũng như các khoản thu từ hoạt động dịch vụ do nhu cầu ở các địa phương khác
nhau. Các hoạt động dịch vụ chủ yếu được thực hiện ở các đô thị lớn hoặc các vùng đang thực hiện phát triển đô thị; đối với các vùng nông thôn, miền núi, vùng sâu vùng xa các hoạt động dịch vụ chưa được thực hiện thường xuyên.
Ngoài ra, một số nhiệm vụ chưa được triển khai tốt, đồng bộ như lập bản đồ hiện trạng sử dụng đất cấp huyện và cấp xã; chỉnh lý toàn bộ hồ sơ địa chính và cơ sở dữ liệu địa chính thì đa số các địa phương chưa triển khai đồng bộ.
Cơ chế tài chính của VPĐK QSDĐ được thực hiện theo quy định tại Thông tư liên tịch số 05/2010/TTLT-BTNMT-BNV-BTC về cơ bản đã phù hợp với thực tiễn tại các địa phương. Tuy nhiên, đa số Văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất chưa thực hiện tự chủ về các khoản chi thường xuyên. Các khoản thu ở các Văn phòng giữa các tỉnh có sự chênh lệch lớn, Văn phòng ở các tỉnh, thành phố đô thị hoặc đang phát triển thành đô thị có mức thu tương đối cao. Tuy nhiên, đa số nguồn thu của Văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất đều từ ngân sách nhà nước, thu không đủ bù chi đặc biệt là các vùng nông thôn, miền núi, hải đảo, những khu vực được miễn một số phí, lệ phí thực hiện thủ tục đăng ký đất đai. Do vậy, hoạt động của VPĐK QSDĐ gặp nhiều khó khăn; nhiều nội dung chưa được quan tâm đầu tư như: lập hồ sơ địa chính toàn tỉnh, chỉnh lý biến động, thông tin lưu trữ, hiện đại hóa việc đăng ký đất đai ....
Bên cạnh đó, VPĐK QSDĐ cấp huyện trực thuộc Phòng Tài nguyên và Môi trường, cơ bản đã được thành lập tại các quận, huyện, thị xã và thành phố trực thuộc tỉnh. Tổ chức thực hiện nhiệm vụ gặp nhiều khó khăn do kinh phí được cấp ít, số lượng người làm việc được giao không đủ; việc hướng dẫn, chỉ đạo về chuyên môn, nghiệp vụ, luân chuyển hồ sơ gặp nhiều khó khăn, không đồng bộ do tổ chức VPĐK QSDĐ còn chưa thống nhất.
Nhiều địa phương VPĐK cấp tỉnh còn có sự chồng chéo hoặc chưa phân định rõ chức năng, nhiệm vụ và những bất cập trong triển khai thực hiện như:
- Chồng chéo với Trung tâm thông tin Tài nguyên và Môi trường trong việc quản lý, lưu trữ hồ sơ địa chính.
- Chồng chéo chức năng với các phòng chuyên môn của Sở trong việc tiếp nhận, giải quyết thủ tục hành chính về đất đai.
Nhiều VĐPK cấp huyện được thành lập nhưng chưa phân định rõ hoặc còn chồng chéo chức năng, nhiệm vụ với Phòng Tài nguyên và Môi trường. Nhiều địa phương lãnh đạo TN&MT coi VPĐK như bộ máy giúp việc của Phòng để thực hiện tất cả các công việc quản lý Nhà nước vể đất đai.
Một số VPĐK các cấp chưa thực hiện đúng chức năng xác nhận; chỉnh lý biến động trên GCN, có địa phương VPĐK cấp tỉnh làm thủ tục để Lãnh đạo Sở ký xác nhận; có địa phương VPĐK cấp tỉnh hoặc cấp huyện xác nhận cả những trường hợp thuộc thẩm quyền xác nhận của Sở hoặc Phòng Tài nguyên và Môi trường (trường hợp chuyển mục đích sử dụng đất).