Phí và lệ phí cấp GCN QSDĐ, đăng ký biến động, phí trích đo địa chính, phí khai thác và sử dụng tài liệu đất đai và phí đăng ký thế chấp, xóa thế chấp là những khoản chi phí mà tổ chức đến giao dịch tại VPĐK QSDĐ phải nộp vào Ngân sách nhà nước. Vấn đề về phí và các khoản lệ phí khi làm các thủ tục hồ sơ là vấn đề nhạy cảm và phúc tạp bởi vì các thủ tục khác nhau sẽ có mức thu phí và lệ phí khác nhau hoặc cùng thủ tục nhưng tình trạng giấy tờ liên quan khác nhau thù có mức thu khác nhau.
Quá trình từ khi thành lập đến nay, VPĐK QSDĐ đã thu các khoản phí và lệ phí căn cứ theo Quyết định số 47/2016/QĐ-UBND ngày 16/12/2016 của UBND tỉnh Nghệ An Quy định về thu lệ phí, phí cấp GCN trên địa bàn tỉnh Nghệ An. Tuy nhiên, quá trình thực hiện, vẫn còn những trường hợp chưa quy định hoặc quy định không cụ thể các khoản phí và lệ phí phải nộp như:
- Phí và lệ phí trường hợp tách thửa, hợp thửa đất.
- Phí thẩm định trường hợp đăng ký biến động mà có sự thay đổi ranh giới, hình thể thửa đất.
Trong khi giao dịch thực hiện thủ tục xin cấp GCN, mức tiền nộp thuế
thường cao hơn so với thu nhập của người dân. Do điều kiện kinh tế khó khăn, trong nhiều trường hợp huyện thông báo đủ điều kiện cấp GCN yêu cầu các hộ dân nộp thuế trước khi nhận GCN nhưng rất ít hộ thực hiện.
Hiện nay mặc dù khoản thu lệ phí trước bạ đã giảm xuống còn 0.5% và thuế chuyển quyền sử dụng 2.5% ( bao gồm thuế trước bạ 0.5% và thuế thu nhập cá nhân 2.0% ) là quá cao so với thu nhập của người dân đặc biệt là đối với những hộ nghèo khi cấp lần đầu, làm cho người dân không muốn nộp hoặc không mặn mà trong việc xin cấp GCN. Từ đó dẫn đến tình trạng người dân không làm thủ tục sang nhượng với Nhà nước.
Khi trả lời về các khoản phí và lệ phí phải nộp, có trên 90% ý kiến cho rằng mức nộp lệ phí Đăng ký thế chấp bảo đảm như hiện nay là cao. Theo thông tư liên tịch số 33/2002/TTLT/BTC-BTP ngày 12/4/2002 của Bộ tài chính và Bộ Tư pháp
thì mức lệ phí thu là 80.000đ/lần đăng ký .