Đối tƣợng nghiên cứu của chúng tôi đƣợc xác định là toàn bộ chủng vi rút cúm A(H1N1)pdm09, thu thập sau 72-96 giờ sau khi khuếch đại trên tế bào MDCK đƣợc xác định nồng độ vi rút bằng phƣơng pháp ngƣng kết hồng cầu gà (HA), có hiệu giá HA ≥ 8 đƣợc lựa chọn.
Mục đích phân tích trình tự 6 phân đoạn gen và protein tƣơng ứng (HA; NA; M; NP; PB1 và PB2). Vì vậy lựa chọn vi rút trong nghiên cứu phải đảm bảo đƣợc:
+ Đại diện theo thời gian lƣu hành
+ Đảm bảo tính đại diện theo khu vực (phân lập từ các điểm giám sát trong hệ thống giám sát)
+ Đảm bảo chất lƣợng chủng vi rút.
Kết quả bảng 3.1 cho thấy tổng số 75 chủng vi rút cúm A(H1N1)pdm09 phân lập sử dụng trong nghiên cứu đƣợc thu thập trong giai đoạn 2009 – 2013, số lƣợng vi rút lựa chọn khác nhau phụ thuộc vào cƣờng độ lƣu hành của vi rút tại các năm, vì vậy số lƣợng vi rút cúm A(H1N1)pdm09 trong nghiên cứu của chúng tôi thu thập với số lƣợng hạn chế 7 vi rút năm 2011 và 4 vi rút năm 2012. Số lƣợng vi rút đƣợc lựa chọn từ năm 2009 (14 vi rút) và 2010 (19 vi rút) cũng tƣơng đồng với cƣờng độ dịch tại các năm đó. Một yêu cầu quan trọng trong nghiên cứu đó là chất lƣợng vi rút, với mục đích đảm bảo sự thành công trong khuếch đại và tách các phân đoạn gen với các kích cỡ
khác nhau, chúng tôi lựa chọn các vi rút có nồng độ tƣơng đƣơng 8 đơn vị ngƣng kết hồng cầu (HA ≥ 8), nên có thể thấy sự không tƣơng đồng về số lƣợng vi rút sử dụng trong các năm 2009 - 2013. Điều này có thể giải thích, vi rút phân lập tại năm 2009 và 2010 là những năm đầu của nghiên cứu có thể bị tác động trong quá trình bảo quản, vì vậy khi tiến hành lựa chọn vi rút bằng phƣơng pháp ngƣng kết hồng cầu (HA), số lƣợng vi rút đảm bảo tiêu chuẩn sẽ bị hạn chế, điều này thể hiện rõ khi năm 2013 số lƣợng vi rút đƣợc sử dụng là 31 (chiếm 41,4%) tổng số vi rút (bảng 3.1). Tuy nhiên, nghiên cứu cũng đã đảm bảo một số lƣợng vi rút cần thiết đại diện cho toàn bộ giai đoạn nghiên cứu.
4.3.Kết quả phân tách, khuếch đại và giải trình tự 6 phân đoạn gen của vi rút cúm A(H1N1)pdm09.